- Liste d'espèces protéobacteriennes dont le génome est séquencé
-
Cette liste d'espèces protéobacteriennes dont le génome est séquencé (qui peut ne pas être à jour) présente une liste d'espèces de Proteobacteria dont le génome a été séquencé. La plupart de ces séquences ont été publiées dans des bases de données biologiques de séquences, et se trouvent en général dans la base de données publique INSDB (pour International Nucleotide Sequence Database Collaboration, en anglais), laquelle peut-être consultée sur internet[1]. Les génomes ci-dessous annotés comme « non publiés » n'ont pas été publiés dans une publication scientifique à comité de lecture (mais sont généralement disponibles dans une base de données).
Sommaire
Delta-Epsilonproteobacteria
Espèces deltaprotéobactériennes dont le génome est séquencé Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C Proteobacteria delta-epsilon 5,013,479 4,346 Non publié[1] Bdellovibrio bacteriovorus HD100 Proteobacteria delta-epsilon 3,782,950 3,583 [2] Campylobacter jejuni NCTC11168 Proteobacteria delta-epsilon 1,641,481 1,643 [3] Campylobacter jejuni RM1221 Proteobacteria delta-epsilon 1,777,831 1,838 [4] Desulfotalea psychrophila LSv54 Proteobacteria delta-epsilon 3,523,383 3,118 Non publié[1] Desulfovibrio desulfuricans G20 Proteobacteria delta-epsilon 3,730,232 3,775 Non publié[1] Desulfovibrio vulgaris Hildenborough Proteobacteria delta-epsilon 3,570,858 3,379 [5] Geobacter metallireducens GS15 Proteobacteria delta-epsilon 3,997,420 3,519 Non publié[1] Geobacter sulfurreducens PCA Proteobacteria delta-epsilon 3,814,139 3,447 [6] Helicobacter hepaticus ATCC51449 Proteobacteria delta-epsilon 1,799,146 1,875 [7] Helicobacter pylori 26695 Proteobacteria delta-epsilon 1,667,867 1,566 [8] Helicobacter pylori HPAG1 Proteobacteria delta-epsilon 1,596,366 1,536 Non publié[1] Helicobacter pylori J99 Proteobacteria delta-epsilon 1,643,831 1,491 [9] Lawsonia intracellularis PHEMN1-00 Proteobacteria delta-epsilon 1,719,014 1,344 Non publié[1] Non spécifié Non spécifié Proteobacteria delta-epsilon 39,794 24 Non publié[1] Non spécifié Non spécifié Proteobacteria delta-epsilon 194,553 104 Non publié[1] Non spécifié Non spécifié Proteobacteria delta-epsilon 1,457,619 1,187 Non publié[1] Myxococcus xanthus DK1622 Proteobacteria delta-epsilon 9,139,763 7,331 Non publié[1] Pelobacter carbinolicus DSM2380 Proteobacteria delta-epsilon 3,665,893 3,119 Non publié[1] Syntrophus aciditrophicus SB Proteobacteria delta-epsilon 3,179,300 3,168 Non publié[1] Thiomicrospira denitrificans ATCC33889 Proteobacteria delta-epsilon 2,201,561 2,097 Non publié[1] Wolinella succino DSMZ1740 Proteobacteria delta-epsilon 2,110,355 2,044 [10] Alphaproteobacteria
Espèces alphaprotéobactériennes dont le génome est séquencé Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence Agrobacterium tumefaciens C58 Proteobacteria Alphaproteobacteria 2,841,581 2,722 [11] Anaplasma marginale StMaries Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,197,687 949 [12] Anaplasma phagocytophilum HZ Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,471,282 1,264 [13] Bartonella henselae Houston-1 Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,931,047 1,612 [14] Bartonella quintana Toulouse Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,581,384 1,308 [14] Bradyrhizobium japonicum USDA110 Proteobacteria Alphaproteobacteria 9,105,828 8,317 [15] Brucella abortus 2308 (chromosome I) Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,156,948 1,164 [16] 2308 (chromosome II) Proteobacteria Alphaproteobacteria 2,121,359 2,186 [16] Brucella abortus 9-941 (chromosome I) Proteobacteria Alphaproteobacteria 2,124,241 2,030 [17] 9-941 (chromosome II) Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,162,204 1,055 [17] Brucella melitensis 16M (chromosome I) Proteobacteria Alphaproteobacteria 2,117,144 2,059 [18] 16M (chromosome II) Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,177,787 1,139 [18] Brucella suis 1330 (chromosome I) Proteobacteria Alphaproteobacteria 2,107,794 2,123 [19] 1330 (chromosome II) Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,207,381 1,150 [19] Caulobacter crescentus CB15 Proteobacteria Alphaproteobacteria 4,016,947 3,737 [20] Ehrlichia canis Jake Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,315,030 925 Non publié[1] Ehrlichia chaffeensis Arkansas Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,176,248 1,105 [13] Ehrlichia ruminantium Gardel Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,499,920 950 Non publié[1] Ehrlichia ruminantium Welgevonden Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,512,977 958 Non publié[1] Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,516,355 920 [21] Erythrobacter litoralis HTCC2594 Proteobacteria Alphaproteobacteria 3,052,398 3,011 Non publié[1] Gluconobacter oxydans 621H Proteobacteria Alphaproteobacteria 2,702,173 2,432 [22] Jannaschia species CCS1 Proteobacteria Alphaproteobacteria 4,317,977 4,212 Non publié[1] Magnetospirillum magneticum AMB1 Proteobacteria Alphaproteobacteria 4,967,148 4,559 [23] Mesorhizobium loti MAFF303099 Proteobacteria Alphaproteobacteria 7,036,071 6,752 [24] Neorickettsia sennetsu Miyayama Proteobacteria Alphaproteobacteria 859,006 932 [13] Nitrobacter hamburgensis X14 Proteobacteria Alphaproteobacteria 4,406,967 3,804 Non publié[1] Nitrobacter winogradskyi Nb255 Proteobacteria Alphaproteobacteria 3,402,093 3,122 Non publié[1] Novosphingobium aromaticivorans DSM12444 Proteobacteria Alphaproteobacteria 3,561,584 3,324 Non publié[1] Pelagibacter ubique HTCC1062 Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,308,759 1,354 [25] Rhizobium etli CFN42 Proteobacteria Alphaproteobacteria 4,381,608 4,067 [26] Rhizobium leguminosarum viciae3841 Proteobacteria Alphaproteobacteria 7,751,309 4,746 Non publié[1] Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 Proteobacteria Alphaproteobacteria 3,188,609 3,022 Non publié[1] Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Alphaproteobacteria 943,016 835 Non publié[1] Rhodopseudomonas palustris BisB5 Proteobacteria Alphaproteobacteria 4,892,717 4,397 Non publié[1] Rhodopseudomonas palustris CGA009 Proteobacteria Alphaproteobacteria 5,459,213 4,833 [27] Rhodopseudomonas palustris HaA2 Proteobacteria Alphaproteobacteria 5,331,656 4,683 Non publié[1] Rhodospirillum rubrum ATCC11170 Proteobacteria Alphaproteobacteria 4,352,825 3,791 Non publié[1] Rickettsia bellii RML369-C Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,522,076 1,429 Non publié[1] Rickettsia conorii Malish7 Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,268,755 1,374 [28] Rickettsia felis URRWXCal2 Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,485,148 1,400 [29] Rickettsia prowazekii Madrid-E Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,111,523 834 [30] Rickettsia typhi Wilmington Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,111,496 838 [31] Rhodopseudomonas palustris BisB18 Proteobacteria Alphaproteobacteria 5,513,844 4,886 Non publié[1] Silicibacter pomeroyi DSS3 Proteobacteria Alphaproteobacteria 4,109,442 3,810 [32] Silicibacter species TM1040 Proteobacteria Alphaproteobacteria 3,200,938 3,030 Non publié[1] Sinorhizobium meliloti Rm1021 Alphaproteobacteria 3,654,135 3,341 [33] Sphingopyxis alaskensis RB2256 Proteobacteria Alphaproteobacteria 3,345,170 3,165 Non publié[1] Wolbachia endosymbiont TRS Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,080,084 805 [34] Wolbachia pipientis wMel Proteobacteria Alphaproteobacteria 1,267,782 1,195 [35] Zymomonas mobilis ZM4 Proteobacteria Alphaproteobacteria 2,056,416 1,998 [36] Betaproteobacteria
Espèces bétaprotéobactériennes dont le génome est séquencé Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence Azoarcus sp. EbN1 Proteobacteria Betaproteobacteria 4,296,230 4,128 [37] Bordetella bronchiseptica RB50 Proteobacteria Betaproteobacteria 5,339,179 5,006 Non publié[1] Bordetella parapertussis 12822 Proteobacteria Betaproteobacteria 4,773,551 4,402 Non publié[1] Bordetella pertussis TohamaI Proteobacteria Betaproteobacteria 4,086,189 3,806 Non publié[1] Burkholderia cenocepacia AU1054 Proteobacteria Betaproteobacteria 3,294,563 2,965 Non publié[1] Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Betaproteobacteria 2,788,459 2,472 Non publié[1] Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Betaproteobacteria 1,196,094 1,040 Non publié[1] Burkholderia mallei ATCC23344 Proteobacteria Betaproteobacteria 3,510,148 2,996 Non publié[1] Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Betaproteobacteria 2,325,379 2,029 [38] Burkholderia pseudomallei 1710b Proteobacteria Betaproteobacteria 4,126,292 3,736 Non publié[1] Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Betaproteobacteria 3,181,762 2,611 Non publié[1] Burkholderia pseudomallei K96243 (chromosome I) Proteobacteria Betaproteobacteria 4,074,542 3,460 [39] K96243 (chromosome II) Proteobacteria Betaproteobacteria 3,173,005 2,395 [39] Burkholderia species 383 Proteobacteria Betaproteobacteria 3,694,126 3,334 Non publié[1] Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Betaproteobacteria 3,587,082 3,174 Non publié[1] Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Betaproteobacteria 1,395,069 1,209 Non publié[1] Burkholderia thailandensis E264 Proteobacteria Betaproteobacteria 3,809,201 3,276 [40] Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Betaproteobacteria 2,914,771 2,358 [40] Burkholderia xenovorans LB400 Proteobacteria Betaproteobacteria 4,895,836 4,430 Non publié[1] Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Betaproteobacteria 3,363,523 2,960 Non publié[1] Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Betaproteobacteria 1,471,779 1,312 Non publié[1] Chromobacterium violaceum ATCC12472 Proteobacteria Betaproteobacteria 4,751,080 4,407 [41] Dechloromonas aromatica RCB Proteobacteria Betaproteobacteria 4,501,104 4,171 Non publié[1] Methylobacillus flagellatus KT Proteobacteria Betaproteobacteria 2,971,517 2,753 Non publié[1] Neisseria gonorrhoeae FA1090 Proteobacteria Betaproteobacteria 2,153,922 2,002 Non publié[1] Neisseria meningitidis A Proteobacteria Betaproteobacteria 2,184,406 2,121 [42] Neisseria meningitidis B Proteobacteria Betaproteobacteria 2,272,360 2,063 [43] Nitrosomonas europaea Schmidt Proteobacteria Betaproteobacteria 2,812,094 2,574 [44] Nitrosospira multiformis ATCC25196 Proteobacteria Betaproteobacteria 3,184,243 2,757 Non publié[1] Polaromonas species JS666 Proteobacteria Betaproteobacteria 5,200,264 4,817 Non publié[1] Ralstonia eutropha JMP134 Proteobacteria Betaproteobacteria 3,806,533 3,439 Non publié[1] Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Betaproteobacteria 2,726,152 2,407 Non publié[1] Ralstonia metallidurans CH34 Proteobacteria Betaproteobacteria 3,928,089 3,601 Non publié[1] Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Betaproteobacteria 2,580,084 2,313 Non publié[1] Ralstonia solanacearum GMI1000 Proteobacteria Betaproteobacteria 3,716,413 3,441 [45] Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Betaproteobacteria 2,094,509 1,679 [45] Rhodoferax ferrireducens DSM15236 Proteobacteria Betaproteobacteria 4,712,337 4,170 Non publié[1] Thiobacillus denitrificans ATCC25259 Proteobacteria Betaproteobacteria 2,909,809 2,827 Non publié[1] Gammaproteobacteria
Espèces gammaprotéobactériennes dont le génome est séquencé Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence Acinetobacter sp. ADP1 Proteobacteria Gammaproteobacteria 3,598,621 3,325 [46] Baumannia cicadellinicola Hc Proteobacteria Gammaproteobacteria 686,194 595 Non publié[1] Blochmannia floridanus Strain Proteobacteria Gammaproteobacteria 705,557 589 [47] Blochmannia pennsylvanicus bpEN Proteobacteria Gammaproteobacteria 791,654 610 [48] Buchnera aphidicola APS Proteobacteria Gammaproteobacteria 640,681 564 [49] Buchnera aphidicola B Proteobacteria Gammaproteobacteria 615,980 504 [50] Buchnera aphidicola Sg Proteobacteria Gammaproteobacteria 641,454 545 [51] Carsonella ruddii PV Proteobacteria Gammaproteobacteria 159,662 182 [52] Chromohalobacter salexigens DSM3043 Proteobacteria Gammaproteobacteria 3,696,649 3,298 Non publié[1] Colwellia psychrerythraea 34H Proteobacteria Gammaproteobacteria 5,373,180 4,910 Non publié[1] Coxiella burnetii RSA493 Proteobacteria Gammaproteobacteria 1,995,281 2,016 [53] Erwinia carotovora SCRI1043 Gammaproteobacteria 5,064,019 4,492 Non publié[1] Escherichia coli 536 Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,938,920 4,685 Non publié[1] Escherichia coli CFT073 Proteobacteria Gammaproteobacteria 5,231,428 5,379 [54] Escherichia coli K-12 Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,639,675 4,331 [55] Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,646,332 4,337 [56] Escherichia coli O157:H7 Proteobacteria Gammaproteobacteria 5,528,445 5,349 [57] Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Gammaproteobacteria 5,498,450 5,361 [58] Escherichia coli UTI89 Proteobacteria Gammaproteobacteria 5,065,741 5,066 Non publié[1] Francisella tularensis LVS Proteobacteria Gammaproteobacteria 1,895,994 1,967 Non publié[1] Francisella tularensis SCHUS4 Proteobacteria Gammaproteobacteria 1,892,819 1,804 [59] Haemophilus ducreyi 3500HP Gammaproteobacteria 1,698,955 1,717 Non publié[1] Haemophilus influenzae 86-028NP Proteobacteria Gammaproteobacteria 1,913,428 1,792 [60] Haemophilus influenzae Rd Proteobacteria Gammaproteobacteria 1,830,138 1,709 [61] Hahella chejuensis KCTC2396 Proteobacteria Gammaproteobacteria 7,215,267 6,782 [62] Idiomarina loihiensis L2TR Proteobacteria Gammaproteobacteria 2,839,318 2,628 [63] Legionella pneumophila Lens Proteobacteria Gammaproteobacteria 3,345,687 2,947 [64] Legionella pneumophila Paris Proteobacteria Gammaproteobacteria 3,503,610 3,082 [64] Legionella pneumophila Philadelphia1 Proteobacteria Gammaproteobacteria 3,397,754 2,942 Non publié[1] Mannheimia succiniciproducens MBEL55E Proteobacteria Gammaproteobacteria 2,314,078 2,384 Non publié[1] Methylococcus capsulatus Bath Proteobacteria Gammaproteobacteria 3,304,561 2,960 [65] Nitrosococcus oceani ATCC19707 Proteobacteria Gammaproteobacteria 3,481,691 2,976 Non publié[1] Pasteurella multocida Pm70 Proteobacteria Gammaproteobacteria 2,257,487 2,014 [66] Photobacterium profundum SS9 Gammaproteobacteria 4,085,304 3,416 Non publié[1] Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Gammaproteobacteria 2,237,943 1,997 Non publié[1] Photorhabdus luminescens laumondiiTTO1 Proteobacteria Gammaproteobacteria 5,688,987 4,905 Non publié[1] Pseudoalteromonas haloplanktis TAC125 Gammaproteobacteria 3,214,944 2,941 [67] Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Gammaproteobacteria 635,328 546 [67] Pseudomonas aeruginosa PAO1 Proteobacteria Gammaproteobacteria 6,264,403 5,566 [68] Pseudomonas entomophila L48 Proteobacteria Gammaproteobacteria 5,888,780 5,168 Non publié[1] Pseudomonas fluorescens Pf-5 Proteobacteria Gammaproteobacteria 7,074,893 6,137 [69] Pseudomonas fluorescens PfO-1 Proteobacteria Gammaproteobacteria 6,438,405 5,736 Non publié[1] Pseudomonas putida KT2440 Proteobacteria Gammaproteobacteria 6,181,863 5,350 [70] Pseudomonas syringae B728a Proteobacteria Gammaproteobacteria 6,093,698 5,136 [71] Pseudomonas syringae DC3000 Proteobacteria Gammaproteobacteria 6,397,126 5,470 [72] Pseudomonas syringae phaseolicola1448A Proteobacteria Gammaproteobacteria 5,928,787 4,983 Non publié[1] Psychrobacter arcticum 273-4 Proteobacteria Gammaproteobacteria 2,650,701 2,147 Non publié[1] Psychrobacter cryohalolentis K5 Proteobacteria Gammaproteobacteria 41,221 44 Non publié[1] Non spécifié Non spécifié Proteobacteria Gammaproteobacteria 3,059,876 2,467 Non publié[1] Saccharophagus degradans Feb-40 Gammaproteobacteria 5,057,531 4,008 Non publié[1] Salmonella enterica ATCC9150 Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,585,229 4,093 [73] Salmonella enterica SCB67 Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,755,700 4,445 [74] Salmonella enterica Ty2 Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,791,961 4,323 [75] Salmonella enterica typhiCT18 Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,809,037 4,600 [76] Salmonella typhimurium LT2 Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,857,432 4,452 [77] Shewanella denitrificans OS217 Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,545,906 3,754 Non publié[1] Shewanella oneidensis MR1 Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,969,803 4,630 [78] Shigella boydii Sb227 Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,519,823 4,142 [79] Shigella dysenteriae Sd197 Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,369,232 4,277 [79] Shigella flexneri 2457T Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,599,354 4,073 [80] Shigella flexneri 2a301 Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,607,203 4,436 [81] Shigella sonnei Ss046 Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,825,265 4,224 [79] Sodalis glossinidius morsitans Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,171,146 2,432 [82] Thiomicrospira crunogena XCL2 Proteobacteria Gammaproteobacteria 2,427,734 2,192 Non publié[1] Vibrio cholerae N16961 (chromosome I) Gammaproteobacteria 2,961,149 2,736 [83] N16961 (chromosome II) Proteobacteria Gammaproteobacteria 1,072,315 1,092 [83] Vibrio fischeri ES114 (chromosome I) Proteobacteria Gammaproteobacteria 2,906,179 2,575 [84] ES114 (chromosome II) Proteobacteria Gammaproteobacteria 1,332,022 1,172 [84] Vibrio parahaemolyticus RIMD2210633 (chromosome I) Proteobacteria Gammaproteobacteria 3,288,558 3,080 [85] RIMD2210633 (chromosome II) Proteobacteria Gammaproteobacteria 1,877,212 1,752 [85] Vibrio vulnificus CMCP6 (chromosome I) Proteobacteria Gammaproteobacteria 3,281,944 2,973 [86] CMCP6 (chromosome II) Proteobacteria Gammaproteobacteria 1,844,853 1,565 [86] Vibrio vulnificus YJ016 (chromosome I) Proteobacteria Gammaproteobacteria 3,354,505 3,262 [87] YJ016 (chromosome II) Proteobacteria Gammaproteobacteria 1,857,073 1,697 [87] Wigglesworthia glossinidia Strain Proteobacteria Gammaproteobacteria 697,724 611 [88] Xanthomonas axonopodis citri306 Gammaproteobacteria 5,175,554 4,312 [89] Xanthomonas campestris 8004 Proteobacteria Gammaproteobacteria 5,148,708 4,273 [90] Xanthomonas campestris 8510 Proteobacteria Gammaproteobacteria 5,178,466 4,487 [91] Xanthomonas campestris ATCC33913 Proteobacteria Gammaproteobacteria 5,076,188 4,181 [89] Xanthomonas oryzae KACC10331 Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,941,439 4,637 [92] Xanthomonas oryzae MAFF311018 Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,940,217 4,372 Non publié[1] Xylella fastidiosa 9a5c Proteobacteria Gammaproteobacteria 2,679,306 2,766 [93] Xylella fastidiosa Temecula1 Proteobacteria Gammaproteobacteria 2,519,802 2,034 [94] Yersinia pestis Antiqua Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,702,289 4,167 [95] Yersinia pestis CO-92BiovarOrientalis Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,653,728 4,008 [96] Yersinia pestis KIM Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,600,755 4,090 [97] Yersinia pestis Mediaevalis Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,595,065 3,895 [98] Yersinia pseudotuberculosis IP32953 Proteobacteria Gammaproteobacteria 4,744,671 3,974 [99] Notes et références
(en) Cet article est partiellement ou en totalité issu de l’article en anglais intitulé « List of sequenced bacterial genomes » (voir la liste des auteurs)
- Entrez Genome Database Search, National Center for Biotechnology Information Search for details on specific genomes by organism name and strain.
- Rendulic S et al., « A predator unmasked: life cycle of Bdellovibrio bacteriovorus from a genomic perspective », dans Science, vol. 303, 2004, p. 689–92 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Parkhill J et al., « The genome sequence of the food-borne pathogen Campylobacter jejuni reveals hypervariable sequences », dans Nature, vol. 403, 2000, p. 665–8 [lien PMID, lien DOI]
- Fouts DE et al., « Major structural differences and novel potential virulence mechanisms from the genomes of multiple campylobacter species », dans PLoS Biol, vol. 3, 2005, p. e15 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Heidelberg JF et al., « The genome sequence of the anaerobic, sulfate-reducing bacterium Desulfovibrio vulgaris Hildenborough », dans Nat Biotechnol, vol. 22, 2004, p. 554–9 [lien PMID, lien DOI]
- Methé BA et al., « Genome of Geobacter sulfurreducens: metal reduction in subsurface environments », dans Science, vol. 302, 2003, p. 1967–9 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Suerbaum S et al., « The complete genome sequence of the carcinogenic bacterium Helicobacter hepaticus », dans Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 100, 2003, p. 7901–6 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Tomb JF et al., « The complete genome sequence of the gastric pathogen Helicobacter pylori », dans Nature, vol. 388, 1997, p. 539–47 [lien PMID, lien DOI]
- Alm RA et al., « Genomic-sequence comparison of two unrelated isolates of the human gastric pathogen Helicobacter pylori », dans Nature, vol. 397, 1999, p. 176–80 [lien PMID, lien DOI]
- Baar C et al., « Complete genome sequence and analysis of Wolinella succinogenes », dans Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 100, 2003, p. 11690–5 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Goodner B et al., « Genome sequence of the plant pathogen and biotechnology agent Agrobacterium tumefaciens C58 », dans Science, vol. 294, 2001, p. 2323–8 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Brayton KA et al., « Complete genome sequencing of Anaplasma marginale reveals that the surface is skewed to two superfamilies of outer membrane proteins », dans Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 102, 2005, p. 844–9 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Hotopp JC et al., « Comparative genomics of emerging human ehrlichiosis agents », dans PLoS Genet, vol. 2, 2006, p. e21 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Alsmark CM et al., « The louse-borne human pathogen Bartonella quintana is a genomic derivative of the zoonotic agent Bartonella henselae », dans Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 101, 2004, p. 9716–21 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Kaneko T et al., « Complete genomic sequence of nitrogen-fixing symbiotic bacterium Bradyrhizobium japonicum USDA110 », dans DNA Res, vol. 9, 2002, p. 189–97 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Chain PS et al., « Whole-genome analyses of speciation events in pathogenic Brucellae », dans Infect Immun, vol. 73, 2005, p. 8353–61 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Halling SM et al., « Completion of the genome sequence of Brucella abortus and comparison to the highly similar genomes of Brucella melitensis and Brucella suis », dans J Bacteriol, vol. 187, 2005, p. 2715–26 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- DelVecchio VG et al., « The genome sequence of the facultative intracellular pathogen Brucella melitensis », dans Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 99, 2002, p. 443–8 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Paulsen IT et al., « The Brucella suis genome reveals fundamental similarities between animal and plant pathogens and symbionts », dans Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 99, 2002, p. 13148–53 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Nierman WC et al., « Complete genome sequence of Caulobacter crescentus », dans Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 98, 2001, p. 4136–41 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Collins NE et al., « The genome of the heartwater agent Ehrlichia ruminantium contains multiple tandem repeats of actively variable copy number », dans Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 102, 2005, p. 838–43 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Prust C et al., « Complete genome sequence of the acetic acid bacterium Gluconobacter oxydans », dans Nat Biotechnol, vol. 23, 2005, p. 195–200 [lien PMID, lien DOI]
- Matsunaga T et al., « Complete genome sequence of the facultative anaerobic magnetotactic bacterium Magnetospirillum sp. strain AMB-1 », dans DNA Res, vol. 12, 2005, p. 157–66 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Kaneko T et al., « Complete genome structure of the nitrogen-fixing symbiotic bacterium Mesorhizobium loti », dans DNA Res, vol. 7, 2000, p. 331–8 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Giovannoni SJ et al., « Genome streamlining in a cosmopolitan oceanic bacterium », dans Science, vol. 309, 2005, p. 1242–5 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- González V et al., « The partitioned Rhizobium etli genome: genetic and metabolic redundancy in seven interacting replicons », dans Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 103, 2006, p. 3834–9 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Larimer FW et al., « Complete genome sequence of the metabolically versatile photosynthetic bacterium Rhodopseudomonas palustris », dans Nat Biotechnol, vol. 22, 2004, p. 55–61 [lien PMID, lien DOI]
- Ogata H et al., « Selfish DNA in protein-coding genes of Rickettsia », dans Science, vol. 290, 2000, p. 347–50 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Ogata H et al., « The genome sequence of Rickettsia felis identifies the first putative conjugative plasmid in an obligate intracellular parasite », dans PLoS Biol, vol. 3, 2005, p. e248 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Andersson SG et al., « The genome sequence of Rickettsia prowazekii and the origin of mitochondria », dans Nature, vol. 396, 1998, p. 133–40 [lien PMID, lien DOI]
- McLeod MP et al., « Complete genome sequence of Rickettsia typhi and comparison with sequences of other rickettsiae », dans J Bacteriol, vol. 186, 2004, p. 5842–55 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Moran MA et al., « Genome sequence of Silicibacter pomeroyi reveals adaptations to the marine environment », dans Nature, vol. 432, 2004, p. 910–3 [lien PMID, lien DOI]
- Capela D et al., « Analysis of the chromosome sequence of the legume symbiont Sinorhizobium meliloti strain 1021 », dans Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 98, 2001, p. 9877–82 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Foster J et al., « The Wolbachia genome of Brugia malayi: endosymbiont evolution within a human pathogenic nematode », dans PLoS Biol, vol. 3, 2005, p. e121 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Wu M et al., « Phylogenomics of the reproductive parasite Wolbachia pipientis wMel: a streamlined genome overrun by mobile genetic elements », dans PLoS Biol, vol. 2, 2004, p. E69 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Seo JS et al., « The genome sequence of the ethanologenic bacterium Zymomonas mobilis ZM4 », dans Nat Biotechnol, vol. 23, 2005, p. 63–8 [lien PMID, lien DOI]
- Rabus R et al., « Genes involved in the anaerobic degradation of ethylbenzene in a denitrifying bacterium, strain EbN1 », dans Arch Microbiol, vol. 178, 2002, p. 506–16 [lien PMID, lien DOI]
- Nierman WC et al., « Structural flexibility in the Burkholderia mallei genome », dans Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 101, 2004, p. 14246–51 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Holden MT et al., « Genomic plasticity of the causative agent of melioidosis, Burkholderia pseudomallei », dans Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 101, 2004, p. 14240–5 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- BMC Genomics. 2005 Dec 7, Dec
- Brazilian National Genome Project Consortium. et al., « The complete genome sequence of Chromobacterium violaceum reveals remarkable and exploitable bacterial adaptability », dans Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 100, 2003, p. 11660–5 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Parkhill J et al., « Complete DNA sequence of a serogroup A strain of Neisseria meningitidis Z2491 », dans Nature, vol. 404, 2000, p. 502–6 [lien PMID, lien DOI]
- Tettelin H et al., « Complete genome sequence of Neisseria meningitidis serogroup B strain MC58 », dans Science, vol. 287, 2000, p. 1809–15 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Chain P et al., « Complete genome sequence of the ammonia-oxidizing bacterium and obligate chemolithoautotroph Nitrosomonas europaea », dans J Bacteriol, vol. 185, 2003, p. 2759–73 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Salanoubat M et al., « Genome sequence of the plant pathogen Ralstonia solanacearum », dans Nature, vol. 415, 2002, p. 497–502 [lien PMID, lien DOI]
- Barbe V et al., « Unique features revealed by the genome sequence of Acinetobacter sp. ADP1, a versatile and naturally transformation competent bacterium », dans Nucleic Acids Res, vol. 32, 2004, p. 5766–79 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Gil R et al., « The genome sequence of Blochmannia floridanus: comparative analysis of reduced genomes », dans Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 100, 2003, p. 9388–93 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Degnan PH et al., « Genome sequence of Blochmannia pennsylvanicus indicates parallel evolutionary trends among bacterial mutualists of insects », dans Genome Res, vol. 15, 2005, p. 1023–33 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Shigenobu S et al., « Genome sequence of the endocellular bacterial symbiont of aphids Buchnera sp. APS », dans Nature, vol. 407, 2000, p. 81–6 [lien PMID, lien DOI]
- van Ham RC et al., « Reductive genome evolution in Buchnera aphidicola », dans Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 100, 2003, p. 581–6 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Tamas I et al., « 50 million years of genomic stasis in endosymbiotic bacteria », dans Science, vol. 296, 2002, p. 2376–9 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Nakabachi A et al., « The 160-kilobase genome of the bacterial endosymbiont Carsonella », dans Science, vol. 314, 2006, p. 267 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Seshadri R et al., « Complete genome sequence of the Q-fever pathogen Coxiella burnetii », dans Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 100, 2003, p. 5455–60 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Welch RA et al., « Extensive mosaic structure revealed by the complete genome sequence of uropathogenic Escherichia coli », dans Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 99, 2002, p. 17020–4 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Blattner FR et al., « The complete genome sequence of Escherichia coli K-12 », dans Science, vol. 277, 1997, p. 1453–74 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Riley M et al., « Escherichia coli K-12: a cooperatively developed annotation snapshot—2005 », dans Nucleic Acids Res, vol. 34, 2006, p. 1–9 [lien PMID, lien DOI]
- Perna NT et al., « Genome sequence of enterohaemorrhagic Escherichia coli O157:H7 », dans Nature, vol. 409, 2001, p. 529–33 [lien PMID, lien DOI]
- Makino, K. et al., « Complete nucleotide sequence of the prophage VT2-Sakai carrying the verotoxin 2 genes of the enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7 derived from the Sakai outbreak », dans Genes and Genetic Systems, vol. 74, 1999, p. 227–39 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Larsson P et al., « The complete genome sequence of Francisella tularensis, the causative agent of tularemia », dans Nat Genet, vol. 37, 2005, p. 153–9 [lien PMID, lien DOI]
- Harrison A et al., « Genomic sequence of an otitis media isolate of nontypeable Haemophilus influenzae: comparative study with H. influenzae serotype d, strain KW20 », dans J Bacteriol, vol. 187, 2005, p. 4627–36 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Fleischmann RD et al., « Whole-genome random sequencing and assembly of Haemophilus influenzae Rd », dans Science, vol. 269, 1995, p. 496–512 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Jeong H et al., « Genomic blueprint of Hahella chejuensis, a marine microbe producing an algicidal agent », dans Nucleic Acids Res, vol. 33, 2005, p. 7066–73 [lien PMID, lien DOI]
- Hou S et al., « Genome sequence of the deep-sea gamma-proteobacterium Idiomarina loihiensis reveals amino acid fermentation as a source of carbon and energy », dans Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 101, 2004, p. 18036–41 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Cazalet C et al., « Evidence in the Legionella pneumophila genome for exploitation of host cell functions and high genome plasticity », dans Nat Genet, vol. 36, 2004, p. 1165–73 [lien PMID, lien DOI]
- Ward N et al., « Genomic insights into methanotrophy: the complete genome sequence of Methylococcus capsulatus (Bath) », dans PLoS Biol, vol. 2, 2004, p. e303 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- May BJ et al., « Complete genomic sequence of Pasteurella multocida, Pm70 », dans Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 98, 2001, p. 3460–5 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Médigue C et al., « Coping with cold: the genome of the versatile marine Antarctica bacterium Pseudoalteromonas haloplanktis TAC125 », dans Genome Res, vol. 15, 2005, p. 1325–35 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Stover CK et al., « Complete genome sequence of Pseudomonas aeruginosa PA01, an opportunistic pathogen », dans Nature, vol. 406, 2000, p. 959–64 [lien PMID, lien DOI]
- Paulsen IT et al., « Complete genome sequence of the plant commensal Pseudomonas fluorescens Pf-5 », dans Nat Biotechnol, vol. 23, 2005, p. 873–8 [lien PMID, lien DOI]
- Nelson KE et al., « Complete genome sequence and comparative analysis of the metabolically versatile Pseudomonas putida KT2440 », dans Environ Microbiol, vol. 4, 2002, p. 799–808 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Feil H et al., « Comparison of the complete genome sequences of Pseudomonas syringae pv. syringae B728a and pv. tomato DC3000 », dans Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 102, 2005, p. 11064–9 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Buell CR et al., « The complete genome sequence of the Arabidopsis and tomato pathogen Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000 », dans Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 100, 2003, p. 10181–6 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- McClelland M et al., « Comparison of genome degradation in Paratyphi A and Typhi, human-restricted serovars of Salmonella enterica that cause typhoid », dans Nat Genet, vol. 36, 2004, p. 1268–74 [lien PMID, lien DOI]
- Chiu CH et al., « The genome sequence of Salmonella enterica serovar Choleraesuis, a highly invasive and resistant zoonotic pathogen », dans Nucleic Acids Res, vol. 33, 2005, p. 1690–8 [lien PMID, lien DOI]
- Deng W et al., « Comparative genomics of Salmonella enterica serovar Typhi strains Ty2 and CT18 », dans J Bacteriol, vol. 185, 2003, p. 2330–7 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Parkhill J et al., « Complete genome sequence of a multiple drug resistant Salmonella enterica serovar Typhi CT18 », dans Nature, vol. 413, 2001, p. 848–52 [lien PMID, lien DOI]
- McClelland M et al., « Complete genome sequence of Salmonella enterica serovar Typhimurium LT2 », dans Nature, vol. 413, 2001, p. 852–6 [lien PMID, lien DOI]
- Heidelberg JF et al., « Genome sequence of the dissimilatory metal ion-reducing bacterium Shewanella oneidensis », dans Nat Biotechnol, vol. 20, 2002, p. 1118–23 [lien PMID, lien DOI]
- Yang F et al., « Genome dynamics and diversity of Shigella species, the etiologic agents of bacillary dysentery », dans Nucleic Acids Res, vol. 33, 2005, p. 6445–58 [lien PMID, lien DOI]
- Wei J et al., « Complete genome sequence and comparative genomics of Shigella flexneri serotype 2a strain 2457T », dans Infect Immun, vol. 71, 2003, p. 2775–86 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Jin Q et al., « Genome sequence of Shigella flexneri 2a: insights into pathogenicity through comparison with genomes of Escherichia coli K12 and O157 », dans Nucleic Acids Res, vol. 30, 2002, p. 4432–41 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Toh H et al., « Massive genome erosion and functional adaptations provide insights into the symbiotic lifestyle of Sodalis glossinidius in the tsetse host », dans Genome Res, vol. 16, 2006, p. 149–56 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Heidelberg JF et al., « DNA sequence of both chromosomes of the cholera pathogen Vibrio cholerae », dans Nature, vol. 406, 2000, p. 477–83 [lien PMID, lien DOI]
- Ruby EG et al., « Complete genome sequence of Vibrio fischeri: a symbiotic bacterium with pathogenic congeners », dans Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 102, 2005, p. 3004–9 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Nasu H et al., « A filamentous phage associated with recent pandemic Vibrio parahaemolyticus O3:K6 strains », dans J Clin Microbiol, vol. 38, no 6, 1er juin 2000, p. 2156–61 [texte intégral, lien PMID]
- Kim YR et al., « Characterization and pathogenic significance of Vibrio vulnificus antigens preferentially expressed in septicemic patients », dans Infect Immun, vol. 71, 2003, p. 5461–71 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Chen CY et al., « Comparative genome analysis of Vibrio vulnificus, a marine pathogen », dans Genome Res, vol. 13, 2003, p. 2577–87 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Akman L et al., « Genome sequence of the endocellular obligate symbiont of tsetse flies, Wigglesworthia glossinidia », dans Nat Genet, vol. 32, 2002, p. 402–7 [lien PMID, lien DOI]
- da Silva AC et al., « Comparison of the genomes of two Xanthomonas pathogens with differing host specificities », dans Nature, vol. 417, 2002, p. 459–63 [lien PMID, lien DOI]
- Qian W et al., « Comparative and functional genomic analyses of the pathogenicity of phytopathogen Xanthomonas campestris pv. campestris », dans Genome Res, vol. 15, 2005, p. 757–67 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Thieme F et al., « Insights into genome plasticity and pathogenicity of the plant pathogenic bacterium Xanthomonas campestris pv. vesicatoria revealed by the complete genome sequence », dans J Bacteriol, vol. 187, 2005, p. 7254–66 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Lee BM et al., « The genome sequence of Xanthomonas oryzae pathovar oryzae KACC10331, the bacterial blight pathogen of rice », dans Nucleic Acids Res, vol. 33, 2005, p. 577–86 [lien PMID, lien DOI]
- Simpson, A.J.C. et al., « The genome sequence of the plant pathogen Xylella fastidiosa », dans Nature., vol. 406, 2000, p. 151–7 [texte intégral, lien DOI]
- Van Sluys MA et al., « Comparative analyses of the complete genome sequences of Pierce's disease and citrus variegated chlorosis strains of Xylella fastidiosa », dans J Bacteriol, vol. 185, 2003, p. 1018–26 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Chain PS et al., « Complete genome sequence of Yersinia pestis strains Antiqua and Nepal516: evidence of gene reduction in an emerging pathogen », dans J Bacteriol, vol. 188, 2006, p. 4453–63 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Parkhill J et al., « Genome sequence of Yersinia pestis, the causative agent of plague », dans Nature, vol. 413, 2001, p. 523–7 [lien PMID, lien DOI]
- Deng W et al., « Genome sequence of Yersinia pestis KIM », dans J Bacteriol, vol. 184, 2002, p. 4601–11 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Song Y et al., « Complete genome sequence of Yersinia pestis strain 91001, an isolate avirulent to humans », dans DNA Res, vol. 11, 2004, p. 179–97 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- Chain PS et al., « Insights into the evolution of Yersinia pestis through whole-genome comparison with Yersinia pseudotuberculosis », dans Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 101, 2004, p. 13826–31 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
Annexes
Articles connexes
- Séquençage de l'ADN
- Projet de séquençage de génome
- Projet microbiome humain
- Liste d'espèces eubactériennes dont le génome est séquencé
- Liste d'espèces eucaryotes dont le génome est séquencé
- Liste d'espèces archéeennes dont le génome est séquencé
Liens externes
- Genome Atlas Database
- SUPERFAMILY Base de donnée de génomique comparative. Comprend les génomes complètement séquencés de procaryotes, ainsi qu'un outil performant d'exploration et de visualisation des données pour l'analyse.
Bibliographie
Catégories :- Proteobacteria
- Génomique
- Liste en rapport avec la biologie
Wikimedia Foundation. 2010.