Taxonomie

La taxinomie ou taxonomie est la science qui a pour objet de décrire les organismes vivants et de les regrouper en entités appelées taxons afin de pouvoir les identifier puis les nommer, et enfin les classer. Elle complète la systématique qui est la science qui organise le classement des taxons et leur relations. Parmi ces méthodes, les plus récentes incluent une nouvelle approche conceptuelle de la classification mais aussi des méthodes d'analyse d'éléments empiriques restés longtemps ignorés de la science avant l'arrivée, au cours de la seconde moitié du XX^e siècle, des découvertes de la biologie moléculaire.

La taxonomie s'étend maintenant à d'autres sciences, entre autres les sciences humaines, les sciences de l'information ou l'informatique^[1].

Émile Littré, dans son Dictionnaire de la langue française (version 1872-1877) précisait que le mot « taxionomie » pouvait aussi être utilisé, et l'usage du terme « taxonomie » est très répandu. Ce mot aurait été créé par le botaniste suisse A. P. de Candolle, dans son Traité élémentaire de la botanique publié en 1813 ^[2]. Pour le TLFI  : "l'Académie des Sciences déconseille l'anglicisme taxonomie". Le Grand dictionnaire terminologique confirme que taxinomie est recommandé par plusieurs auteurs considérant "taxonomie" comme "un calque de l'anglais taxonomy".

Sommaire 1 Étymologie 2 Différences entre taxinomie et systématique 3 Historique de la taxinomie 4 Origine et évolution des modèles 5 Tendance et prospective 6 La notion d'espèce 6.1 Binôme latin 6.2 Citation d'auteurs 7 Homonymie 7.1 Informatique 7.2 Sciences humaines 8 Notes et références 9 Voir aussi 9.1 Articles connexes 9.2 Liens externes 9.3 Bibliographie

Étymologie

Le mot taxinomie provient du grec, il est composé du préfixe ταξινομία / taxis, « placement », « classement », « mise en ordre » (et indirectement le sanscrit ; taksh = « tailler », « faire », « former »), et d'un suffixe dérivé du verbe nomein qui signifie « administrer », « réglementer »)

Différences entre taxinomie et systématique

Dans la plupart des disciplines de la biologie, le terme taxonomie est inséparable de celui de systématique, science qui a pour objet de dénombrer et de classer les taxons dans un certain ordre, basé sur des principes divers.

Dans la pratique, le terme « systématique » désigne aussi bien la méthode utilisée (on dira par exemple la « systématique phylogénétique ») que le résultat obtenu avec cette méthode (la « systématique des Agaricales »). Dans le sens concret de résultat, les deux sciences sont peu distinctes et souvent confondues, car pratiquées simultanément par les mêmes personnes. Les taxinomistes ont de tout temps été nommés systématiciens, car après avoir étudié et décrit des organismes, ils ont tout naturellement essayé de les classer à partir du bas niveau des espèces (alpha taxonomy ou « taxinomie primaire »).

Ceux qui utilisent surtout le sens de méthode, les phylogénéticiens notamment, nomment souvent le résultat classification ou encore « taxinomie ».

Historique de la taxinomie

Le terme fut créé en 1813, sous l'orthographe de « taxonomie », par le botaniste suisse Augustin Pyrame de Candolle (1778-1841) dans sa Théorie élémentaire de la botanique ou exposition des principes de la classification naturelle et de l'art de décrire et d'étudier les végétaux^[3], pour désigner dans sa « théorie des classifications » à la fois la méthode et ce qu'il a qualifié de « bases de la botanique philosophique » (Mémoires et souvenirs, Livre III, § 11^[4]).

Bien que, comme la méthode de Jussieu, elle utilise les binômes linnéens et préconise la « méthode naturelle » opposée au « système artificiel » de Carl von Linné, la taxonomie proposée par de Candolle s'en écarte par l'importance donnée aux coupures. Alors que pour Linné et Jussieu, la nature « ne fait pas de saut », Candolle insiste sur les discontinuités qui sont à la base de la notion de taxon, à la fois entité et coupure.

Le terme est devenu d’usage courant aujourd’hui, soit dans la graphie originale, mais étymologiquement contestée, de taxonomie, soit sous la graphie corrigée par Émile Littré de taxinomie, mais l'autre graphie reste néanmoins très répandue, notamment en raison de sa conservation dans la traduction anglaise, taxonomy. Sur la controverse étymologique, voir Fischer et Rey (1983)^[5].

Origine et évolution des modèles

Toutes les classifications se présentent sous la forme d'un arbre (classement arborescent), depuis une racine incluant tous les êtres vivants existants ou ayant existé, jusqu'aux individus.

Chaque nœud de l'arbre définit un taxon, qui groupe tous les sous-taxons qu'engendre le nœud.

Mais, par le passé, il n’en a pas toujours été ainsi. Le naturaliste suédois Carl von Linné (1707 - 1778) posa les fondations de la systématique, et fut l'auteur d'une classification dont les grands principes furent la base de la systématique scientifique jusqu'au milieu du XX^e siècle.

La systématique classique (parfois dite « linnéenne », dont l'ordre hiérarchique interne des taxons était fondé à l'origine sur des critères de ressemblance « morphologique » et d'affinités supposées. Bien que fortement anthropocentrique et reflétant des causes de la diversité des êtres vivants (création divine) telles qu’on les pensait voici 250 ans, elle fait encore, en ce début du XXI^e siècle, partie du bagage culturel commun de tous les naturalistes. Mais par la suite, au fur et à mesure de l'avancée des connaissances, notamment à partir des travaux de Lamarck et Darwin, cet ordre a rapidement eu l'ambition de donner par surcroît une image de l'évolution.

L’anthropocentrisme fut battu en brèche avec Charles Darwin qui recommande en 1859 une classification purement généalogique. S’il y a eu évolution, les espèces doivent être classées selon leur degré d’apparentement évolutif. Mais il faudra attendre près d’un siècle pour que nous y arrivions vraiment, et d'abord pour que nous acceptions la généalogie comme inaccessible (qui descend de qui ?) pour mieux nous concentrer sur la phylogénie (qui est plus proche de qui ?).

Dans la deuxième moitié du XX^e siècle, la systématique dite phylogénétique s'est développée à partir d'une méthode de reconstruction qui a connu un développement foudroyant: la cladistique, initiée par Hennig en 1950. Cette méthode est fondée globalement sur des relations évolutives pour laquelle le critère fondamental du choix de la classification est qu'elle doit refléter strictement la phylogénie, c'est-à-dire les degrés d’apparentement entre espèces. La notion même d'une telle phylogénie est une conséquence de la théorie de l'évolution, et le succès prédictif des arbres phylogénétiques une des preuves de cette théorie.

L'approche phylogénétique actuelle fait appel aux données de la cladistique, mais ses exigences se résument à n'accepter que des taxons monophylétiques, c'est-à-dire correspondant à un clade donné. Elle demande que les taxons soient limités à ceux qui respectent les deux conditions suivantes :

• tous les individus du taxon descendent d'un individu ancestral particulier ;
• tous les descendants de cet ancêtre particulier sont dans le taxon.

On parle alors seulement de taxon monophylétique ou clade. Cette contrainte a amené des modifications fondamentales de la classification scientifique, certaines renversant le « sens commun » modelé par l'héritage culturel. Ainsi les dinosaures n'ont pas disparu, la systématique moderne incluant les oiseaux dans le groupement « dinosaures ».

Parmi d'autres exemples, les taxons traditionnels comme reptiles, poissons, algues, dicotylédones, pongidés, n'ont pas droit de cité en systématique phylogénétique, car considérés polyphylétiques (origines multiples) ou paraphylétiques (incomplets). D'autres ont survécu avec quelques séquelles, comme champignons. Enfin, certains ont surmonté la tempête, comme animal (métazoaires) ou mammifères. Remarquons qu'il n'y avait rien d'évident à ce que tous les animaux multicellulaires partagent un ancêtre commun qui les sépare de tout végétal ou champignon.

À part cela, sa structure reste fondamentalement de type linnéen et sa nomenclature également.

Il y a plusieurs approches techniques pour élaborer les arbres phylogénétiques.

• L'approche cladistique cherche en particulier à déterminer les caractères propres à une branche, qui « signent » un apparentement.
• L'approche phénétique, une classification basée uniquement sur des mesures de distance entre taxons (évaluées par exemple en comptant les différences de séquences d'ADN) sans chercher à faire une interprétation phylogénétique.
• L’approche probabiliste qui construit des arbres phylogénétiques en utilisant des modèles d’évolution des caractères (le plus souvent moléculaires, mais pas obligatoirement).

Selon les publications, on trouve à ce jour des classifications de tout type, depuis la classification traditionnelle à peine remaniée, jusqu'aux classifications strictement phylogénétiques en passant par différents mélanges, par exemple gardant les catégories, mais s'alignant sur les découvertes récentes en matière de phylogénie.

Tendance et prospective

D'importants progrès en génomique ont été permis par l'analyse génétique automatique et le développement des outils et modèles informatiques. Ils imposent et permettent la redéfinition de certaines espèces ou groupes d'espèces et permettraient une meilleure connaissance et suivi des espèces.
Plaul Hebert (Université de Guellph (Ontario) a proposé^[6] de constituer une sorte de bibliothèque^[7] des espèces en utilisant des codes-barres génétiques identifiant potentiellement chaque espèces vivantes connue à partir d'un marqueur (chez l'animal, une région de 648 paires de bases dans un gène (CO1) de l'ADN mitochondrial). Fin 2007, 160 organisations, de 50 pays, s'étaient associées à ce projet, la base de donnée comprenant déjà plus de 318 000 séries décrivant près de 33 900 espèces. Cette approche a des limites (confusions en cas d'hybridation ou si une espèce a divergée récemment, informations sur l'espèce, mais non sur sa position dans l'arborescence phylogénétique) mais présente un intérêt pour les besoins de traçabilité (aliments, dont par exemple les poissons souvent vendus sous des noms différents pour une même espèce), pour de nombreuses études en écologie, pour les industries biotechnologiques. Ce travail permet aussi de corriger des erreurs en taxonomie. Par exemple, un seul nom désignait en fait 3 espèces différentes de sangsues médicinales européennes (dont Hirudo medicinalis, Hirudo verbana)^[8] susceptibles d'être commercialisées, alors qu'une seule a été bien étudiée pour ses propriétés.

La notion d'espèce

Un concept important de classification, assez stable, est celui d'espèce. Ce groupement est relativement bien défini, du moins pour les espèces à reproduction.

L'espèce se définit comme une communauté d'êtres vivants interféconds (ou interfertiles, capables de se reproduire entre eux), pouvant échanger du matériel génétique et produisant des descendants eux-mêmes féconds (en effet, certains individus du même genre mais appartenant à des espèces différentes peuvent se croiser pour donner un individu hybride, mais celui-ci est le plus souvent stérile). Dans le cas de la multiplication strictement asexuée, on parle abusivement d'espèces à la place de lignée, le groupement étant alors purement phylogénétique. Le cas des entités à la limite du vivant (virus, prions) est encore différent ; elles sont en général exclues des classifications. Une autre difficulté à citer est celle des symbioses strictes, comme les lichens (qui combinent un organisme de nature fongique, et un organisme capable de photosynthèse, de nature végétale), mais en général, un des deux partenaires est capable de vivre sans s'associer à l'autre, et l'on peut les classer dans deux espèces distinctes, avec comme caractéristique d'une des deux espèces de ne pouvoir survivre sans l'autre.

Stricto sensu, le concept d'espèce suppose implicitement une hypothèse forte qui est la transitivité des interfécondations possibles ; en d'autres termes, on suppose que si X1 est interfécond avec X2, X2 avec X3, etc., X1 sera interfécond avec Xn quelle que soit la longueur de la chaîne. Konrad Lorenz signale que cette supposition n'est pas toujours vraie, en particulier chez des oiseaux marins entre continents. Il faut d'ailleurs bien que ce genre de discontinuité existe pour qu'un phénomène de spéciation commence à apparaître lui aussi.

Binôme latin

Les espèces sont nommées selon le système binominal mis en place par Carl von Linné. Un nom d'espèce est la combinaison de deux mots latins (jusqu'à trois dans certaines disciplines, pour une sous-espèce, variété ou forme) généralement écrits en italiques : un nom de genre, suivi d'une ou deux épithètes spécifiques.

Au-dessous du rang de genre, tous les noms de taxons sont appelés combinaisons. On distingue plusieurs catégories de combinaisons :

• Entre genre et espèce (sous-genre, section, sous-section, série, sous-série, etc.), les combinaisons sont infragénériques et binominales: nom de genre, puis après indication du rang, une épithète infragénérique, par exemple le cèpe appartient à la section « Boletus sect. Edulis » ;
• Au rang d'espèce, les combinaisons sont spécifiques et binominales ;
• Au-dessous de l'espèce, les combinaisons sont infraspécifiques et trinominales.

Pour les détails, voir nom binominal et rang taxinomique.

Citation d'auteurs

Lorsque la précision est nécessaire, on fait suivre le binôme de la citation d'auteurs et de la date (l'année suffit) de la publication princeps. Par exemple, « Panthera leo Linnaeus, 1758 » désigne le taxon au rang d'espèce, appelé en français « lion », telle que défini et nommé par Carl von Linné à cette date. Voir les détails sur les pages citation d'auteurs en botanique et citation d'auteurs en zoologie

Homonymie

Informatique

En informatique, le terme taxinomie (taxonomy en anglais) désigne une méthode de classification des informations dans une architecture structurée de manière évolutive. Le terme est couramment employé pour des systèmes de gestion de contenu (CMS).

Sciences humaines

Le terme taxonomie peut désigner une représentation hiérarchique de concepts, d'objets ou encore de disciplines.^[9]

Notes et références

Voir aussi

Articles connexes

• Taxon
• Classification scientifique (Systématique classique)
• Classification phylogénétique
• Arbre phylogénétique
• Taxinomie des plantes cultivées

Liens externes

• Tree of Life Web Project Une classification visant à couvrir tout le vivant, aisée à parcourir (pas toujours mise à jour !)
• TreeBASE Base de données de publications sur la phylogénétique, très technique
• Code international de nomenclature botanique de Saint-Louis
• Base de données de Taxinomie : The NCBI Entrez Taxonomy Homepage
• Reconstruction phylogénétique P. Darlu et P. Tassy (Fichier PDF gratuit à télécharger)
• Exemple de site Internet en arborescence sur la taxonomie
• Explications sur le classement sur Le monde du classement

Bibliographie

• Théorie des classifications de de Candolle (Un botaniste philosophe) Fichier PDF
• Classification phylogénétique du vivant, Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader, Belin

Taxinomie

Règne - Sous-règne - Infra-règne - Superembranchement - Embranchement / Division - Sous-embranchement - Superclasse - Classe - Sous-classe - Infraclasse - Superordre - Ordre - Sous-ordre - Infraordre  Superfamille - Famille - Sous-famille - Tribu - Genre - Sous-genre - Section - Série - Espèce - Sous-espèce - Variété ou Race - Forme ou Type

Biologie - Nomenclature - Nom binominal

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