- Rhizaria (classification phylogenetique)
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Rhizaria (classification phylogénétique)
Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Rhizaria (ou Rhizariens), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations évolutives complexes (relations groupes ancestraux - groupes descendants) existant entre les différents organismes vivants ou taxa, constituant ce groupe. Du fait de ses méthodes nouvelles basées sur la biologie moléculaire, la phylogénie, science récente à l'origine de la classification phylogénétique du vivant, est en plein essor et propose parfois des résultats en contradiction avec l'ancienne classification, majoritairement basée, elle, sur des critères morphologiques et physiologiques. Aussi, certains points particuliers font parfois encore l'objet de débats au sein de la communauté scientifique. L'objectif, s'il y a lieu, est également de présenter ces derniers ici.
Ce cladogramme présente aussi bien les groupes encore représentés aujourd'hui que ceux qui sont éteints (incluant les groupes fossiles).
À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien. De plus, pour plus de précisions si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.
Le symbole ▲ renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré.
Sommaire
Arbre phylogénétique
▲ └─o Rhizaria ├─o Cercozoa │ ├─o Endomyxa │ └─o Filosa │ ├─? Nucleohelea │ └─o │ ├─o Chlorarachnea ou Chlorarachniophyta │ └─o │ ├─o Metromonadida │ └─o │ ├─o Granofilosea │ └─o │ ├─o Metopiidae │ └─o Monadofilosa │ ├─o Cercomonadida │ └─o │ ├─o │ │ ├─o Glissomonadida │ │ ├─o Pansomonadida │ │ └─o │ │ ├─o Sainouroidea │ │ └─o Heliomonadida ou Dimorphida │ └─o │ ├─o Auranticordida │ ├─o Silicofilosea ou Imbricatea │ └─o Thecofilosea │ └─o Phaeodarea └─o Retaria ├─o Sticholonchea ou Taxopodida └─o ├─o Acantharea └─o ├─o Polycystinea │ ├─o Nasselaria │ └─o Spumellaria └─o Foraminifera ├─o │ ├─? Xenophyophorea │ ├─o Allogromiida │ └─o Astrorhizida ├─o Involutinida (éteint) ├─o Carterinida ├─o │ ├─o Silicoloculinida │ ├─o Spirillinida │ ├─o Miliolida │ └─o Fusulinida (éteint) └─o ├─o Lagenida ├─o Globigerinida ├─o Robertinida ├─o Textulariida └─o Rotaliida
Arbre développé▲ └─o Rhizaria ├─o Cercozoa │ ├─o Endomyxa │ │ ├─o Pseudosporida │ │ ├─o │ │ │ ├─o Aconchulinida │ │ │ │ ├─o Biomyxidae │ │ │ │ └─o Vampyrellidae │ │ │ └─o Phytomyxea │ │ │ ├─o Phagomyxida │ │ │ └─o Plasmodiophorida │ │ │ ├─o Plasmodiophoridae │ │ │ └─o Endemosarcidae │ │ ├─o Rhizoplasmidae │ │ └─o │ │ ├─o Reticulosida ou Filoretidae │ │ └─o │ │ ├─o Gromiidae │ │ └─o Ascetosporea │ │ ├─o Paramyxea │ │ │ ├─o Paramyxidae │ │ │ └─o Marteiliidae │ │ ├─o Claustrosporidiidae │ │ ├─o Paradiniidae │ │ └─o Haplosporidia │ │ ├─o Bonamia │ │ ├─o Nephridiophagidae │ │ ├─o Urosporidiidae │ │ └─o Haplosporidiidae │ └─o Filosa │ ├─? Nucleohelea │ │ ├─o Desmothoracida ou Clathrulinidae │ │ └─o Gymnosphaeridae │ └─o │ ├─o Chlorarachnea ou Chlorarachniophyta │ └─o │ ├─o Metromonadida │ └─o │ ├─o Granofilosea │ │ ├─o │ │ │ ├─o Mesofilidae │ │ │ └─o Nanofilidae │ │ └─o │ │ ├─o Limnofilida │ │ └─o Leucodictyida │ │ ├─o Leucodictyidae │ │ └─o Massisteriidae │ └─o │ ├─o Metopiidae │ └─o Monadofilosa │ ├─o Cercomonadida │ │ ├─o Cercomonadidae │ │ └─o Heteromitidae │ └─o │ ├─o │ │ ├─o Glissomonadida │ │ ├─o Pansomonadida │ │ └─o │ │ ├─o Sainouroidea │ │ └─o Heliomonadida ou Dimorphida │ │ ├─o Heliomorphidae │ │ ├─o Acinetactidae │ │ └─o Tetradimorphidae │ └─o │ ├─o Silicofilosea ou Imbricatea │ │ ├─o Auranticordida │ │ ├─o │ │ │ ├─o Spongomonadida │ │ │ └─o Thaumatomonadida ou Thaumatomastigidae │ │ └─o Euglyphida │ │ ├─o │ │ │ ├─o Euglyphidae │ │ │ └─o Trinematidae │ │ └─o │ │ ├─o Cyphoderiidae │ │ └─o Paulinellidae │ └─o Thecofilosea │ ├─o │ │ ├─o Cryomonadida │ │ └─o Ebriidae │ └─o Tectofilosida │ ├─o Psammonobiotidae │ ├─o Amphitremidae │ ├─o Volutellidae │ ├─o Pseudodifflugiidae │ └─o │ ├─o Chlamydophryidae │ └─o Phaeodarea │ ├─o Phaeodendrida ou Coelodendridae │ ├─o Phaeoconchida ou Concharidae │ ├─o Phaeogromida │ │ ├─o Challengeridae │ │ ├─o Medusettidae │ │ └─o Lirellidae │ ├─o Phaeosphaerida │ │ ├─o Aulosphaeridae │ │ ├─o Cannosphaeridae │ │ └─o Sagosphaeridae │ ├─o Phaeocystida │ │ ├─o Aulacanthidae │ │ └─o Astracanthidae │ ├─o Phaeogymnocellida │ │ ├─o Phaeosphaeridae │ │ ├─o Phaeodinidae │ │ └─o Atlanticellidae │ └─o Phaeocalpida │ ├─o Castanellidae │ ├─o Circoporidae │ ├─o Tuscaroridae │ ├─o Porospathidae │ └─o Polypyramidae └─o Retaria ├─o Sticholonchea ou Taxopodida └─o ├─o Acantharea │ ├─o Holacanthida │ │ ├─o Acanthochiasmidae │ │ ├─o Acanthoplegmidae │ │ └─o Acanthocollidae │ └─o │ ├─o Symphyacanthida │ │ ├─o Amphilithiidae │ │ ├─o Astrolithidae │ │ └─o Pseudolithiidae │ └─o │ ├─o Chaunacanthida │ │ ├─o Gigartacontidae │ │ ├─o Conaconidae │ │ └─o Stauraconidae │ └─o Arthracanthida │ ├─o Phyllacantha │ │ ├─o Phyllostauridae │ │ ├─o Stauracanthidae │ │ └─o Dictyacanthidae │ └─o Sphaenacantha │ ├─o Acanthometridae │ ├─o Dorataspididae │ ├─o Phractopeltidae │ ├─o Diploconidae │ ├─o Lithopteridae │ └─o Hexalaspididae └─o ├─o Polycystinea │ ├─o Nasselaria │ │ ├─o Plagoniidae │ │ ├─o Acanthodesmiidae │ │ ├─o Theoperidae │ │ ├─o Carpocaniidae │ │ ├─o Pterocorythidae │ │ ├─o Artostrobiidae │ │ └─o Cannobotryidae │ └─o Spumellaria │ ├─o Thalassicollidae │ ├─o Collozoidae │ ├─o Collosphaeridae │ ├─o Actinommidae │ ├─o Phacodiscidae │ ├─o Coccodiscidae │ ├─o Spongodiscidae │ ├─o Pyloniidae │ ├─o Tholoniidae │ └─o Litheliidae └─o Foraminifera ├─o │ ├─o Xenophyophorea │ │ ├─o Paleodictyon (éteint) │ │ ├─? Ammoclathrinidae │ │ ├─o Stannomida │ │ │ ├─o Stannomidae │ │ │ └─o Pelosinidae │ │ └─o Psamminida │ │ ├─o Psammettidae │ │ ├─o Psamminidae │ │ ├─o Syringamminidae │ │ └─o Cerelasmidae │ ├─o Allogromiida │ │ ├─o Lagynidae │ │ ├─o Hospitellidae │ │ ├─o Allogromiidae │ │ └─o Shepheardellidae │ └─o Astrorhizida │ ├─o Komokiacea │ │ ├─o Komokiidae │ │ └─o Baculellidae │ ├─o Hippocrepinacea │ ├─o Ammodiscacea │ └─o Astrorhizacea │ ├─o Astrorhizidae │ ├─o Bathysiphonidae │ ├─o Rhizamminidae │ ├─o Schizamminidae │ ├─o Psammosphaeridae │ ├─o Saccamminidae │ ├─o Hemisphaeramminidae │ └─o Polysaccamminidae ├─o Involutinida (éteint) │ ├─o Planispirillinidae (éteint) │ ├─o Ventrolaminidae (éteint) │ ├─o Hirsutospirellidae (éteint) │ └─o Involutinidae (éteint) │ ├─o Aulotortinae (éteint) │ ├─o Involutininae (éteint) │ ├─o Triadodiscinae (éteint) │ └─o Triasininae (éteint) ├─o Carterinida ├─o │ ├─o Silicoloculinida │ ├─o Spirillinida │ │ ├─o Spirillinidae │ │ └─o Patellinidae │ ├─o Miliolida │ │ ├─o Squamulinidae │ │ ├─o Keramosphaeridae │ │ ├─o Cornuspiridae │ │ ├─o Hemigordiopsidae │ │ ├─o Fischerinidae │ │ ├─o Nubeculariidae │ │ ├─o Riveroinidae │ │ ├─o Ophthalmidiidae │ │ ├─o Spiroloculinidae │ │ ├─o Hauerinidae │ │ ├─o Miliolidae │ │ ├─o Alveolinidae │ │ ├─o Peneroplidae │ │ ├─o Discospirinidae │ │ └─o Soritidae │ └─o Fusulinida (éteint) │ ├─o Archaediscacea (éteint) │ │ ├─o Lasiodiscidae (éteint) │ │ └─o Archaediscidae (éteint) │ │ ├─o Archaediscinae (éteint) │ │ └─o Asteroarchaediscinae (éteint) │ ├─o Colaniellacea (éteint) │ ├─o Earlandiacea (éteint) │ │ ├─o Earlandiidae (éteint) │ │ ├─o Pseudoammodiscidae (éteint) │ │ └─o Pseudolituotubidae (éteint) │ ├─o Endothyracea (éteint) │ │ ├─o Bradyinidae (éteint) │ │ └─o Endothyridae (éteint) │ │ ├─o Endostaffellinae (éteint) │ │ ├─o Endothyranopsinae (éteint) │ │ ├─o Endothyrinae (éteint) │ │ └─o Haplophragmellinae (éteint) │ ├─o Geinitzinacea (éteint) │ │ ├─o Geinitzinidae (éteint) │ │ └─o Pachyphloiidae (éteint) │ ├─o Moravamminacea (éteint) │ │ ├─o Caligellidae (éteint) │ │ ├─o Moravamminidae (éteint) │ │ └─o Paratikhinellidae (éteint) │ ├─o Nodosinellacea (éteint) │ │ ├─o Earlandinitidae (éteint) │ │ └─o Nodosinellidae (éteint) │ ├─o Ptychocladiacea (éteint) │ ├─o Tetrataxacea (éteint) │ │ ├─o Abadehellidae (éteint) │ │ ├─o Pseudotaxidae (éteint) │ │ ├─o Tetrataxidae (éteint) │ │ └─o Valvulinellidae (éteint) │ ├─o Tournayellacea (éteint) │ │ ├─o Palaeospiroplectamminidae (éteint) │ │ │ ├─o Endospiroplectammininae (éteint) │ │ │ └─o Palaeospiroplectammininae (éteint) │ │ └─o Tournayellidae (éteint) │ │ ├─o Chernyshinellinae (éteint) │ │ ├─o Forschinae (éteint) │ │ ├─o Lituotubellinae (éteint) │ │ ├─o Septabrunsiininae (éteint) │ │ └─o Tournayellinae (éteint) │ ├─o Palaeotextulariacea (éteint) │ │ ├─o Palaeotextulariidae (éteint) │ │ ├─o Semitextulariidae (éteint) │ │ │ ├─o Koskinobigenerininae (éteint) │ │ │ ├─o Pseudopalmulinae (éteint) │ │ │ └─o Semitextulariinae (éteint) │ │ └─o Biseriamminidae (éteint) │ │ ├─o Biseriammininae (éteint) │ │ ├─o Dagmaritinae (éteint) │ │ ├─o Lousettitinae (éteint) │ │ └─o Sideriammininae (éteint) │ ├─o Parathuramminacea (éteint) │ │ ├─o Archaesphaeridae (éteint) │ │ │ ├─o Archaesphaerinae (éteint) │ │ │ └─o Insolentithecinae (éteint) │ │ ├─o Auroriidae (éteint) │ │ ├─o Chrysothuramminidae (éteint) │ │ ├─o Eovolutinidae (éteint) │ │ ├─o Ivanovellidae (éteint) │ │ ├─o Marginaridae (éteint) │ │ ├─o Tuberitinidae (éteint) │ │ ├─o Uralinellidae (éteint) │ │ ├─o Usloniidae (éteint) │ │ └─o Parathuramminidae (éteint) │ │ ├─o Irregularininae (éteint) │ │ └─o Parathurammininae (éteint) │ └─o Fusulinacea (éteint) │ ├─o Fusulinidae (éteint) │ │ ├─o Eofusulininae (éteint) │ │ ├─o Fusulinellinae (éteint) │ │ ├─o Fusulininae (éteint) │ │ └─o Wedekindellininae (éteint) │ ├─o Loeblichiidae (éteint) │ │ ├─o Loeblichiinae (éteint) │ │ └─o Nanicellinae (éteint) │ ├─o Neoschwagerinidae (éteint) │ │ ├─o Neoschwagerininae (éteint) │ │ ├─o Sumatrininae (éteint) │ │ └─o Thailandininae (éteint) │ ├─o Ozawainellidae (éteint) │ │ ├─o Ozawainellinae (éteint) │ │ └─o Pseudostaffellinae (éteint) │ ├─o Schubertellidae (éteint) │ │ ├─o Boultoniinae (éteint) │ │ └─o Schubertellinae (éteint) │ ├─o Schwagerinidae (éteint) │ │ ├─o Biwaellinae (éteint) │ │ ├─o Chusenellinae (éteint) │ │ ├─o Polydiexodininae (éteint) │ │ ├─o Pseudoschwagerininae (éteint) │ │ └─o Schwagerininae (éteint) │ ├─o Staffellidae (éteint) │ └─o Verbeekinidae (éteint) │ ├─o Kahlerininae (éteint) │ ├─o Misellininae (éteint) │ ├─o Pseudodoliolininae (éteint) │ └─o Verbeekininae (éteint) └─o ├─o Lagenida │ ├─o Lagenidae │ ├─o Glandulinidae │ ├─o Nodosariidae │ ├─o Vaginulinidae │ └─o Polymorphinidae ├─o Globigerinida │ ├─o Candeinacea │ │ ├─o Globigerinitidae │ │ └─o Candeinidae │ └─o Globigerinacea │ ├─o Hastigerinidae │ ├─o Sphaeroidinellidae │ ├─o Globigerinidae │ ├─o Pulleniatinidae │ ├─o Orbulinidae │ ├─o Globorotaliidae │ └─o Turborotalitidae ├─o Robertinida │ ├─o Robertinidae │ ├─o Ceratobuliminidae │ └─o Epistominidae ├─o Textulariida │ ├─o Hormosinidae │ ├─o Telamminidae │ ├─o Rzehakinidae │ ├─o Ammosphaeroidinidae │ ├─o Haplophragmoididae │ ├─o Sphaeramminidae │ ├─o Lituotubidae │ ├─o Lituolidae │ ├─o Placopsilinidae │ ├─o Cyclamminidae │ ├─o Spiroplectamminidae │ ├─o Trochamminidae │ ├─o Remaneicidae │ ├─o Verneuilinidae │ ├─o Globotextulariidae │ ├─o Eggerellidae │ ├─o Textulariidae │ └─o Valvulinidae └─o Rotaliida ├─? Placentulinidae ├─? Ungulatellidae ├─? Pannellainidae ├─? Pegidiidae ├─? Sphaeroidinidae ├─o Loxostomatacea │ ├─o Bolivinellidae │ ├─o Tortoplectellidae │ └─o Tosaidae ├─o Stilostomellacea ├─o Bolivinacea │ ├─o Bolivinidae │ └─o Bolivinitidae ├─o Fursenkoinacea ├─o Virgulinellacea ├─o Pleurostomellacea ├─o Cassidulinacea │ ├─o Caucasinidae │ ├─o Delosinidae │ └─o Cassidulinidae ├─o Buliminacea │ ├─o Stainforthiidae │ ├─o Buliminidae │ ├─o Buliminellidae │ ├─o Uvigerinidae │ ├─o Siphogenerinoididae │ ├─o Reussellidae │ ├─o Trimosinidae │ ├─o Pavoninidae │ └─o Millettiidae ├─o Siphoninacea ├─o Annulopatellinacea ├─o Glabratellacea │ ├─o Buliminoididae │ ├─o Heronalleniidae │ ├─o Rotaliellidae │ └─o Glabratellidae ├─o Rosalinacea │ ├─o Heleninidae │ ├─o Rosalinidae │ ├─o Bagginidae │ ├─o Mississippinidae │ ├─o Bueningiidae │ └─o Bronnimanniidae ├─o Discorbinellacea │ ├─o Parrelloididae │ ├─o Pseudoparrellidae │ ├─o Planulinoididae │ └─o Discorbinellidae ├─o Planorbulinacea │ ├─o Planulinidae │ ├─o Bisacciidae │ ├─o Cibicididae │ ├─o Planorbulinidae │ ├─o Cymbaloporidae │ └─o Victoriellidae ├─o Acervulinacea │ ├─o Acervulinidae │ └─o Homotrematidae ├─o Asterigerinacea │ ├─o Epistomariidae │ ├─o Alfredinidae │ ├─o Asterigerinatidae │ ├─o Asterigerinidae │ └─o Amphisteginidae ├─o Nonionacea │ ├─o Nonionidae │ ├─o Spirotectinidae │ └─o Almaenidae ├─o Nummulitacea ├─o Rotaliacea │ ├─o Miogypsinidae (éteint) │ ├─o Elphidiidae │ ├─o Calcarinidae │ ├─o Rotaliidae │ ├─o Discorbidae │ └─o Eponididae └─o Chilostomellacea ├─o Karreriidae ├─o Chilostomellidae ├─o Quadrimorphinidae ├─o Alabaminidae ├─o Osangulariidae ├─o Oridorsalidae ├─o Heterolepidae ├─o Gavelinellidae └─o Trichohyalidae
Débat scientifique relatif à la phylogénie des Rhizaria
La monophylie du groupe, récemment acquise, n'est plus remise en question ; par contre, sa place au sein des Eucaryotes ne fait pas l'objet d'un consensus (il semble plus proche des Alvéolés et Straménopiles que des Excavates, rompant ainsi la monophylie des Chromalvéolés).
En son sein, l'important groupe des Cercozoaires est lui aussi de reconnaissance récente. Si certaines analyses donnent les Foraminifères comme prenant racine au sein de ce groupe, à proximité des Gromiidés et Ascétospores, d'autres les positionnent en groupe-frère des Cercozoaires, d'autres encore au sein d'un groupe de Rétariens où ils retrouvent les Radiolaires (hormis les Phéodariés qui sont des Cercozoaires) ; y sont-ils leur groupe-frère, ou bien les Radiolaires restreints sont-ils eux-mêmes paraphylétiques (comme le montre le cladogramme ci-dessus qui suit, comme pour les Cercozoaires, une analyse proposée dans Bass et al. 2009) ?
Classification proposée par Adl et al. 2005
Ce comité a proposé une nouvelle classification, remplaçant celle des anciens Protistes et tenant compte des phylogénies moléculaires récentes. Elle regroupe les Eucaryotes en six groupes réputés monophylétiques. Voici ce qui concerne les Rhizaria.
Classification proposée par Adl et al. 2005▲ └─o Rhizaria ├─o Cercozoa │ ├─o Cercomonadida │ │ ├─o Cercomonadidae (peut-être paraphylétique) │ │ └─o Heteromitidae │ ├─o Silicofilosea │ │ ├─o Thaumatomonadida │ │ └─o Euglyphida │ │ ├─o Euglyphidae │ │ ├─o Trinematidae │ │ ├─o Cyphoderiidae │ │ ├─o Paulinellidae │ │ └─? Ampullataria, Euglyphidion, Heteroglypha, Matsakision │ ├─o Chlorarachniophyta │ ├─o Phytomyxea │ ├─o Phaeodarea │ │ ├─o Phaeoconchia │ │ ├─o Phaeocystina │ │ ├─o Phaeogromia │ │ └─o Phaeosphaeria │ ├─o Nucleohelea │ │ ├─o Clathrulinidae │ │ └─o Gymnosphaerida │ └─? Cryothecomonas, Gymnophrys, Lecythium, Massisteria, Metopion, Proleptomonas, Pseudodifflugia ├─o Haplosporidia ├─o Foraminifera ├─o Gromia └─o Radiolaria ├─o Polycystinea │ ├─o Spumellaria │ │ ├─o Collodaria │ │ └─o Sphaerellaria │ └─o Nassellaria │ ├─o Plectellaria │ └─o Cyrtellaria ├─o Sticholonche └─o Acantharia ├─o Arthracanthida ├─o Chaunocanthida ├─o Holocanthida └─o Symphyacanthida
En savoir plus
Sources bibliographiques de référence
- David Bass, Ema E.Y. Chao, Sergey Nikolaev, Akinori Yabuki, Ken-ichiro Ishida, Cédric Berney, Ursula Pakzad, Claudia Wylezich et Thomas Cavalier-Smith : « Phylogeny of Novel Naked Filose and Reticulose Cercozoa: Granofilosea cl.n. and Proteomyxidea Revised », Protist, vol. 160, pp. 75-109, 2009
- David Moreira, Sophie von der Heyden, David Bass, Purificación López-García, Ema Chao et Thomas Cavalier-Smith : « Global eukaryote phylogeny: Combined small- and large-subunit ribosomal DNA trees support monophyly of Rhizaria, Retaria and Excavata », Mol. Phylogenet. Evol., vol. 44, n°1, pp. 255-266, 2007
- David Bass, David Moreira, Purificación López-García, Stephane Polet, Ema E. Chao, Sophie von der Heyden, Jan Pawlowski et Thomas Cavalier-Smith : « Polyubiquitin Insertions and the Phylogeny of Cercozoa and Rhizaria », Protist, vol. 156, pp. 149-161, 2005
Autres sources bibliographiques
Sources internet
- Molecular Phylogeny of Amoeboid Protists
- Mikko's Phylogeny Archive
- The Taxonomicon
- Palaeos.org
- Palaeos.com
- Micro*scope
- NCBI Taxonomy Browser
- The Tree of Life Web Project
Liens internes
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Foraminifères benthiques. Dans le sens des aiguilles d'une montre depuis en-haut à gauche : Ammonia beccarii, Elphidium excavatum clavatum, Buccella frigida, et Eggerella advena (Foraminifera)
Xenophyophorea, Foraminifera
Radiolaire indéterminé
Circogonia icosahedra (Radiolaria), par Ernst Haeckel (1904), dans son ouvrage Kunstformen der Natur
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