- Marqueur génétique
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Pour les articles homonymes, voir marqueur.Le marqueur génétique est une séquence polymorphe d'ADN aisément détectable, utilisée en cartographie génétique pour « baliser » le génome.
Jusqu'en 1980, les marqueurs génétiques étaient morphologiques car basés uniquement sur des gènes polymorphes cartographiés à partir de l'analyse des phénotypes. Les nouvelles biotechnologies (PCR…) permettent une analyse directe du polymorphisme des séquences d'ADN pour dresser une carte génétique (marqueurs moléculaires -directement l'ADN - ou biochimiques).
Il existe différentes sortes de marqueurs : STS, RFLP, SSR:simple sequence repeat: Microsatellite (biologie) , minisatellite, RAPD, SNP, EST, gènes, SSCP, CNV ...
Sommaire
Caractéristiques
Selon Bretting et Widrlechner (1995), les conditions idéales d'un marqueur génétique sont les suivantes[1] :
- être polymorphe, afin de pouvoir facilement différencier les individus ou les lignées ;
- être relativement neutre, que ce soit au niveau de la valeur du caractère étudié que de la valeur sélective ;
- être codominant, afin de pouvoir distinguer les hétérozygotes des homozygotes ;
- être un caractère mendélien à hérédité simple
- ne pas être pléiotropique ou épistatique
- être dispersé le long du génome
- ne pas être lié à un autre marqueur
- être stable quel que soit le stade du développement
- ne pas avoir d'impact sur la croissance ou la reproduction sexuée
- être facilement observable, sans ambiguïté possible
- être peu coûteux
Classification des marqueurs
Ils peuvent être classés en trois groupes selon qu'ils révèlent :
- la codominance ou l'allèle dominant
- le polymorphisme de séquence ou d'unités de répétitions
- un locus, une région particulière ou régions entières (profil génétique, cartes génétiques saturées)[2].
Notes et références
- Daniel Prat & al, Analyse du génome et gestion des ressources génétiques forestières [lire en ligne], pp. 73-74, éd. Quae, 2006, 456 p. (ISBN 2738012272).
- D. De Vienne et S. Santoni, « Les principales sources de marqueurs moléculaires », dans Les marqueurs moléculaires en génétique, 1998, p. 49-79
A ne pas confondre
- Gène marqueur, servant de témoin de transformation génétique,
- Marqueur biologique, témoin de perturbations écologiques,
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