Sondes de PCR en temps réel

De nombreux marqueurs fluorescents sont utilisés en PCR.

Sommaire 1 Historique 2 Les marqueurs aspécifiques 2.1 Les intercalants de l'ADN 2.2 Les marqueurs du petit sillon 2.3 Les cyanidrines asymétriques 3 Les marqueurs séquences spécifiques 3.1 Les sondes d'hybridation 3.2 Les sondes d'hydrolyses 3.3 Les sondes Molecular Beacons 3.4 Les sondes Scorpions 4 Bibliographie 4.1 Bibliographie francophone 4.2 Bibliographie anglophone

Historique

Par souci de clarté, les dates correspondent à la première publication sur le domaine et seul les premiers auteurs sont cités, les références complètes étant dans le chapitre "bibliographie".

• 1880 : Premier milieu de culture synthétique pour micro-organismes fluorescents par Hueppe F.
• 1964 : Détection par fluorescence de l’ADN associé au BET par Lepecq JB.
• 1972 : Première migration d’ADN sur gel d’electrophorèse pair Aaij C.
• 1986 : Première publication publique sur la PCR par Kary Mullis (prix Nobel de chimie en 1993).
• 1989 : Première détection de produit de PCR à l’aide du BET (et non par la radioactivité) par Xu ZD.
• 1992 : Invention de la PCR en temps réel par Higuchi R.
• 1994 : Dépôt de brevet du SYBR Green I par Molecular Probes.
• 1995 : Premier emploi du SYBR green pour détecter un produit de PCR par Schneeberger C.
• 1995 : Invention des sondes d’hydrolyses par Livak KJ.

Les marqueurs aspécifiques

Les intercalants de l'ADN

Les marqueurs du petit sillon

Les cyanidrines asymétriques

Les marqueurs séquences spécifiques

Les sondes d'hybridation

Les sondes d'hydrolyses

La sonde est construite à l'aide d'un donneur (la fluorescéine dont la longueur d'onde d'excitation est à 530 nm) et d'un "quencheur", greffés sur un polynucléotide complémentaire de la séquence d'ADN d'intérêt.

Les sondes Molecular Beacons

Les sondes Scorpions

Bibliographie

Bibliographie francophone

• Hueppe F. Etudes sur le lait blue. Cohn's Beiträge zur Biologie der Pflanzen. 1880;3

• Lepecq JB, Yot P, Paoletti C. Interaction entre le bromhydrate d’ethidium (BET) et les acides nucléiques (AN). Etude spectrofluorométrique. [Interaction of ethidium bromhydrate (BET) with nucleic acids (NA). Spectrofluorimetric study.] C R Hebd Seances Acad Sci. 1964;259:1786-9.

• Poitras E, Houde A. La PCR en temps réel: principes et applications. Reviews in Biology and Biotechnology (Canada). 2002;2(2):2-11

• Tsé C, Capeau J. Quantification des acides nucléiques par PCR quantitative en temps réel. Ann Biol Clin (Paris). 2003;61(3):279–93

Bibliographie anglophone

• Aaij C, Borst P. The gel electrophoresis of DNA. 1972. Biochim Biophys Acta. May 10;269(2):192-200.

• Higuchi R, Dollinger G, Walsh PS, Griffith R. Simultaneous amplification and detection of specific DNA sequences. 1992. Biotechnology;10:413–7.

• Livak KJ, Flood JA, Marmaro J, Giusti W, Deetz K. Oligonucleotides with fluorescent dyes at opposite ends provide a quenched probe system useful for detecting PCR product and nucleic acid hybridization. 1995. PCR Methods Appl. 4:357–362.

• Mullis K, Faloona F, Scharf S, Saiki R, Horn G, Erlich H. Specific enzymatic amplification of DNA in vitro: the polymerase chain reaction. Cold Spring Harb Symp Quant Biol. 1986;51 Pt 1:263-73.

• Schneeberger C, Speiser P, Kury F, Zeillinger R. Quantitative detection of reverse transcriptase-PCR products by means of a novel and sensitive DNA stain. 1995. PCR Methods Appl. Feb;4(4):234-8.

• Xu ZD, Yu YJ, Hsie AW, Caskey CT, Rossiter B, Gibbs RA. Deletion screening at the hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase locus in Chinese hamster cells using the polymerase chain reaction. 1989. Teratog Carcinog Mutagen; 9(3):177-87.

Fluorophores
Protéines fluorescentes	GFP • RFP • CFP • YFP
Marqueurs fluorescent des acides nucléiques	Bromure d'éthidium • DAPI

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