Chemical Markup Language

Pour les articles homonymes, voir CML.

cml
Extension	.cml
Type de format	format de fichier chimique
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Le Chemical Markup Language (CML) est un format pour les données chimiques. Ce format est basé sur du XML. Il s'agit de la première implémentation spécifique à un domaine (chimie) basée strictement sur XML. Il est développé depuis plus de dix ans par Peter Murray-Rust, Henry Rzepa, ainsi que par de nombreux contributeurs. Il a été testé dans plusieurs domaines et sur une grande variété d'environnements.

L'information chimique est classiquement stockée dans différents types de format, ce qui implique l'utilisation de ces formats pour échanger de l'information sur un même projet. Le format CML permet de réunir plusieurs de ces formats en un seul. En effet, il peut décrire de nombreux concepts chimiques :

• molécules
• réactions
• spectres et données analytiques
• chimie computationnelle
• matériaux et cristallographie

De plus, la possibilité d'utiliser des dictionnaires permet d'augmenter facilement le nombre de ces concepts.

CML utilise la portabilité de XML pour aider les développeurs CML et les chimistes à produire des documents inter-opérables. De nombreux outils peuvent générer, traiter et afficher des documents CML. Les éditeurs peuvent distribuer de l'information chimique dans des documents XML grâce à CML.

Des détails complémentaires sur ce format sont régulièrement ajoutés sur le Wiki CML.

Version

Les dernières versions du schéma sont disponibles sur le site du projet sur SourceForge. La dernière version stable est le schéma CML2.2 détaillé sur CML V2.2. Le format CML1 n'est plus d'actualité et ne devrait plus être utilisé.

Bibliothèques et logiciels

Des outils toujours plus nombreux permettent d'éditer et de transformer des fichiers au format CML :

• JUMBO est une bibliothèque en Java supportant tous les éléments du schéma CML2
• Jmol
• JChemPaint
• Bioclipse
• Chemistry Development Kit
• JOELib
• OpenBabel

Liens externes

• (en) Chemical Markup Language (CML) - Schéma CML, liens vers des outils, documentation et code source
• (en) Liste de discussion
• (en) Wiki CML
• (en) The original (ancien) site
• (fr) Le site de Jmol
• (en) Blue Obelisk

Références

1. H. S. Rzepa, P. Murray-Rust and B. J. Whitaker The Internet as a Chemical Information Tool , Chem. Soc. Revs, 1997, 1-10. DOI:10.1039/CS9972600001
2. P. Murray—Rust and H. S. Rzepa, Chemical Markup, XML, and the Worldwide Web. 1. Basic Principles, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1999, 39, 928-942. DOI:10.1021/ci990052b
3. P. Murray—Rust and H. S. Rzepa, Chemical Markup, XML and the World—Wide Web. 2. Information Objects and the CMLDOM, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2001, 41. DOI:10.1021/ci000404a
4. G. V. Gkoutos and P. Murray—Rust and S. Rzepa and M. Wright, Chemical Markup, XML, and the World-Wide Web. 3. Toward a Signed Semantic Chemical Web of Trust, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2001, 41, 1124-1130. DOI:10.1021/ci000406v
5. E. L. Willighagen, Processing CML Conventions in Java, Internet Journal of Chemistry, 2001, 4. Abstract
6. P. Murray-Rust, H. S. Rzepa and M. Wright, Development of Chemical Markup Language (CML) as a System for Handling Complex Chemical Content, New J. Chem., 2001, 618-634.
7. P. Murray—Rust and H. S. Rzepa, Chemical Markup, XML and the World—Wide Web. 4. CML Schema, J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2003, 43, 757-772. DOI:10.1021/ci0256541
8. P. Murray—Rust and H. S. Rzepa and J. Williamson and E. L. Willighagen, Chemical Markup, XML and the World—Wide Web. 5. Applications of Chemical Metadata in RSS Aggregators, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2004, 44, 462-469. DOI:10.1021/ci034244p
9. G. L. Holliday, P. Murray-Rust, H. S. Rzepa, Chemical Markup, XML and the Worldwide Web. Part 6. CMLReact; An XML Vocabulary for Chemical Reactions, J. Chem. Inf. Mod., 2006, 46, 145-157. DOI:10.1021/ci0502698

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