Escherichia coli O104:H4

Escherichia coli O104:H4

Escherichia coli O104:H4 est une souche entérohémorragique rare de la bactérie Shiga Toxine Escherichia Coli, connue pour être la cause de lépidémie de syndrome hémolytique et urémique de 2011 en Europe[1]. Le « O » de la classification sérologique sert à désigner lantigène lipopolysaccharide de la paroi cellulaire, alors que le « H » désigne lantigène flagellaire.

Le séquencage du génome de la souche réalisé au Beijing Genomics Institute, à Shenzhen, en Chine, a révélé que celle-ci était « nouvelle souche hyper-toxique », un hybride, qui a acquis une partie de sa virulence de souches enteroaggregatives d'E. coli (EAEC), par transfert horizontal de gènes[2],[3].

Sommaire

Historique

Premiers cas

24 mai 2011 : les autorités sanitaires allemandes s'inquiètent de la propagation rapide de lEscherichia coli entérohémorragique (ECEH), qui serait à lorigine de trois décès dans le nord du pays, en sus de centaines de cas recensés au cours des deux dernières semaines[4],[5]. Lépidémie touche également la Suède, le Danemark, le Royaume-Uni et les Pays-Bas[6],[7].

Premières errances

26 mai 2011 : alors que la transmission de la bactérie sopère dordinaire par le biais de la viande ou du lait, la Commission européenne lance une alerte pour informer que lun des facteurs identifiés contribuant à lessaimage de linfection serait imputable à la consommation de concombres contaminés, provenant dEspagne[8],[6],[9].

27 mai 2011 : les concombres espagnols étant soupçonnés d'être à lorigine de l'infection bactérienne qui sévit dans différents pays européens[10], dont essentiellement lAllemagne, Madrid adopte des mesures prophylactiques, en suspendant de facto les activités liées à deux distributeurs, soupçonnés dexporter des produits contaminés par une bactérie pathogène, mâtinée dune toxicité potentiellement mortifère[11],[10].

Essaimage européen

28 mai 2011 : trois cas suspects dintoxication alimentaire, liée à la bactérie qui sest essaimée en Allemagne, sont détectés en France[12].

29 mai 2011 : après avoir provoqué la mort de dix personnes en Allemagne, en sus de centaines de personnes infectées, la source de la contamination nest toujours pas clairement identifiée ; le syndrome se répand dans plusieurs pays européens[7].

30 mai 2011 : suite à deux nouveaux décès, annoncés dans l'après-midi, le bilan, en Allemagne, sélève désormais à 14 morts[13], tous directement liés à la contamination incriminée. Par ailleurs, certains hôpitaux, sis dans le nord de lAllemagne, sont submergés de cas relevant dinfections par la bactérie Escherichia coli entérohémorragique (ECEH). Selon les dernières données en vigueur et actuellement disponibles[note 1], la piste dun dénominateur commundont le vecteur infectieux serait subordonné à la consommation de légumes crusparaît de plus en plus plausible[13].

31 mai 2011 : un nouveau décèsdirectement imputable aux conséquences séquellaires résultant de la contamination par lECEHsurvient, pour la première fois, hors territoire allemand, soit : en Suède[14]. Cet événement vient grossir le bilan établi qui fait désormais étatà titre provisoirede 16 morts cumulées[14]. Rosa Aguilar, ministre espagnole de l'Agriculture, requiert lélaboration dune « solution européenne », visant à contrer la chute des ventes de légumes, suite à la découverte de lots de concombres potentiellement contaminés par la bactérie[14]. Ladite ministre remet également en cause la gestion de la polémique par Berlin[14]. Par ailleurs, une équipe de chercheurs met au point une technique de dépistage de lECEH[14].

Origine mystérieuse

1er juin 2011 : les concombresinitialement suspectés dêtre les vecteurs transmissifs de la pathologiesont potentiellement mis hors de cause. Selon Bruxelles, il semblerait dès lors apparoir que, en létat, lorigine fondamentale de lépidémietout comme celle du (ou des) facteur/s causal/aux, qui participerait/ent à sa dissémination factuellene peut encore être clairement identifiée, nonobstant les présomptions liminaires, elles-mêmes devenues caduques, après examens circonstanciés exhaustifs[15].

Indemnisations requises

1er juin 2011 : Madrid réclame lindemnisation de son secteur agricole, au sujet duquel elle reproche aux autorités de surveillance davoir précipitamment et injustement attribué une alléguée responsabilité génitrice, dans lémergence de lépidémie[15]. Par extension, le gouvernement espagnol envisage dintenter une action légale à lencontre des autorités de Hambourg, en réaction implicite aux imputations antérieures, ayant inopportunément incriminé les concombres espagnols comme vecteurs hypothétiques de la contamination[15]. LAllemagne enregistre son 17e décès[15].

Diffusion en Grande Bretagne

2 juin 2011 : lépidémie touche la Grande Bretagne[16] : sept nouveaux cas ont été confirmés et, à linstar des autres malades, tous ont transités par lAllemagne[16].

Embargo de la Russie

1er juin 2011 : La Russie stoppe l'importation de légumes en provenance de lUnion Européenne[17].

Identification de la bactérie

1er juin 2011 : alors que les concombres andalous sont officiellement mis hors de cause[18], lOrganisation mondiale de la Santé (OMS/WHO) révèle que la souche bactérienne dEscherichia coli entérohémorragique (ECEH) présentement incriminéeO104-H4, STECn'aurait été identifiée quune seule fois, en Corée, en 2005, mais jamais en situation épidémique[19],[20]. Les premières analyses génétiques suggèreraient qu'il se pourrait aussi éventuellement agir d'une mutation[20],[19], constituée de plusieurs bactéries conglomérées, hypothétiquement porteusespour certaines dentre ellesde gènes potentiellement mortels[20], ce qui, le cas échéant, expliquerait la fulgurante dangerosité corrélée à lampleur de ce type dépidémie[19],[21].

3 juin 2011 : le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies, basé à Stockholm, confirme lidentification nominative de lagent infectieux[19]. Il s'agirait dune bactérie Escherichia coli, affiliée à une souche rare, jamais détectée (jusquici) dans une déclinaison épidémique[19],[20]. Son appellation en serait la suivante : « 0104:H4 » ou, plus exhaustivement : → « Stx2-positive, eae-négative, hly-négative, ESBL, aat, aggR, aap[19] ».

Mystère croissant

En dépit des 199 nouveaux cas de contamination enregistrés, il semblerait que lépidémie tendrait à se stabiliser[22]. Néanmoins, le mystère s'épaissit, quant au vecteur causal de transmission, dont lorigine et lidentité, en létat, persistent à demeurer incertaines, inconnues, sujettes à caution, voire en proie à diverses extrapolations contradictoires[23],[22]. LInstitut Robert Kochchargé de la veille sanitaire, en Allemagnecontinue de recommander aux consommateurs déviter la consommation de légumes crus, quelles quen soient la provenance et/ou lorigine[23]. Même version, du côté du directeur de lInstitut fédéral d'évaluation des risques, Andreas Hensel, qui déclare, en substance : « La provenance des produits importe peu[23] ».

Embargo libanais

3 juin 2011 : suivant lexemple de la Russie, le Liban, à son tour, interdit les légumes européens[24].

Vecteur inconnu

4 juin 2011 : les recherches stagnent[25]. Le vecteur de la contamination persiste à demeurer non encore identifié[25]. Les explorations circonstanciées de diverses autres pistes adjacentes[note 2]visant à retracer le parcours ou lorigine de la contaminationse sont soldées par un échec, dans le sens quelles nont pas réussi à être corroborées par des éléments de preuve suffisamment tangibles pour être subséquemment accréditées[25]. La flambée épidémique causée par lECEHou syndrome hémolytique et urémique (SHU) – continue sa progression en Allemagne, selon lOrganisation mondiale de la santé, qui publie son 7e bulletin informatif[26].

Graines germées suspectées

5 juin 2011 : 22 décès résultent désormais du SHU, lui-même entraîné par un contact liminaireencore non identifiéavec lECEH[27]. Une nouvelle piste est évoquée par Gert Lindemannministre de lAgriculture du Land de Basse-Saxe : elle pourrait impliquer une contamination survenue par le biais de graines germées, parmi lesquelles figureraient des haricots mungos, plus communément connus sous le nom de « germes de soja[27] ». Le résultat danalyses plus formelles est attendu pour le lundi 6 juin 2011[27].

6 juin 2011 : 18 déclinaisons de graines germéesdont celles issues des haricots mungos, des brocolis, des lentilles ou encore des radissont suspectées de véhiculer lECEH[27] et dêtre ainsi potentiellement responsables des pathologies récurrentes liées au SHU épidémique. Les investigations se focalisent notamment sur une entreprise spécifique[28], située dans l'arrondissement dUelzen[27]. Au cours d'une conférence de presse à Hanovre, Gert Lindemannministre de lAgriculture du Land de Basse-Saxe déclare : « La preuve définitive n'en a pas encore été apportée […] ; les présomptions sont toutefois si fortes que nous devons recommander aux consommateurs de renoncerpour l'instantà la consommation de graines germées[27] ». Les exploitants de la ferme « bio » allemande « Gärtnerhof[28] », soupçonnés d'être indirectement à l'origine de lépidémie, font part de leur consternation, face aux imputations larvées portées à leur encontre[29] : ils affirment nutiliser strictement aucun engrais dans leur culture et, selon eux, aucun animal ne se trouverait localisé sur leurs exploitations agricoles[29]. En fin de journée, les premiers résultats des analyses de laboratoire nont pas permis de retrouver lagent infectieux dans les graines germées[30] : sur 40 prélèvements déjà effectués, les 23 premiers échantillons analysés savèrent négatifs[30]. Lalerte est cependant maintenue, eu égard au faisceau de convergences qui pourrait encore allusivement cibler lentreprise précitée[28],[29],[30], notamment la perspective dune possible contamination « antérieure[30],[note 3] », voire un éventuel incident transitoire, impliquant fortuitement la chaîne de livraison[30], compte tenu du fait que plusieurs récipiendaires de la marchandise semblent avoir subséquemment révélé de nombreuses occurrences infectieuses à la chaîne par lECEH[30]. Le bilan actuel fait désormais état de 25 morts[31],[note 4], en sus de plus de 2200 cas de contaminations et complications pathologiques enregistrées en Europe[30]. Lincertitude et le mystère continuent à planer sur lidentification originelle du vecteur causal[31].

Dédommagements alloués

6 juin 2011 : La présidence hongroise de lUE convoque lensemble des ministres européens de lAgriculture et de la sécurité alimentaire à une réunion extraordinaire, qui doit se tenir le 7 juin 2011, à Luxembourg[29] : thème central essentiellement axé sur les conséquences sanitaires et économiques subordonnées à lépidémie de SHU, elle-même implicitement liée à lessaimage de la bactérie ECEH[29].

8 juin 2011 : lissue de la réunion intra-européenne précitée aboutit à une première proposition dindemnisation[33], rendue publique, par lentremise du commissaire européen : Dacian Cioloş[33]. Un dédommagement liminaire, substantiel, de 180 millions deuros, sera initialement alloué, à dessein de compenserà hauteur de 30 % – les pertes financières endurées par les producteurs de légumes, eux-mêmes affectés par les conséquences économiques résultant de lépidémie dECEH[33]. Ce montant pourrait potentiellement permettre de renflouer environ 20% à 66% du manque à gagner, découlant des stocks de légumes invendus, dont les maraîchers sont concomitamment victimes[33]. Alors que la source de la contamination demeure encore inconnue, lAllemagne paraît observer une baisse sensible des cas de contamination[34]. Lalarmismedont auraient fait preuve les autorités allemandesest critiqué, notamment en raison des données et informations contradictoires quil aurait suscité, en sus des accusations arbitraires portées à lencontre des agriculteurs, lesquels auraient été désignés – « à tort » – comme constituant le canevas originel de lépidémie[34].

Nouveaux décès

8 juin 2011 : deux nouvelles incidences fatales de lECEH, survenues ce jour, portent le nombre des décès à 27[35],[note 4]. Par ailleurs, on dénombre plus de 300 nouveaux cas de contamination par la même souche bactérienne[35].

Contaminations annexes

8 juin 2011 : La bactérie « Escherichia coli O104:H4[19] » est décelée à Magdebourg[note 5], à partir des restes décomposés dun concombre, extrait dune poubelle à compost, appartenant à une famille elle-même contaminée[note 5],[36],[37],[38],[39].

9 juin 2011 : le 30e décès à la bactérie « Escherichia coli O104:H4est enregistré en Allemagne[40]. Cependant, le nombre de contaminations continue à baisser[40]. Une bactérie de type ECEH est détectée, en Thaïlande, sur des avocats[40]. Toutefois, on ignore encore sil sagit de la même souche[40]. Idem pour des pousses de betteraves néerlandaises, exportées vers lAllemagne et la Belgique[40] !

Revalorisation des produits agricoles

9 juin 2011 : Diego Lopez Garridoministre espagnol aux Affaires européenneset son homologue allemand, Werner Hoyer, saccordent à trouver conjointement un terrain dentente, visant à revaloriser les produits issus de lagriculture ibérique, injustement discriminés, selon eux, par les mesures prophylactiques précédentes. Il est convenu que le gouvernement espagnol ne réclamerait pas de compensations directes auprès de lAllemagne, quand bien même demeurerait ouverte la perspective que, de leurs côtés, des producteurs espagnols privés puissent hypothétiquement intenter une procédure en aparté[40]. Marian Bestelink, porte-parole des autorités sanitaires néerlandaises, annonce le retrait de la vente de pousses de betteraves suspectes, issues dune production néerlandaise, après la découverte de lots contaminés par une variante de lECEH[note 6],[41].

Graines germées accusées

10 juin 2011 : les contaminations à lEscherichia coli O104:H4 rendraient de facto les graines germées responsables[42],[43], bien quaucune trace de cette bactérie nait jamais réussi à être décelée dans leurs analyses[44],[32]. Toutefois, il semblerait quun « faisceau dindices » concordants permettrait de les incriminer[44],[32]. Cette conclusion est publiquement annoncée par Reinhard Burger[45], lors dune conférence de presse triptyque, ayant réuni les organismes étatisés suivants : lInstitut Robert Koch, lOffice fédéral pour la protection des consommateurs et la sécurité alimentaire et lInstitut fédéral d'évaluation des risques[32]. Trois nouveaux décès sont enregistrés en Allemagne[32]. Le nouveau bilan fait état de 33 morts[note 4],[32] et environ 3000 malades[32], recensés dans 14 pays, au cours des cinq dernières semaines[32].

Indemnités complémentaires

11 juin 2011 : Gerd Sonnleitnerprésident de la Fédération des agriculteurs allemands (DBV) – demande à lUE daccroître le montant de laide allouée aux agriculteurs européens, eux-mêmes touchés de plein fouet par les conséquences économiques résultant de la flambée épidémique dECEH[46].

Graines germées incriminées

11 juin 2011 : Bien que les graines germées soient « officiellement » désignées comme responsables[32], des doutes subsistent quant au vecteur causal originel de lépidémie, dautant que les autorités sanitaires thaïlandaises signalent désormais lexistence de choux-fleurs contaminés, importés dEurope[47],[46]. Des analyses complémentaires sont en cours, afin de confirmerou dinfirmerlhypothèse selon laquelle il se pourrait agir de la même souche bactérienne que celle antérieurement décelée en Allemagne, à savoir : Escherichia coli O104:H4[46].

12 juin 2011 : des analyses complémentaires paraissent confirmer la plausibilité dune interaction imputable à une contamination survenue par le biais des graines germées[48]. Le bilan mortifère passe à 35 décès[49].

Bilan épidémiologique

12 juin 2011 : Nele Boehme, de lInstitut fédéral d'évaluation des risques (BfR) déclare que, « jusqu'à ce jour, cette vague de cas d'ECEH et de syndrome hémolytique et urémique (SHU), en Allemagne, est la plus importante jamais recensée dans le monde[note 4],[49] ».

13 juin 2011 : 36e décès recensé[50] ;

14 juin 2011 : les suites fatales dune contamination par la bactérie affectentpour la première foisun enfant en bas âge[51].

Le bilanprovisoirefait état de :

  • une centaine de cas graves, comportant une détérioration des fonctions rénales[52] ;

25 juin 2011le bilan mortifère européen saccroît : 43 décès[54].

Nouveaux cas en France

25 juin 2011 : de nouveaux cas dintoxications alimentairesimpliquant apparemment à nouveau certains types de graines germées[note 8]se produisent en France, à Bordeaux[54] : dix patients contaminés, dont plusieurs cas de SHU[note 7] ; lun des malades est en réanimation. Selon lAgence régionale de santé française, lagent causal pourrait être le même que celui antérieurement détecté en Allemagne, soit : Escherichia coli O104:H40104[54].

Pathogénie

Lune des particularités de cette épidémie est quelle cible ladulte[53], alors que le syndrome hémolytique et urémique[note 7] atteint essentiellement le jeune enfant.

Lautre particularité repose sur la source même de la contamination : végétale ... et non animale comme pour le syndrome hémolytique et urémique classique.

Linfestation, dans un organisme humain, par Eschechiria Coli 0104:H4, produirait des shiga-toxines (STEC), dont linvasion savérerait actuellement réfractaire à presque toute forme dantibiothérapie[23].

Traitement

3 juin 2011 : LAgence française de sécurité sanitaire des produits de santéafssapsautorise l'utilisation de léculizumab[55], selon le protocole consensuel allemand : patient avec diagnostic avéré et atteinte neurologique[55],[note 9].

11 juin 2011 : les éditeurs du New England Journal of Medicine[56] décident danticiper la date de publication dun article[note 9], dont la teneur intrinsèque décrirait les observations cliniques résultant dun nouveau traitement médicamenteux : son action, allopathique, ciblerait les manifestations pathogènes[note 7] succédant à une contaminations par la bactérie Escherichia coli O104:H4[57],[56].

Notes et références

Notes

  1. Données collectées, compilées, comparées, auxquelles sajoutent les recueils de témoignages des patients, dont lanamnèse semble obéir à un pattern récurrent.
  2. Par exemple, ont été respectivement mis en équation : la probabilité dune propagation de linfection, au cours dune fête ayant eu lieu sur le port de Hambourg[25] (qui, du 6 au 8 mai 2011, a rassemblé 1,5 million de personnes), ainsi que lindice impliquant potentiellement un restaurant de Lübeck[25], sis dans le Schleswig-Holstein (nord), dont 17 clients auraient été contaminés. Sans résultat ! Les conclusions ont formellement démenti les soupçons précités[25].
  3. Le cas échéant, la perspective dune possible contamination antérieure pourrait alors expliquer que la bactérie ne soit désormais plus décelable à lanalyse, dans les échantillons de graines germées actuellement à disposition.
  4. a, b, c et d En date du 12 juin 2011, sont répertoriés, suite aux conséquences engendrées par la contamination épidémique par lEscherichia coli O104:H4 : 34 décès survenus en Allemagne[32] et 1 en Suède[32].
  5. a et b Magdebourg se trouve en Saxe-Anhalt, à près de 240 km de Hambourg, foyer de l'épidémie ; cette distance géographique pose une interrogation supplémentaire aux enquêteurs, sachant que, selon ses dires, la famille atteinte par la maladie naurait pas voyagé dans le secteur incriminé.
  6. La variante dEscherichia coli découverte sur le lot de betteraves néerlandaises diffère sensiblement de cellepotentiellement létaleayant sévi en Allemagne. Bien que, en létat, ladite variante ne semble pas présenter de réel danger immédiat, le retrait des lots contaminés paraît relever essentiellement dun principe de précaution prophylactique.
  7. a, b, c et d Le SHU ou « syndrome hémolytique et urémique » constitue lune des conséquences pathologiques les plus gravespotentiellement létalesdécoulant dune contamination par la bactérie Escherichia coli O104:H4.
  8. Les graines germées, suspectées dêtre à lorigine de la contamination survenue à Bordeaux[54], relèveraient de celles produites à partir de semis de fenugrec, de moutarde et de roquette.
  9. a et b Larticle décrivant laction curative de ce nouveau médicamentet destiné à être publié dans les colonnes du New England Journal of Medicineavait déjà été réceptionné en février 2011 par léditeur.

Références

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