Mycota (classification phylogénétique)

Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Mycota (Fungi, Champignons), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations de parenté existant entre leurs différents groupes (ou taxa), telles que les dernières analyses reconnues les proposent. Ce n'est qu'une possibilité, et les principaux débats qui subsistent au sein de la communauté scientifique sont brièvement présentés ci-dessous, avant la bibliographie.

Arbre phylogénétique

À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien. De plus, pour plus de précisions si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.

Le symbole ▲ renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré.

Tout nœud de l'arbre portant plus de deux branches montre une indétermination de la phylogénie interne du groupe considéré. Le symbole ... indique que le nœud qu'il désigne n'a pas (encore) reçu de nom reconnu par la communauté scientifique.

▲
└─o Fungi ou Mycota
  ├─o
  │ ├─o Neocallismatigomycetes ►
  │ └─o Chytridiomycota s.s. ►
  └─o
    ├─o Blastocladiomycetes ►
    └─o
      ├─o
      │ ├─o Entomophthoromycotina ►
      │ └─o
      │   ├─o Zoopagomycotina ►
      │   └─o Kickxellomycotina ►
      │     └─? Microsporidia ►
      └─o
        ├─?
        │ ├─o Olpidiaceae 
        │ └─o Basidiobolales 
        ├─? Mucoromycotina ►
        └─o Symbiomycota
          ├─o Glomeromycota ►
          └─o Dikarya
            ├─o Basidiomycota ►
            └─o Ascomycota ►

• 

  Flammulina velutipes (Basidiomycota, Agaricales, Marasmiaceae)

• 

  Lichen foliacé (Evernia prunastri, Ascomycota, Lecanoromycetes, Lecanorales, Parmeliaceae)

Débat scientifique relatif à la phylogénie des Mycota

Au sein des Opisthocontes monophylétiques, la monophylie des Champignons est également avérée, à condition d'en éliminer plusieurs groupes protistes autrefois considérés comme des « Champignons inférieurs » (et dont le nom scientifique se termine toujours avec le suffixe « -myc- »), et classés aujourd'hui parmi les Straménopiles, donc très loin de notre clade, ou les Mésomycétozoaires, c'est-à-dire plus près des Animaux que des Champignons.

Aujourd'hui, les analyses divergent sur la paraphylie ou non des Chytridiomycètes et des Zygomycètes, ainsi que sur la place exacte des Microsporidies qui sont sans doute des Zygomycètes plutôt que le groupe frère des Champignons. La proximité des Gloméromycètes (autrefois classés parmi les Zygomycètes) et des « Champignons supérieurs » ne semble plus devoir être remise en question, non plus que la monophylie de ceux-ci et des deux groupes qui les constituent (Asco- et Basidiomycètes).

La dernière classification proposée par les artisans de l' AFTOL (Hibbett et al. 2007) prend plus de précautions que le cladogramme proposé ci-dessus, concernant les parentés non encore pleinement élucidées des différents groupes de Chytridio- et Zygomycètes...

Classification selon Cavalier-Smith 1998

Cette classification n'est pas à proprement parler phylogénétique. Basée sur les nouvelles phylogénies, elle maintient néanmoins des taxons paraphylétiques, notamment à la base des lignées évolutives, par commodité. Elle maintient également les niveaux traditionnels de classification (règnes, phyla, classes, etc.). Ses « Entéromycètes » sont aujourd'hui considérés comme des Mésomycétozoaires, plus proches des animaux que des champignons.

▲
└─o règne des Fungi
  ├─o sous-règne des Eomycota (paraphylétique)
  │ ├─o embranchement des Archemycota (paraphylétique)
  │ │ ├─o sous-embranchement des Dictyomycotina (paraphylétique)
  │ │ │ ├─o classe des Chytridiomycetes
  │ │ │ │ ├─o sous-classe des Rumpomycetidae
  │ │ │ │ │ ├─o ordre des Chytridiales
  │ │ │ │ │ └─o ordre des Monoblepharidales
  │ │ │ │ └─o sous-classe des Spizomycetidae
  │ │ │ │   ├─o ordre des Spizellomycetales
  │ │ │ │   └─o ordre des Neocallismatigales
  │ │ │ └─o classe des Enteromycetes
  │ │ │   ├─o ordre des Eccrinales
  │ │ │   └─o ordre des Amoebidiales
  │ │ └─o sous-embranchement des Melanomycotina
  │ │   ├─o infra-embranchement des Allomycotina
  │ │   │ └─o classe des Allomycetes
  │ │   │   ├─o ordre des Blastocladiales
  │ │   │   └─o ordre des Coelomomycetales
  │ │   │     └─o famille des Coelomomycetaceae
  │ │   └─o infra-embranchement des Zygomycotina (paraphylétique)
  │ │     ├─o super-classe des Eozygomycetia
  │ │     │ ├─o classe des Bolomycetes
  │ │     │ │ └─o ordre des Basidiobolales
  │ │     │ └─o classe des Glomomycetes (peut-être paraphylétique)
  │ │     │   ├─o Glomales
  │ │     │   └─o Endogonales
  │ │     └─o super-classe des Neozygomycetia
  │ │       ├─o classe des Zygomycetes
  │ │       │ ├─o sous-classe des Mucoromycetidae
  │ │       │ │ ├─o ordre des Mucorales
  │ │       │ │ └─o ordre des Mortierellales
  │ │       │ └─o sous-classe des Meromycetidae
  │ │       │   ├─o
  │ │       │   │ ├─o Dimargaritales
  │ │       │   │ └─o Kickxellales
  │ │       │   └─o
  │ │       │     ├─o Piptocephalaceae
  │ │       │     └─o Cuninghamellales
  │ │       └─o classe des Zoomycetes
  │ │         ├─o sous-classe des Entomycetidae
  │ │         │ ├─o ordre des Entomophorales
  │ │         │ └─o ordre des Zoopagales
  │ │         └─o sous-classe des Pedomycetidae
  │ │           ├─o super-ordre des Trichomycetalia
  │ │           │ ├─o ordre des Harpellales
  │ │           │ └─o ordre des Asellariales
  │ │           └─o super-ordre des Pyxomycetalia
  │ │             ├─o ordre des Laboulbeniales
  │ │             └─o ordre des Pyxidiophorales
  │ └─o embranchement des Microsporidia
  │   ├─o classe des Minisporea
  │   └─o classe des Microsporea
  │     ├─o sous-classe des Pleistophorea
  │     └─o sous-classe des Disporea
  └─o sous-règne des Neomycota
    ├─o embranchement des Ascomycota
    │ ├─o sous-embranchement des Hemiascomycotina (peut-être paraphylétique)
    │ │ ├─o classe des Taphrinomycetes
    │ │ ├─o classe des Geomycetes
    │ │ │ └─o ordre des Geosiphonales
    │ │ │   └─o famille des Geosiphonaceae
    │ │ └─o classe des Endomycetes
    │ │   ├─o sous-classe des Dipomycetidae
    │ │   └─o sous-classe des Saccharomycetidae
    │ └─o sous-embranchement des Euascomycotina
    │   ├─o classe des Discomycetes
    │   │ ├─o sous-classe des Calycomycetidae
    │   │ ├─o sous-classe des Lecomycetidae
    │   │ └─o sous-classe des Pezomycetidae
    │   ├─o classe des Pyrenomycetes
    │   │ ├─o sous-classe des Verrucomycetidae
    │   │ └─o sous-classe des Ostiomycetidae
    │   ├─o classe des Loculomycetes
    │   │ ├─o sous-classe des Dendromycetidae
    │   │ └─o sous-classe des Loculoascomycetidae
    │   └─o classe des Plectomycetes
    └─o embranchement des Basidiomycota
      ├─o sous-embranchement des Septomycotina (peut-être paraphylétique)
      │ └─o classe des Septomycetes
      │   ├─o sous-classe des Sporidiomycetidae
      │   │ ├─o Erythrobasidiales
      │   │ └─o Sporidiales
      │   └─o sous-classe des Uredomycetidae
      │     ├─o Uredinales
      │     └─o Septobasidiales
      └─o sous-embranchement des Orthomycotina
        ├─o super-classe des Hemibasidiomycetia
        │ └─o classe des Ustomycetes
        │   ├─o ordre des Ustilaginales
        │   └─o ordre des Tilletiales
        └─o super-classe des Hymenomycetia
          ├─o classe des Gelimycetes (paraphylétique)
          │ ├─o sous-classe des Tremellomycetidae
          │ ├─o sous-classe des Dacrymycetidae
          │ └─o sous-classe des Auromycetidae
          └─o classe des Homobasidiomycetes
            ├─o sous-classe des Clavomycetidae
            └─o sous-classe des Pileomycetidae

Classification proposée par Adl et al. 2005

Ce comité a proposé une nouvelle classification, remplaçant celle des anciens Protistes et tenant compte des phylogénies moléculaires récentes. Elle regroupe les Eucaryotes en six groupes réputés monophylétiques. Voici ce qui concerne les Champignons.

▲
└─o Fungi
  ├─o Basidiomycota
  ├─o Urediniomycetes
  ├─o Ustilaginomycetes
  ├─o Ascomycota
  │ ├─o Neolecta
  │ ├─o Taphrinomycotina
  │ │ ├─o Pneumocystis
  │ │ ├─o Schizosaccharomycetes
  │ │ └─o Taphrinomycetes
  │ ├─o Saccharomycetes
  │ └─o Pezizomycotina
  │   ├─o Arthoniomycetes
  │   ├─o Dothideomycetes
  │   ├─o Chaetothyriomycetes
  │   ├─o Eurotiomycetes
  │   ├─o Pezizomycetes
  │   ├─o Laboulbeniomycetes
  │   ├─o Lecanoromycetes
  │   ├─o Leotiomycetes
  │   ├─o Lichinomycetes
  │   ├─o Orbiliomycetes
  │   └─o Sordariomycetes
  ├─o Microsporidia
  ├─o Glomeromycota
  ├─o Zygomycota
  │ ├─o Dimargaritales
  │ ├─o Harpellales
  │ ├─o Kickxellales
  │ ├─o Zoopagales
  │ ├─o Basidiobolus
  │ ├─o Mucorales (peut-être paraphylétique)
  │ ├─o Endogonales
  │ └─o Entomophthorales
  └─o Chytridiomycetes
    ├─o Blastocladiales
    │ ├─o Blastocladiaceae
    │ ├─o Catenariaceae
    │ ├─o Coelomomycetaceae
    │ ├─o Physodermataceae
    │ └─o Sorochytrium
    ├─o Monoblepharidales
    │ ├─o Gonapodyaceae
    │ ├─o Monoblepharidaceae
    │ └─o Oedogoniomycetaceae
    ├─o Spizellomycetales
    │ ├─o Spizellomycetaceae
    │ └─o Olpidiaceae
    ├─o Neocallimastigaceae
    └─o Chytridiales (paraphylétique)

En savoir plus

Sources bibliographiques de référence

• Yu Liu, Emma T. Steenkamp, Henner Brinkmann, Lise Forget, Hervé Philippe and B. Franz Lang : « Phylogenomic analyses predict sistergroup relationship of nucleariids and Fungi and paraphyly of zygomycetes with significant support », BMC Evolutionary Biology, vol. 9, n°272, 2009
• D. S. Hibbett, M. Binder, J. F. Bischoff, M. Blackwell, P. F. Cannon, O. E. Eriksson, S. Huhndorf, T. James, P. M. Kirk, R. Lucking, H. T. Lumbsch, F. Lutzoni, P. B. Matheny, D. J. McLaughlin, M. J. Powell, S. Redhead, C. L. Schoch, J. W. Spatafora, J. A. Stalpers, R. Vilgalys, M. C. Aime, A. Aptroot, R. Bauer, D. Begerow, G. L. Benny, L. A. Castlebury, P. W. Crous, Y.-C. Dai, W. Gams, D. M. Geiser, G. W. Griffith, C. Gueidan, D. L. Hawksworth, G. Hestmark, K. Hosaka, R. A. Humber, K. D. Hyde, J. E. Ironside, U. Koljalg, C. P. Kurtzman, K.-H. Larsson, R. Lichtwardt, J. Longcore, J. Miadlikowska, A. Miller, J.-M. Moncalvo, S. Mozley-Standridge, F. Oberwinkler, E. Parmasto, V. Reeb, J. D. Rogers, C. Roux, L. Ryvarden, J. P. Sampaio, A. Schüßler, J. Sugiyama, R. G. Thorn, L. Tibell, W. A. Untereiner, C. Walker, Z. Wang, A. Weir, M. Weiss, M. M. White, K. Winka, Y.-J. Yao et N. Zhang, « A higher-level phylogenetic classification of the Fungi », Mycol. Res., vol. 111, 2007, pp. 509-547
• Sina M. Adl et alii, « The New Higher Level Classification of Eukaryotes », J. Eukaryot. Microbiol., vol. 52, n°5, 2005, pp. 399–451
• François Lutzoni, Frank Kauff, Cymon J. Cox, David McLaughlin, Gail Celio, Bryn Dentinger, Mahajabeen Padamsee, David Hibbett, Timothy Y. James, Elisabeth Baloch, Martin Grube, Valérie Reeb, Valérie Hofstetter, Conrad Schoch, A. Elizabeth Arnold, Jolanta Miadlikowska, Joseph Spatafora, Désirée Johnson, Sarah Hambleton, Michael Crockett, Robert Shoemaker, Gi-Ho Sung, Robert Lücking, Thorsten Lumbsch, Kerry O’Donnell, Manfred Binder, Paul Diederich, Damien Ertz, Cécile Gueidan, Karen Hansen, Richard C. Harris, Kentaro Hosaka, Young-Woon Lim, Brandon Matheny, Hiromi Nishida, Don Pfister, Jack Rogers, Amy Rossman, Imke Schmitt, Harrie Sipman, Jeffrey Stone, Junta Sugiyama, Rebecca Yahr et Rytas Vilgalys, « Assembling the fungal tree of life: progress, classification, and evolution of subcellular traits », American Journal of Botany, vol. 91, n°10, 2004, pp. 1446–1480
• Anders Tehler, Damon P. Little et James S. Farris, « The full-length phylogenetic tree from 1551 ribosomal sequences of chitinous fungi, Fungi », Mycological Research, vol. 107, n° 8, 2003, pp. 901-916
• Thomas Cavalier-Smith, « A revised six-kingdom system of life », Biological reviews, vol. 73, 1998, pp. 203-266

Autres sources bibliographiques

Sources internet

• Arbre taxonomique de l'Inventaire national du Patrimoine naturel, partiel et non phylogénétique
• Tree of life [1]

Liens internes

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