Phytophthora

Phytophthora
Phytophthora porri sur une feuille de poireau (Allium porrum)
Classification
Domaine	Eukaryota
Règne	Chromalveolata
Division	Stramenopiles
Embranchement	Oomycota
Classe	Oomycetes
Sous-classe	Peronosporomycetidae
Ordre	Peronosporales
Genre
Phytophthora de Bary, 1876
Espèces de rang inférieur
Phytophthora botryosa Phytophthora brassicae Phytoohthora cactorum Phytophthora cajani Phytophthora cambivora Phytophthora capsici Phytophthora cinnamomi Phytophthora citricola Phytophthora citrophthora Phytophthora clandestina Phytophthora colocasiae Phytophthora cryptogea Phytophthora drechslera Phytophthora erythroseptica Phytophthora fragariae Phytophthora gonapodyides Phytophthora heveae Phytophthora humicola Phytophthora idaei Phytophthora ilicis Phytophthora infestans Phytophthora inflata Phytophthora iranica Phytophthora katsurae Phytophthora lateralis Phytophthora medicagnis Phytophthora megakarya Phytophthora megasperma Phytophthora melonis Phytophthora mirabilis Phytophthora multivesiculata Phytophthora nicotianae Phytophthora palmivora Phytophthora phaseoli Phytophthora porri Phytophthora primulae Phytophthora pseudotsugae Phytophthora quercina Phytophthora ramorum Phytophthora sinensis Phytophthora sojae Phytophthora syringae Phytophthora tentaculata Phytophthora trifolii Phytophthora vignae

Phytophthora (du Grec : φυτόν (phytón), “plante” and φθορά (phthorá), “destruction”) est un genre d'oomycète phytopathogène infectant un grand nombre de végétaux parmi lesquels se trouvent plusieurs plantes ou arbres cultivés tels la pomme de terre, la vigne, le châtaignier ou le pommier. Il touche également les cactus (mildiou des cactées). Le genre fût décrit pour la première fois en 1875 par Heinrich Anton de Bary. Approximativement 100 espèces de Phytophthora ont été décrites, cependant on estime leur nombre entre 100 et 500^[1].

Biologie

Ces organismes autrefois classés parmi les champignons sont aujourd'hui rattachés aux straménopiles. En effet, bien que présentant un aspect morphologique semblable aux champignonsde part la présence de mycélium, leur biologie (métabolisme, cycle de reproduction sexuée) est très différente. La confusion taxonomique des oomycètes avec les champignons phytopathogènes a entraîné un retard dans l'acquisition de connaissances sur ce phytopathogène majeur.

Selon l'espèce considérée, une souche peut être pas, peu ou très pathogène et plus ou moins virulente selon les conditions de l'environnement et l'espèce hôte infectée. La gamme d'hôtes peut être étroite et limitée à quelques espèces (Phytophthora infestans) ou bien large et englobant plusieurs genres et familles de végétaux différents (Phytophthora ramorum, Phytophthora cinnamomi).

Les Phytophthora sont diploïdes à l'état végétatif et présentent des cycles de reproduction asexuée et sexuée. Le cycle de reproduction asexuée se réalise a l'aide de sporanges et de zoopsores ainsi que de chlamydospores pour certaines espèces. Le cycle de reproduction sexuée fait intervenir la production de gamétanges où se déroule la méiose (anthéridie et oogone) qui fusionneront pour former une oospore. Ils peuvent croître et se reproduire in vitro sans plante-hôte en milieux liquides ou gélosés, synthétiques ou à base d'extraits végétaux. Cependant, la présence de certains produits comme les stérols sont essentiels pour la fabrication des oospores.

Écologie

On sait que ces organismes peuvent être transportés par les canaux et cours d'eau ^[2]. En France, une espèce de Phytophthora, P. alni, est responsable des dépérissements massifs d'aulnes en bord de rivières de la fin des années 1990 aux années 2000.

On l'a cru cause première des dépérissements presque foudroyants de marronniers observés dans les années 2000, mais il pourrait n'être qu'un agent secondaire opportuniste, car non systématiquement trouvé. Le marronnier serait plutôt victime de la bactérie Pseudomonas syringae.

Espèces de Phytophthora

C'est un groupe d'espèces qui co-évolue probablement depuis très longtemps avec les plantes, en s'adaptant par de multiples stratégies à leurs systèmes de défense. Il est possible que les activités humaines (échanges et transports de produits agricoles, sylvicoles et horticoles) aient pu contribuer à propager certaines souches pathogènes dans le monde (mildiou de la vigne ou de la pomme de terre par exemple) ou à les favoriser en dégradant les sols et la diversité des végétaux cultivés. Des souches introduites peuvent attaquer des espèces indigènes. Par exemple, un colloque^[3] a indiqué qu'en Australie en 2001 Phytophthora cinnamomi affectait directement 2000 des 9000 espèces indigènes du continent.
En 2010, on en connaissait 98 espèces^[4], mais malgré les progrès de la systématique moléculaire, des confusions sont encore possibles dans la reconnaissance de nouvelles espèces et des difficultés persistent dans l'identification des espèces. Ceci est en partie dû au fait que certaines séquences de la GenBank sont encore mal identifiées (partir de cultures parfois mal annotées). Des Complexes d'espèces de P. capsici, P. citricola, P. cryptogea, P. dreschleri, P. megasperma pourront faire l'objet de révision taxonomie^[4].

Certains sont considérés comme des pathogènes émergents, faisant l'objet de suivis dans certains pays  :

• Phytophtora cactorum, responsable d'une maladie du pommier communément appelée Chancre du collet,
• Phytophthora infestans, responsable du mildiou de la pomme de terre,
• Phytophthora cinnamomi, responsable de maladies racinaires sur Rhododendron, de la maladie de l'encre du châtaignier, ...
• Phytophthora ramorum, responsable de maladies foliaires sur Rhododendron et diverses plantes ornementales ainsi que de la maladie de l'encre du chêne rouge (sudden oak death) aux États-Unis.

Traitement

Un traitement au Trichoderma harzianum peut être efficace dans certaines conditions^[5].

Notes et références

• Référence Index Fungorum : Phytophthora (en)
• Référence ITIS : Phytophthora Bary, 1876 (fr) (+ version anglaise (en))
• Référence NCBI : Phytophthora (en)

Lien externe

• Photographie au microscope

• Portail de la mycologie