Le pouvoir exécutif est entre les mains du président de la République, qui est à la fois chef de l'État et chef du gouvernement. Il nomme son cabinet.
Le président est élu pour un mandat de 4 ans, en même temps qu'un vice-président de la République. Il n'est pas rééligible.
Le 28 juin2009, un coup d'Etat expulsa du Honduras le président Manuel Zelaya qui avait tenté d'organiser un référendum inconstitutionnel pour faire modifier la Constitution. Le pays connu ensuite d'importantes mobilisations populaires, les uns dénonçant le Coup d'État, les autres soutenant les putschistes.
Aux élections du 29 novembre2009, organisées par le régime issu du putsch (mais à la date normale puisque le mandat de M. Zelaya arrivait à échéance en janvier 2010), M. Porfirio Lobo Sosa (Partido nacional, conservateur de centre-droit) a été élu avec près de 56% des suffrages valides, contre 38% pour son plus proche rival. Les principales organisations internationales et pays ont refusé d'envoyer des observateurs et de reconnaitre ces élections. Cela n'a pas empêché M. Lobo de prendre ses fonctions le 27janvier2010.
Au sommet de la hiérarchie judiciaire, on trouve une Cour suprême de justice (Corte Suprema de Justicia), composée de 15 magistrats élus pour quatre ans par le Congrès national, chacun de ses membres devant être élu par une majorité des deux tiers du Congrès et choisi au sein d'une liste comportant au moins trois noms pour chaque membre de la Cour, liste élaborée par une « junte nominatrice » (Junta Nominadora) de sept membres désignés par divers organes politiques, judiciaires ou de la société civile et professionnelle.
Aux niveaux inférieurs de l'organisation judiciaire hondurienne, il existe des cours d'appel(Cortes de Apelaciones) et différentes juridictions chargées de résoudre les problèmes civils, pénaux, fiscaux, etc.
(en) James A. Morris, Honduras : caudillo politics and military rulers, Westview Press, Boulder, Colo., London, 1984 (ISBN 0-86531-178-1)
(es) Matías Funes H., Los deliberantes : el poder militar en Honduras, Editorial Guaymuras, Tegucigalpa, 2000 (2e éd.), 430 p. (ISBN 99926-15-52-4)
(es) Ramón Salgado (dir.), Crisis institucional y golpe de estado en Honduras, Litografía iberoamericana, Tegucigalpa, 2010, 494 p. (ISBN 978-99926-775-3-7)
(es) José Angel Zúñiga Huete, Presidentes de Honduras, Graficentro ed, Tegucigalpa, 1992, 237 p.
(fr) André-Marcel d'Ans, Le Honduras : difficile émergence d'une nation, d'un État, Karthala, Paris, 1997, 385 p. (ISBN 2-86537-725-3)
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