Protéines intrinsèquement désordonnées

Les protéines intrinsèquement désordonnées ou intrinsèquement non structurées sont des protéines qui manquent de structure 3D stable, ce qui leur confère une plasticité importante qui est à l'origine de leur importance dans les phénomènes biologiques. Une protéine peut-être totalement désordonnée mais le cas le plus courant est qu'une partie plus ou moins longue de celle-ci soit désordonnée (exemple : 40 aa^{[précision nécessaire]}). Ces protéines ne sont absolument pas anecdotiques puisque plus de 50 % des protéines des Eucaryotes et plus de 70 % des protéines de signal des cellules du corps humain possèdent ce type de séquences^[1]. L'ensemble des protéines intrinsèquement désordonnées connues à ce jour sont reprises dans une base de données appelée Disprot^[2].

Le paradigme structure-fonction

Récemment, le monde scientifique pensait encore qu'une séquence en acides aminés impliquait une structure 3D directement liée à la fonction de la protéine. Cette structure 3D serait liée à un minimum énergétique (énergie libre de Gibbs) et les protéines oscilleraient autour de cette position grâce à leur énergie thermique. Les protéines pourraient perdre cette structure 3D dans certaines conditions particulières (pH, température élevée, etc.) ce qui conduirait à la perte de leur fonction biologique. Les protéines intrinsèquement désordonnées s'opposent à ce paradigme puisque celles-ci ne possèdent pas de minimum en termes d'énergie libre de Gibbs ce qui leur donne une structure aléatoire. L'absence de structure 3D ne constitue en aucun cas une perte de fonctions biologiques puisque les protéines désordonnées sont justement celles qui réalisent le plus grand nombre d'interactions parmi toutes les protéines présentes dans les cellules.^{[réf. nécessaire]}

Fonctions

Ces protéines sont impliquées dans ^[3]:

• La reconnaissance moléculaire : du fait de leur absence de structure 3D fixe, les protéines désordonnées possèdent une plasticité important qui leur permet d'interagir avec un grand nombre de protéines. Elles jouent donc souvent le rôle de protéines hub au sein de l'interactome ;
• L'assemblage/le désassemblage : les protéines désordonnées ne cristallisent que très difficilement voire pas du tout. Leur structure 3D est donc difficile à caractériser par des méthodes conventionnelles ;
• Les chaines entropiques : ce sont des chaînes qui ont une forme modifiable, elles permettent donc de relier deux domaines fonctionnels d'une même protéine ou de protéines différentes ;
• La modification de protéines : les régions intrinsèquement désordonnées sont souvent la cible de protéases ou de protéines de modification (phosphorylation, méthylation, glucosilation, etc.).

Prédictions à partir de la séquence en acides aminés

Il est possible de prédire les régions désordonnées d'une protéine à partir de sa séquence en acides aminés. Des prédicteurs existent et se basent soit directement sur la séquence en acide aminé (acides aminés promoteurs de désordre ou d'ordre), soit sur la charge et l'hydrophobicité de chaque acide aminé, soit sur les structures secondaires. Ces prédictions permettent d'éviter de perdre son temps à faire cristalliser des protéines qui ne cristalliseront de toute manière pas. Elles permettent surtout de mieux comprendre le fonctionnement des protéines de nos cellules.

Notes et références

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