- Arbre phylogenetique du vivant (suite 2)
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Eubacteria (classification phylogénétique)
Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Eubacteria (ou Bacteria, ou encore Bactéries), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations évolutives complexes (relations groupes ancestraux - groupes descendants) existant entre les différents organismes vivants ou taxa, constituant ce groupe. Du fait de ses méthodes nouvelles basées sur la biologie moléculaire, la phylogénie, science récente à l'origine de la classification phylogénétique du vivant, est en plein essor et propose parfois des résultats en contradiction avec l'ancienne classification, majoritairement basée, elle, sur des critères morphologiques et physiologiques. Aussi, certains points particuliers font parfois encore l'objet de débats au sein de la communauté scientifique. L'objectif, s'il y a lieu, est également de présenter ces derniers ici.
Ce cladogramme présente aussi bien les groupes encore représentés aujourd'hui que ceux qui sont éteints (incluant les groupes fossiles).
À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien. De plus, pour plus de précisions si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.
Le symbole ▲ renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré.
Sommaire
Arbre phylogénétique
Les avis des spécialistes restent très divergents sur la phylogénie des Procaryotes. En ce qui concerne les taxons bactériens de niveau supérieur, l'arbre ici présenté suit globalement les dernières propositions de Thomas Cavalier-Smith. L'ancêtre "universel" n'est plus conforme à l'hypothèse "LUCA", puisque les Archées et les Eucaryotes s'enracinent non pas dans la même origine que les Eubactéries, mais au sein de celles-ci, longtemps après leur apparition. Les Eubactéries ne forment donc pas, dans cette hypothèse, un groupe naturel (un clade monophylétique), mais le plus ancien grade évolutif connu ayant encore des représentants dans la nature actuelle.
▲ ├─o Chlorobacteria ou Chloroflexi └─o ├─o Hadobacteria ou Deinococci └─o Glycobacteria (paraphylétique) ├─o Cyanobacteria │ └─o chloroplastes s.l. └─o ├─o Gracilicutes │ ├─o Spirochaetes │ └─o │ ├─o Sphingobacteria │ └─o Exoflagellata │ ├─o Planctobacteria │ └─o Proteobacteria │ └─o mitochondries └─o └─o Posibacteria (paraphylétique) ├─o Endobacteria │ ├─o Mollicutes │ └─o Firmicutes s.s. └─o Actinobacteria (paraphylétique) └─o Neomura ├─o Eukaryota ► └─o Archaebacteria ou Archaea ►
Arbre développé▲ ├─o Chlorobacteria ou Chloroflexi s.l. │ ├─o │ │ ├─o Dehalococcoidetes │ │ └─o Anaerolineae │ │ ├─o Anaerolineales │ │ └─o Caldilineales │ └─o │ ├─o Thermomicrobia │ │ ├─o Sphaerobacterales │ │ └─o Thermomicrobiales │ └─o Chloroflexi s.s. │ ├─o Herpetosiphonales │ └─o Chloroflexales │ ├─o Chloroflexaceae │ └─o Oscillochloridaceae └─o ├─o Hadobacteria ou Deinococci │ ├─o Thermales │ └─o Deinococcales │ ├─o Deinococcaceae │ └─o Trueperaceae └─o Glycobacteria (paraphylétique) ├─o Cyanobacteria │ ├─o Gloeobacteriales │ └─o Phycobacteria │ │ │ ├─o chloroplastes s.l. │ │ ├─o chloroplastes s.s. │ │ └─o │ │ ├─o rhodoplastes │ │ └─o cyanelles │ │ │ ├─o Chroobacteria │ │ ├─o Chroococcales │ │ ├─o Pleurocapsales │ │ └─o Oscillatoriales │ └─o Hormogoneae │ ├─o Stigonematales │ └─o Nostocales │ ├─o Microchaetaceae │ ├─o Nostocaceae │ ├─o Rivulariaceae │ └─o Scytonemataceae └─o ├─? Gemmatimonadetes ├─o Gracilicutes │ ├─o Spirochaetes │ │ ├─o Leptospiraceae │ │ └─o Euspirochaetae │ │ ├─o Serpulinaceae ou Brachyspiraceae │ │ └─o Spirochaetaceae │ └─o │ ├─o Sphingobacteria │ │ ├─o Fibrobacterales │ │ └─o │ │ ├─o Chlorobiales │ │ └─o Bacteroidetes │ │ ├─o Rhodothermaceae │ │ └─o │ │ ├─o Sphingobacteriales │ │ │ ├─o Chitinophagaceae │ │ │ ├─o Cyclobacteriaceae │ │ │ ├─o Flammeovirgaceae │ │ │ ├─o Flexibacteraceae │ │ │ ├─o Saprospiraceae │ │ │ └─o Sphingobacteriaceae │ │ └─o │ │ ├─o Flavobacteriales │ │ │ ├─o Blattabacteriaceae │ │ │ ├─o Flavobacteriaceae │ │ │ └─o Cryomorphaceae │ │ └─o Bacteroidales │ │ ├─o Bacteroidaceae │ │ ├─o Marinilabiaceae │ │ ├─o Rikenellaceae │ │ ├─o Porphyromonadaceae │ │ └─o Prevotellaceae │ └─o Exoflagellata │ ├─o Planctobacteria │ │ ├─o Poribacteria │ │ ├─o Planctomycetes │ │ │ ├─o Planctomycetales │ │ │ └─o Phycisphaerales │ │ └─o │ │ ├─o Chlamydiales │ │ │ ├─o Chlamydiaceae │ │ │ └─o │ │ │ ├─o │ │ │ │ ├─o Simkaniaceae │ │ │ │ └─o Rhabdochlamydiaceae │ │ │ └─o │ │ │ ├─o Waddliaceae │ │ │ └─o Parachlamydiaceae │ │ └─o │ │ ├─o Lentisphaerae │ │ │ ├─o Lentisphaerales │ │ │ └─o Victivallales │ │ └─o Verrucomicrobia │ │ ├─o Xiphinematobacteriaceae ou Spartobacteria │ │ ├─o Verrucomicrobiales │ │ └─o Opitutae │ │ ├─o Opitutales │ │ └─o Puniceicoccales │ └─o │ ├─? Elusimicrobia │ │ ├─o Elusimicrobiales │ │ └─o Endomicrobia │ ├─o Geobacteria │ │ ├─o Acidobacteria │ │ │ ├─o Acidobacteriales │ │ │ ├─o Solibacterales │ │ │ └─o Holophagae │ │ │ ├─o Acanthopleuribacterales │ │ │ └─o Holophagales │ │ └─o Ferrobacteria ou Geovibriales │ │ ├─? Chrysiogenales │ │ ├─o Nitrospirales │ │ └─o Deferribacteres │ │ ├─o Caldithrix │ │ └─o │ │ ├─o Synergistetes │ │ └─o Deferribacteraceae │ └─o │ ├─? Thermodesulfobacteriales │ ├─o Aquificales │ │ ├─o Aquificaceae │ │ ├─o Desulfurobacteriaceae │ │ └─o Hydrogenothermaceae │ └─o Proteobacteria │ ├─o Epsilonproteobacteria │ │ ├─o Nautiliales │ │ └─o Campylobacterales │ │ ├─o Campylobacteraceae │ │ ├─o Helicobacteraceae │ │ └─o Hydrogenimonaceae │ ├─o Deltaproteobacteria │ │ ├─o Bdellovibrionales │ │ ├─o Desulfarcales │ │ ├─o Desulfobacterales │ │ │ ├─o Desulfobacteraceae │ │ │ ├─o Desulfobulbaceae │ │ │ └─o Nitrospinaceae │ │ ├─o Desulfovibrionales │ │ │ ├─o Desulfovibrionaceae │ │ │ ├─o Desulfomicrobiaceae │ │ │ ├─o Desulfohalobiaceae │ │ │ └─o Desulfonatronumceae │ │ ├─o Desulfurellales │ │ ├─o Desulfuromonadales │ │ │ ├─o Desulfuromonadaceae │ │ │ └─o Geobacteraceae │ │ ├─o Syntrophobacterales │ │ │ ├─o Syntrophobacteraceae │ │ │ └─o Syntrophaceae │ │ └─o Myxococcales │ │ ├─o Cystobacterinae │ │ │ ├─o Cystobacteraceae │ │ │ └─o Myxococcaceae │ │ ├─o Soranginae ou Polyangiaceae │ │ └─o Nannocystineae │ │ ├─o Nannocystaceae │ │ ├─o Haliangiaceae │ │ └─o Kofleriaceae │ └─o │ ├─o Zetaproteobacteria ou Mariprofundales │ └─o Rhodobacteria │ ├─o Alphaproteobacteria │ │ ├─? Kopriimonadales │ │ ├─? Kordiimonadales │ │ ├─o Rickettsiales │ │ │ ├─? Holosporaceae │ │ │ ├─o Anaplasmataceae │ │ │ └─o Rickettsiaceae │ │ │ │ │ │ │ └─o mitochondries │ │ └─o │ │ ├─o │ │ │ ├─o Sphingomonadales │ │ │ └─o Rhodospirillales │ │ │ ├─o Rhodospirillaceae │ │ │ └─o Acetobacteraceae │ │ └─o │ │ ├─o │ │ │ ├─o Caulobacterales │ │ │ └─o │ │ │ ├─? Parvularculales │ │ │ └─o Rhodobacterales │ │ └─o Rhizobiales │ │ ├─? Aurantimonadaceae │ │ ├─? Hyphomicrobiaceae │ │ ├─o │ │ │ ├─o Methylobacteriaceae │ │ │ └─o │ │ │ ├─o Bradyrhizobiaceae │ │ │ └─o │ │ │ ├─? Methylocystaceae │ │ │ └─? Beijerinckiaceae │ │ └─o │ │ ├─? Rhodobiaceae │ │ └─o │ │ ├─o Bartonellaceae │ │ └─o │ │ ├─o Rhizobiaceae │ │ ├─o Brucellaceae │ │ └─o Phyllobacteriaceae │ └─o Chromatibacteria │ ├─o Betaproteobacteria │ │ ├─o Hydrogenophilales │ │ ├─o Methylophilales │ │ ├─o Neisseriales │ │ ├─o Nitrosomonadales │ │ │ ├─o Nitrosomonadacea │ │ │ ├─o Spirillaceae │ │ │ └─o Gallionellaceae │ │ ├─o Procabacteriales │ │ ├─o Rhodocyclales │ │ └─o Burkholderiales │ │ ├─o Burkholderiaceae │ │ ├─o Oxalobacteraceae │ │ ├─o Alcaligenaceae │ │ └─o Comamonadaceae │ └─o Gammaproteobacteria │ ├─o Acidithiobacillales │ │ ├─o Acidithiobacillaceae │ │ └─o Thermithiobacillaceae │ ├─o Aeromonadales │ │ ├─o Aeromonadaceae │ │ └─o Succinivibrionaceae │ ├─o Alteromonadales │ ├─o Cardiobacteriales │ ├─o Chromatiales │ │ ├─o Chromatiaceae │ │ ├─o Ectothiorhodospiraceae │ │ └─o Halothiobacilaceae │ ├─o Enterobacteriales │ ├─o Legionellales │ │ ├─o Legionellaceae │ │ └─o Coxiellaceae │ ├─o Methylococcales │ │ ├─o Crenotrichaceae │ │ └─o Methylococcaceae │ ├─o Pasteurellales │ ├─o Pseudomonadales │ │ ├─o Pseudomonadaceae │ │ └─o Moraxellaceae │ ├─o Thiotrichales │ │ ├─o Thiotrichaceae │ │ ├─o Francisellaceae │ │ └─o Piscirickettsiaceae │ ├─o Vibrionales │ ├─o Xanthomonadales │ └─o Oceanospirillales │ ├─o Oceanospirillaceae │ ├─o Alcanivoraceae │ ├─o Hahellaceae │ ├─o Halomonadaceae │ ├─o Oleiphilaceae │ └─o Saccharospirillaceae └─o ├─o Thermotogales ou Togobacteria ├─o Selenobacteria │ ├─o Sporomusales │ └─o Heliobacteriales ├─o Fusobacteriales └─o Posibacteria ou Firmicutes s.l. (paraphylétique) ├─o Endobacteria │ ├─o Dictyoglomales │ └─o │ ├─o Mollicutes ou Tenericutes │ │ ├─o Acholeplasmatales │ │ ├─o Anaeroplasmatales │ │ ├─o Haloplasmatales │ │ ├─o Mycoplasmatales │ │ └─o Entomoplasmatales │ │ ├─o Entomoplasmataceae │ │ └─o Spiroplasmataceae │ └─o Teichobacteria ou Firmicutes s.s. │ ├─o Erysipelotrichales │ ├─o Thermolithobacterales │ ├─o Clostridia │ │ ├─o Natranaerobiales │ │ ├─o Halanaerobiales │ │ │ ├─o Halanaerobiaceae │ │ │ └─o Halobacteroidaceae │ │ ├─o Thermoanaerobacteriales │ │ │ ├─o Thermoanaerobacteriaceae │ │ │ └─o Thermodesulfobiaceae │ │ └─o Clostridiales │ │ ├─o Catabacteriaceae │ │ ├─o Clostridiaceae │ │ ├─o Eubacteriaceae │ │ ├─o Gracilibacteraceae │ │ ├─o Lachnospiraceae │ │ ├─o Oscillospiraceae │ │ ├─o Peptococcaceae │ │ ├─o Peptostreptococcaceae │ │ ├─o Syntrophomonadaceae │ │ └─o Veillonellaceae │ └─o Bacilli │ ├─o Lactobacillales │ │ ├─o Aerococcaceae │ │ ├─o Carnobacteriaceae │ │ ├─o Enterococcaceae │ │ ├─o Lactobacillaceae │ │ ├─o Leuconostocaceae │ │ └─o Streptococcaceae │ └─o Bacillales │ ├─o Alicyclobacillaceae │ ├─o Bacillaceae │ ├─o Listeriaceae │ ├─o Paenibacillaceae │ ├─o Pasteuriaceae │ ├─o Planococcaceae │ ├─o Sporolactobacillaceae │ ├─o Staphylococcaceae │ ├─o Thermoactinomycetaceae │ ├─o Thermicanus │ ├─o Gemella │ └─o Exiguobacterium └─o Actinobacteria (paraphylétique) ├─o Rubrobacteridae │ ├─o Rubrobacterales │ ├─o Thermoleophilales │ └─o Solirubrobacterales │ ├─o Conexibacteraceae │ ├─o Patulibacteraceae │ └─o Solirubrobacteraceae └─o ├─o Coriobacteriales └─o ├─o Acidimicrobiales └─o Actinobacteridae (paraphylétique) ├─o Bifidobacteriales └─o Actinomycetales (paraphylétique) ├─o Rarobacterineae ├─o Actinomycineae ├─o Catenulisporineae │ ├─o Actinospicaceae │ └─o Catenulisporaceae ├─o Pseudonocardineae │ ├─o Actinosynnemataceae │ └─o Pseudonocardiaceae ├─o Glycomycineae ├─o Micrococcineae │ ├─? Intrasporangiaceae │ ├─? Dermabacteraceae │ ├─o Microbacteriaceae │ └─o │ ├─o Dermatophilaceae │ ├─o Micrococcaceae │ └─o │ ├─o Cellulomonadaceae │ └─o Promicromonosporaceae └─o ├─o Propionibacterineae │ ├─o Nocardioidaceae │ └─o Propionibacteriaceae └─o ├─o Neomura │ │ │ ├─o Eukaryota ► │ │ │ └─o Archaebacteria ou Archaea ► │ ├─o Corynebacterineae │ ├─? Gordoniaceae │ ├─o Corynebacteriaceae │ └─o │ ├─o Micromonosporaceae │ └─o Mycobacteriales │ ├─? Segniliparaceae │ ├─? Tsukamurellaceae │ ├─? Williamsiaceae │ ├─o Mycobacteriaceae │ └─o │ ├─o Dietziaceae │ └─o Nocardiaceae └─o Streptomycetes ├─o Frankineae │ ├─o Acidothermaceae │ ├─o Frankiaceae │ ├─o Geodermatophilaceae │ ├─o Kineosporiaceae │ ├─o Nakamurellaceae │ └─o Sporichthyaceae └─o ├─o Streptomycineae └─o Streptosporangineae ├─o Thermomonosporaceae └─o ├─o Nocardiopsaceae └─o Streptosporangiaceae
Débat scientifique relatif à la phylogénie des Eubacteria
L'un des enjeux majeurs est évidemment ici la place de la racine de l'arbre universel.
- La théorie de Thomas Cavalier-Smith est celle de l'apparition des « Neomura » au sein des Actinomycetales, tardivement (900 millions d'années), eux-mêmes se différenciant en Archaebacteria et Eukaryota.
- Comme lui, Gupta reconnaît la proximité des Archaea et des bactéries Gram +, mais à partir de l'analyse des séquences des protéines, il pose la conclusion inverse : ces deux groupes sont proches de l'origine commune, les bactéries Gram - sont plus récentes et donc monophylétiques (les Didermata). Il postule par ailleurs que la cellule eucaryote provient d'une symbiose entre un éocyte (crénarchée) et une protéobactérie.
- Plus proches du premier, Skophammer et alii trouvent les Archées à proximité des Bacilles, au sein des Firmicutes, mais placent eux aussi la racine de l'arbre de la vie au sein des Didermata.
Classification d'après le Bergey's
Cette classification, communément admise, identifie 24 phyla réputés monophylétiques, mais ne se prononce pas sur des regroupements entre eux. Dans les notes du « Taxonomic Outline », certains rapprochements, ou classements douteux, sont suggérés.
Classification selon le Bergey's 2004└─o domaine des Bacteria ├─o embranchement des Aquificae │ └─o classe des Aquificae │ └─o ordre des Aquificales │ └─o famille des Aquificaceae ├─o embranchement des Thermotogae │ └─o classe des Thermotogae │ └─o ordre des Thermotogales │ └─o famille des Thermotogaceae ├─o embranchement des Thermodesulfobacteria │ └─o classe des Thermodesulfobacteria │ └─o ordre des Thermodesulfobacteriales │ └─o famille des Thermodesulfobacteriaceae ├─o embranchement des Deinococcus-Thermus │ └─o classe des Deinococci │ ├─o ordre des Deinococcales │ │ └─o famille des Deinococcaceae │ └─o ordre des Thermales │ └─o famille des Thermaceae ├─o embranchement des Chrysiogenetes │ └─o classe des Chrysiogenetes │ └─o ordre des Chrysiogenales │ └─o famille des Chrysiogenaceae ├─o embranchement des Chloroflexi │ ├─o classe des Chloroflexi │ │ ├─o ordre des Chloroflexales │ │ │ ├─o famille des Chloroflexaceae │ │ │ └─o famille des Oscillochloridaceae │ │ └─o ordre des Herpetosiphonales │ │ └─o famille des Herpetosiphonaceae │ └─o classe des Anaerolineae │ └─o ordre des Anaerolineales │ └─o famille des Anaerolineaceae ├─o embranchement des Thermomicrobia │ └─o classe des Thermomicrobia │ └─o ordre des Thermomicrobiales │ └─o famille des Thermomicrobiaceae ├─o embranchement des Nitrospira │ └─o classe des Nitrospira │ └─o ordre des Nitrospirales │ └─o famille des Nitrospiraceae ├─o embranchement des Deferribacteres │ └─o classe des Deferribacteres │ └─o ordre des Deferribacterales │ └─o famille des Deferribacteraceae ├─o embranchement des Cyanobacteria │ └─o classe des Cyanobacteria │ ├─o sous-section 1 │ │ └─o famille 1.1 │ ├─o sous-section 2 │ │ ├─o famille 2.1 │ │ └─o famille 2.2 │ ├─o sous-section 3 │ │ └─o famille 3.1 │ ├─o sous-section 4 │ │ └─o famille 4.1 │ └─o sous-section 5 │ └─o famille 5.1 ├─o embranchement des Chlorobi │ └─o classe des Chlorobia │ └─o ordre des Chlorobiales │ └─o famille des Chlorobiaceae ├─o embranchement des Proteobacteria │ ├─o classe des Alphaproteobacteria │ │ ├─o ordre des Rhodospirillales │ │ │ ├─o famille des Rhodospirillaceae │ │ │ └─o famille des Acetobacteraceae │ │ ├─o ordre des Rickettsiales │ │ │ ├─o famille des Rickettsiaceae │ │ │ ├─o famille des Anaplasmataceae │ │ │ └─o famille des Holosporaceae │ │ ├─o ordre des Rhodobacterales │ │ │ └─o famille des Rhodobacteraceae │ │ ├─o ordre des Sphingomonadales │ │ │ └─o famille des Sphingomonadaceae │ │ ├─o ordre des Caulobacterales │ │ │ └─o famille des Caulobacteraceae │ │ ├─o ordre des Rhizobiales │ │ │ ├─o famille des Rhizobiaceae │ │ │ ├─o famille des Aurantimonadaceae │ │ │ ├─o famille des Bartonellaceae │ │ │ ├─o famille des Brucellaceae │ │ │ ├─o famille des Phyllobacteriaceae │ │ │ ├─o famille des Methylocystaceae │ │ │ ├─o famille des Beijerinckiaceae │ │ │ ├─o famille des Bradyrhizobiaceae │ │ │ ├─o famille des Hyphomicrobiaceae │ │ │ ├─o famille des Methylobacteriaceae │ │ │ └─o famille des Rhodobiaceae │ │ └─o ordre des Parvularculales │ │ └─o famille des Parvularculaceae │ ├─o classe des Betaproteobacteria │ │ ├─o ordre des Burkholderiales │ │ │ ├─o famille des Burkholderiaceae │ │ │ ├─o famille des Oxalobacteraceae │ │ │ ├─o famille des Alcaligenaceae │ │ │ └─o famille des Comamonadaceae │ │ ├─o ordre des Hydrogenophilales │ │ │ └─o famille des Hydrogenophilaceae │ │ ├─o ordre des Methylophilales │ │ │ └─o famille des Methylophilaceae │ │ ├─o ordre des Neisseriales │ │ │ └─o famille des Neisseriaceae │ │ ├─o ordre des Nitrosomonadales │ │ │ ├─o famille des Nitrosomonadaceae │ │ │ ├─o famille des Spirillaceae │ │ │ └─o famille des Gallionellaceae │ │ ├─o ordre des Rhodocyclales │ │ │ └─o famille des Rhodocyclaceae │ │ └─o ordre des Procabacteriales │ │ └─o famille des Procabacteriaceae │ ├─o classe des Gammaproteobacteria │ │ ├─o ordre des Chromatiales │ │ │ ├─o famille des Chromatiaceae │ │ │ ├─o famille des Ectothiorhodospiraceae │ │ │ └─o famille des Halothiobacillaceae │ │ ├─o ordre des Acidithiobacillales │ │ │ ├─o famille des Acidithiobacillaceae │ │ │ └─o famille des Thermithiobacillaceae │ │ ├─o ordre des Xanthomonadales │ │ │ └─o famille des Xanthomonadaceae │ │ ├─o ordre des Cardiobacteriales │ │ │ └─o famille des Cardiobacteriaceae │ │ ├─o ordre des Thiotrichales │ │ │ ├─o famille des Thiotrichaceae │ │ │ ├─o famille des Francisellaceae │ │ │ └─o famille des Piscirickettsiaceae │ │ ├─o ordre des Legionellales │ │ │ ├─o famille des Legionellaceae │ │ │ └─o famille des Coxiellaceae │ │ ├─o ordre des Methylococcales │ │ │ └─o famille des Methylococcaceae │ │ ├─o ordre des Oceanospirillales │ │ │ ├─o famille des Oceanospirillaceae │ │ │ ├─o famille des Alcanivoraceae │ │ │ ├─o famille des Hahellaceae │ │ │ ├─o famille des Halomonadaceae │ │ │ ├─o famille des Oleiphilaceae │ │ │ └─o famille des Saccharospirillaceae │ │ ├─o ordre des Pseudomonadales │ │ │ ├─o famille des Pseudomonadaceae │ │ │ └─o famille des Moraxellaceae │ │ ├─o ordre des Alteromonadales │ │ │ └─o famille des Alteromonadaceae │ │ ├─o ordre des Vibrionales │ │ │ └─o famille des Vibrionaceae │ │ ├─o ordre des Aeromonadales │ │ │ ├─o famille des Aeromonadaceae │ │ │ └─? famille des Succinivibrionaceae │ │ ├─o ordre des Enterobacteriales │ │ │ └─o famille des Enterobacteriaceae │ │ └─o ordre des Pasteurellales │ │ └─o famille des Pasteurellaceae │ ├─o classe des Deltaproteobacteria │ │ ├─o ordre des Desulfurellales │ │ │ └─o famille des Desulfurellaceae │ │ ├─o ordre des Desulfovibrionales │ │ │ ├─o famille des Desulfovibrionaceae │ │ │ ├─o famille des Desulfomicrobiaceae │ │ │ ├─o famille des Desulfohalobiaceae │ │ │ └─o famille des Desulfonatronumaceae │ │ ├─o ordre des Desulfobacterales │ │ │ ├─o famille des Desulfobacteraceae │ │ │ ├─o famille des Desulfobulbaceae │ │ │ └─o famille des Nitrospinaceae │ │ ├─o ordre des Desulfarcales │ │ │ └─o famille des Desulfarculaceae │ │ ├─o ordre des Desulfuromonales │ │ │ ├─o famille des Desulfuromonaceae │ │ │ └─o famille des Geobacteraceae │ │ ├─o ordre des Syntrophobacterales │ │ │ ├─o famille des Syntrophobacteraceae │ │ │ └─o famille des Syntrophaceae │ │ ├─o ordre des Bdellovibrionales │ │ │ └─o famille des Bdellovibrionaceae │ │ └─o ordre des Myxococcales │ │ ├─o sous-ordre des Cystobacterineae │ │ │ ├─o famille des Cystobacteraceae │ │ │ └─o famille des Myxococcaceae │ │ ├─o sous-ordre des Sorangineae │ │ │ └─o famille des Polyangiaceae │ │ └─o sous-ordre des Nannocystineae │ │ ├─o famille des Nannocystaceae │ │ ├─o famille des Haliangiaceae │ │ └─o famille des Kofleriaceae │ └─o classe des Epsilonproteobacteria │ └─o ordre des Campylobacterales │ ├─o famille des Campylobacteraceae │ ├─o famille des Helicobacteraceae │ ├─o famille des Nautiliaceae │ └─o famille des Hydrogenimonaceae ├─o embranchement des Firmicutes │ ├─o classe des Clostridia │ │ ├─o ordre des Clostridiales │ │ │ ├─o famille des Clostridiaceae │ │ │ ├─o famille des Lachnospiraceae │ │ │ ├─o famille des Peptostreptococcaceae │ │ │ ├─o famille des Eubacteriaceae │ │ │ ├─o famille des Peptococcaceae │ │ │ ├─o famille des Heliobacteriaceae │ │ │ ├─o famille des Acidaminococcaceae │ │ │ └─o famille des Syntrophomonadaceae │ │ ├─o ordre des Thermoanaerobacteriales │ │ │ ├─o famille des Thermoanaerobacteriaceae │ │ │ └─o famille des Thermodesulfobiaceae │ │ └─o ordre des Halanaerobiales │ │ ├─o famille des Halanaerobiaceae │ │ └─o famille des Halobacteroidaceae │ ├─o classe des Mollicutes │ │ ├─o ordre des Mycoplasmatales │ │ │ └─o famille des Mycoplasmataceae │ │ ├─o ordre des Entomoplasmatales │ │ │ ├─o famille des Entomoplasmataceae │ │ │ └─o famille des Spiroplasmataceae │ │ ├─o ordre des Acholeplasmatales │ │ │ └─o famille des Acholeplasmataceae │ │ ├─o ordre des Anaeroplasmatales │ │ │ └─o famille des Anaeroplasmataceae │ │ └─? │ │ └─o famille des Erysipelotrichaceae │ └─o classe des Bacilli │ ├─o ordre des Bacillales │ │ ├─o famille des Bacillaceae │ │ ├─o famille des Alicyclobacillaceae │ │ ├─o famille des Caryophanaceae │ │ ├─o famille des Listeriaceae │ │ ├─o famille des Paenibacillaceae │ │ ├─o famille des Planococcaceae │ │ ├─o famille des Sporolactobacillaceae │ │ ├─o famille des Staphylococcaceae │ │ ├─o famille des Thermoactinomycetaceae │ │ └─o famille des Turicibacteraceae │ └─o ordre des Lactobacillales │ ├─o famille des Lactobacillaceae │ ├─o famille des Aerococcaceae │ ├─o famille des Carnobacteriaceae │ ├─o famille des Enterococcaceae │ ├─o famille des Leuconostocaceae │ └─o famille des Streptococcaceae ├─o embranchement des Actinobacteria │ └─o classe des Actinobacteria │ ├─o sous-classe des Acidimicrobidae │ │ └─o ordre des Acidimicrobiales │ │ └─o sous-ordre des Acidimicrobineae │ │ └─o famille des Acidimicrobiaceae │ ├─o sous-classe des Rubrobacteridae │ │ └─o ordre des Rubrobacterales │ │ └─o sous-ordre des Rubrobacterineae │ │ └─o famille des Rubrobacteraceae │ ├─o sous-classe des Coriobacteridae │ │ └─o ordre des Coriobacteriales │ │ └─o sous-ordre des Coriobacterineae │ │ └─o famille des Coriobacteriaceae │ ├─o sous-classe des Sphaerobacteridae │ │ └─o ordre des Sphaerobacterales │ │ └─o sous-ordre des Sphaerobacterineae │ │ └─o famille des Sphaerobacteraceae │ └─o sous-classe des Actinobacteridae │ ├─o ordre des Actinomycetales │ │ ├─o sous-ordre des Actinomycineae │ │ │ └─o famille des Actinomycetaceae │ │ ├─o sous-ordre des Micrococcineae │ │ │ ├─o famille des Micrococcaceae │ │ │ ├─o famille des Bogoriellaceae │ │ │ ├─o famille des Rarobacteraceae │ │ │ ├─o famille des Sanguibacteraceae │ │ │ ├─o famille des Brevibacteriaceae │ │ │ ├─o famille des Cellulomonadaceae │ │ │ ├─o famille des Dermabacteraceae │ │ │ ├─o famille des Dermatophilaceae │ │ │ ├─o famille des Dermacoccaceae │ │ │ ├─o famille des Intrasporangiaceae │ │ │ ├─o famille des Jonesiaceae │ │ │ ├─o famille des Microbacteriaceae │ │ │ ├─o famille des Beutenbergiaceae │ │ │ └─o famille des Promicromonosporaceae │ │ ├─o sous-ordre des Corynebacterineae │ │ │ ├─o famille des Corynebacteriaceae │ │ │ ├─o famille des Dietziaceae │ │ │ ├─o famille des Gordoniaceae │ │ │ ├─o famille des Mycobacteriaceae │ │ │ ├─o famille des Nocardiaceae │ │ │ ├─o famille des Tsukamurellaceae │ │ │ └─o famille des Williamsiaceae │ │ ├─o sous-ordre des Micromonosporineae │ │ │ └─o famille des Micromonosporaceae │ │ ├─o sous-ordre des Propionibacterineae │ │ │ ├─o famille des Propionibacteraceae │ │ │ └─o famille des Nocardioidaceae │ │ ├─o sous-ordre des Pseudonocardineae │ │ │ ├─o famille des Pseudonocardiaceae │ │ │ └─o famille des Actinosynnemataceae │ │ ├─o sous-ordre des Streptomycineae │ │ │ └─o famille des Streptomycetaceae │ │ ├─o sous-ordre des Streptosporangineae │ │ │ ├─o famille des Streptosporangiaceae │ │ │ ├─o famille des Nocardiopsaceae │ │ │ └─o famille des Thermomonosporaceae │ │ ├─o sous-ordre des Frankineae │ │ │ ├─o famille des Frankiaceae │ │ │ ├─o famille des Geodermatophilaceae │ │ │ ├─o famille des Microsphaeraceae │ │ │ ├─o famille des Sporichthyaceae │ │ │ ├─o famille des Acidothermaceae │ │ │ └─o famille des Kineosporiaceae │ │ └─o sous-ordre des Glycomycineae │ │ └─o famille des Glycomycetaceae │ └─o ordre des Bifidobacteriales │ └─o famille des Bifidobacteriaceae ├─o embranchement des Planctomycetes │ └─o classe des Planctomycetacia │ └─o ordre des Planctomycetales │ └─o famille des Planctomycetaceae ├─o embranchement des Chlamydiae │ └─o classe des Chlamydiae │ └─o ordre des Chlamydiales │ ├─o famille des Chlamydiaceae │ ├─o famille des Parachlamydiaceae │ ├─o famille des Simkaniaceae │ └─o famille des Waddliaceae ├─o embranchement des Spirochaetes │ └─o classe des Spirochaetes │ └─o ordre des Spirochaetales │ ├─o famille des Spirochaetaceae │ ├─o famille des Serpulinaceae │ └─o famille des Leptospiraceae ├─o embranchement des Fibrobacteres │ └─o classe des Fibrobacteres │ └─o ordre des Fibrobacterales │ └─o famille des Fibrobacteraceae ├─o embranchement des Acidobacteria │ └─o classe des Acidobacteria │ └─o ordre des Acidobacteriales │ └─o famille des Acidobacteriaceae ├─o embranchement des Bacteroidetes │ ├─o classe des Bacteroidetes │ │ └─o ordre des Bacteroidales │ │ ├─o famille des Bacteroidaceae │ │ ├─o famille des Rikenellaceae │ │ ├─o famille des Porphyromonadaceae │ │ └─o famille des Prevotellaceae │ ├─o classe des Flavobacteria │ │ └─o ordre des Flavobacteriales │ │ ├─o famille des Flavobacteriaceae │ │ └─o famille des Blattabacteriaceae │ └─o classe des Sphingobacteria │ └─o ordre des Sphingobacteriales │ ├─o famille des Sphingobacteriaceae │ ├─o famille des Saprospiraceae │ ├─o famille des Flexibacteraceae │ ├─o famille des Flammeovirgaceae │ └─o famille des Crenotrichaceae ├─o embranchement des Fusobacteria │ └─o classe des Fusobacteria │ └─o ordre des Fusobacteriales │ └─o famille des Fusobacteriaceae ├─o embranchement des Verrucomicrobia │ └─o classe des Verrucomicrobiae │ └─o ordre des Verrucomicrobiales │ ├─o famille des Verrucomicrobiaceae │ ├─o famille des Opitutaceae │ ├─o famille des Victivallaceae │ └─o famille des Xiphinematobacteriaceae ├─o embranchement des Dictyoglomi │ └─o classe des Dictyoglomi │ └─o ordre des Dictyoglomales │ └─o famille des Dictyoglomaceae └─o embranchement des Gemmatimonadetes └─o classe des Gemmatimonadetes └─o ordre des Gemmatimonadales └─o famille des Gemmatimonadaceae
Classification selon Cavalier-Smith
Cette classification n'est pas strictement phylogénétique, l'auteur ayant la conviction que, pour être utilisable et pédagogique, elle doit maintenir des grades évolutifs, dont seuls les plus récents sont « holophylétiques ».
Classification selon Cavalier-Smith 2002-2006─o règne des Bacteria (probablement paraphylétique) ├─o sous-règne des Negibacteria (probablement paraphylétique) │ ├─o infra-règne des Glidobacteria (probablement paraphylétique) │ │ ├─o super-division des Eobacteria (probablement paraphylétique) │ │ │ ├─o embranchement des Chlorobacteria │ │ │ └─o embranchement des Hadobacteria │ │ └─o super-division des Cyanobacteria │ │ └─o embranchement des Cyanobacteria │ │ ├─o sous-embranchement des Gloeobacteria │ │ │ └─o classe des Gloeobacteria │ │ │ └─o ordre des Gloeobacterales │ │ └─o sous-embranchement des Phycobacteria │ │ ├─o classe des Chroobacteria │ │ │ ├─o ordre des Chroococcales │ │ │ ├─o ordre des Pleurocapsales │ │ │ └─o ordre des Oscillatoriales │ │ └─o classe des Hormogonae │ │ ├─o ordre des Nostocales │ │ └─o ordre des Stigonematales │ ├─o infra-règne des Eurybacteria (probablement paraphylétique) │ │ └─o embranchement des Eurybacteria (probablement paraphylétique) │ │ ├─o classe des Selenobacteria (probablement paraphylétique) │ │ │ ├─o ordre des Sporomusales │ │ │ └─o ordre des Heliobacteriales │ │ ├─o classe des Fusobacteria │ │ └─o classe des Togobacteria │ │ └─o ordre des Thermotogales │ └─o infra-règne des Gracilicutes │ ├─o embranchement des Spirochaetae │ │ ├─o sous-embranchement des Euspirochaetae │ │ └─o sous-embranchement des Leptospirae │ ├─o embranchement des Sphingobacteria │ │ ├─o classe des Chlorobea │ │ └─o classe des Flavobacteria │ └─o super-embranchement des Exoflagellata │ ├─o embranchement des Proteobacteria │ │ ├─? │ │ │ ├─o sous-embranchement des Rhodobacteria │ │ │ │ ├─o infra-embranchement des Alphabacteria │ │ │ │ └─o infra-embranchement des Chromatibacteria │ │ │ └─o sous-embranchement des Thiobacteria │ │ │ ├─o classe des Deltabacteria │ │ │ ├─o classe des Epsilobacteria │ │ │ └─? Thermodesulfobacterium │ │ └─o sous-embranchement des Geobacteria │ │ ├─o classe des Ferrobacteria │ │ │ └─o ordre des Geovibriales │ │ └─o classe des Acidobacteria │ │ └─o ordre des Acidobacteriales │ └─o embranchement des Planctobacteria │ ├─o classe des Planctomycea │ │ └─o ordre des Planctomycetales │ └─o │ ├─o classe des Chlamydiae │ └─o classe des Verrucomicrobiae └─o sous-règne des Unibacteria (probablement paraphylétique) ├─o embranchement des Posibacteria (probablement paraphylétique) │ ├─o sous-embranchement des Endobacteria │ │ ├─o Dictyoglomus │ │ ├─o classe des Teichobacteria │ │ └─o classe des Mollicutes │ └─o sous-embranchement des Actinobacteria (probablement paraphylétique) └─o embranchement des Archaebacteria ►
Arbre simplifié selon Gupta
Cet arbre est l'inverse du précédent, la différence tenant essentiellement à l'emplacement de la racine : ici au sein des bactéries Gram +. L'auteur a développé la phylogénie des α-protéobactéries et des actinobactéries.
Arbre phylogénétique selon Gupta 2006─o ├─o Archaea ► │ \ │ ├─o Eukaryota ► │ / └─o Bacteria ├─o Firmicutes └─o ├─o Actinobacteria │ ├─o Rubrobacterinae │ └─o │ ├─o Bifidobacterinae │ └─o │ ├─o Micrococcinae │ └─o │ ├─o Propionibacterinae │ └─o │ ├─o groupe CMN (= Corynebacterinae) │ └─o │ ├─o Frankinae │ └─o │ ├─o Streptomycinae │ └─o Streptosporanginae └─o ├─o Thermotogae └─o Didermata ├─o Deinococci └─o ├─o Chloroflexi └─o ├─o │ ├─o Cyanobacteria │ └─o chloroplastes └─o Gracilicutes ├─o Spirochaetes └─o ├─o │ ├─o Chlamydiae ou groupe PVC (= Planctobacteria) │ └─o groupe CFBG (= Sphingobacteria) └─o ├─o Aquificales └─o Proteobacteria ├─o │ ├─o Epsilonproteobacteria │ └─o Deltaproteobacteria └─o ├─o │ ├─o Gammaproteobacteria │ └─o Betaproteobacteria └─o Alphaproteobacteria ├─o Rickettsiales │ ├─o Anaplasmataceae │ └─o Rickettsiaceae └─o ├─o │ ├─o Rhodospirillales │ └─o Novosphingomonadales └─o ├─o │ ├─o Rhodobacterales │ └─o Caulobacterales └─o Rhizobiales ├─o │ ├─o Bradyrhizobiaceae │ └─o Methylobacteriaceae └─o ├─o Bartonellaceae └─o ├─o Rhizobiaceae ├─o Brucellaceae └─o Phyllobacteriaceae
Arbre résumé d'après Skophammer et al.
Arbre phylogénétique d'après Skophammer et al. 2007─o Procaryotes à double membrane (= Didermata) (paraphylétique) └─o ├─o Actinobacteria └─o Firmicutes (paraphylétique) ├─o Clostridia └─o ├─o Bacilli └─o ├─o Archaebacteria └─o Eukaryota
En savoir plus
Sources bibliographiques de référence
- Ryan G. Skophammer, Jacqueline A. Servin, Craig W. Herbold et James A. Lake : « Evidence for a Gram-positive, Eubacterial Root of the Tree of Life », Mol. Biol. Evol., vol. 24, n°8, 2007, pp. 1761–1768
- David Emerson, Jeremy A. Rentz, Timothy G. Lilburn, Richard E. Davis, Henry Aldrich, Clara Chan et Craig L. Moyer (2007) « A Novel Lineage of Proteobacteria Involved in Formation of Marine Fe-Oxidizing Microbial Mat Communities », PLoS ONE 2 (8)
- Erin A. Gontang, William Fenical et Paul R. Jensen (2007) « Phylogenetic Diversity of Gram-Positive Bacteria Cultured from Marine Sediments », Applied and Environmental Microbiology, 73 (10), pp. 3272–3282
- Thomas Cavalier-Smith (2006) « Rooting the tree of life by transition analyses », Biology Direct, 1 (19)
- Hanno Teeling et Frank Oliver Gloeckner (2006) « RibAlign: a software tool and database for eubacterial phylogeny based on concatenated ribosomal protein subunits », BMC Bioinformatics, 7:66
- Radhey S. Gupta (2005) « Molecular Sequences and the Early History of Life », in J. Sapp (éd.), Microbial Phylogeny and Evolution: Concepts and Controversies, New York, Oxford University Press, pp. 160-183
- Patrick Forterre, Simonetta Gribaldo et Céline Brochier (2005) « Luca : à la recherche du plus proche ancêtre commun universel », Médecine / Sciences 21 (10), pp. 860-865
- Philip Hugenholtz et Erko Stackebrandt (2004) « Reclassification of Sphaerobacter thermophilus from the subclass Sphaerobacteridae in the phylum Actinobacteria to the class Thermomicrobia (emended description) in the phylum Chloroflexi (emended description) », International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 54, pp. 2049–2051
- Thomas Cavalier-Smith (2002) « The neomuran origin of archaebacteria, the negibacterial root of the universal tree and bacterial megaclassification », International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 52, pp. 7–76
- Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader (2001, 2006³) Classification phylogénétique du vivant, Belin, ISBN 2-7011-4273-3
- Radhey S. Gupta (1998) « Protein Phylogenies and Signature Sequences: A Reappraisal of Evolutionary Relationships among Archaebacteria, Eubacteria, and Eukaryotes », Microbiology and Molecular Biology Reviews, 62 (4), pp. 1435–1491
Autres sources bibliographiques
Sources internet
- Alexey B. Shipunov (2008) Systema Naturae
- Kenneth Todar (2008) The Origin, Evolution and Classification of Microbial Life
- (2007) Bacterial / Prokaryotic Phylogeny
- Radhey S. Gupta (2006) Phylogeny of Bacteria- Is it a Tangled Web or Can this be Reliably Resolved?
- (2008) Ribosomal Database Project II, release 9.60
- J.P. Euzéby (1998-2008) List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature
- George M. Garrity, Timothy G. Lilburn, James R. Cole, Scott H. Harrison, Jean Euzéby et Brian J. Tindall (2007) The Taxonomic Outline of Bacteria and Archaea. Release 7.7
- George M. Garrity, Julia A. Bell et Timothy G. Lilburn (mai 2004) Taxonomic Outline of the Prokaryotes, Release 5.0 - Bergey's Manuel of Systematic Bacteriology, Second Edition
- Mikko's Phylogeny Archive
- The Taxonomicon
- Palaeos.org
- Palaeos.com
- Micro*scope
- NCBI Taxonomy Browser
- The Tree of Life Web Project
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