Géométrie moléculaire

Géométrie moléculaire
Géometrie d'une molécule d'eau.

La géométrie moléculaire ou structure moléculaire désigne l'arrangement 3D des atomes dans une molécule. Elle détermine plusieurs propriétés d'une substance, dont sa réactivité, sa polarité, sa phase, sa couleur, son magnétisme et son activité biologique[1],[2].

Sommaire

Détermination

La géométrie moléculaire peut être établie à l'aide de différents outils, dont la spectroscopie et la diffraction. Les spectroscopies infrarouge, rotationnelle et Raman peuvent donner des informations relativement à la géométrie d'une molécule grâce aux absorbances vibrationnelles et rotationnelles. Les diffractométries de rayons X, de neutrons et des électrons peuvent donner des informations à propos des solides cristallins. La diffraction de gaz d'électrons peut être utilisée pour de petites molécules à l'état gazeux. La RMN et le FRET peuvent servir à obtenir d'autres informations, tels la distance relative[3],[4],[5], les angles dihédraux[6],[7], les angles et la connectivité. La géométrie des molécules est plus facile à obtenir lorsqu'elles sont à de basses températures. Les plus grosses molécules existent souvent sous plusieurs formes géométriques stables (conformérie). Les géométries peuvent aussi être calculées avec une grande précision par la méthode ab initio de chimie quantique. La géométrie moléculaire peut aussi être différente selon la phase de la molécule.

Notes et références

  1. ↑ (en) John E. McMurry, Organic Chemistry, Belmont, Wadsworth, 1992, 3e éd. (ISBN 0-534-16218-5) 
  2. ↑ (en) F. Albert Cotton, Geoffrey Wilkinson, Carlos A. Murillo et Manfred Bochmann, Advanced Inorganic Chemistry, New York, Wiley-Interscience, 1999, 6e éd. (ISBN 0-471-19957-5) 
  3. ↑ FRET description
  4. ↑ doi:10.1016/S0959-440X(00)00190-1 Recent advances in FRET: distance determination in protein–DNA complexes. Current Opinion in Structural Biology 2001, 11(2), 201-207
  5. ↑ http://www.fretimaging.org/mcnamaraintro.html FRET imaging introduction
  6. ↑ http://www.jonathanpmiller.com/Karplus.html- obtaining dihedral angles from 3J coupling constants
  7. ↑ http://www.spectroscopynow.com/FCKeditor/UserFiles/File/specNOW/HTML%20files/General_Karplus_Calculator.htm Another Javascript-like NMR coupling constant to dihedral

Annexes

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