- Microbiote de l'organisme humain
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Le microbiote de l'organisme humain, anciennement nommé flore microbienne de l'organisme humain, est l'ensemble des bactéries que le corps humain contient en grand nombre. La plupart d'entre elles effectuent des tâches utiles, voire essentielles pour la survie de l'individu. Ces bactéries, naturellement présentes dans l'organisme, n'y provoquent pas de maladies dans des circonstances normales et sont également désignées sous le nom de « flore normale ». La plus connue est Escherichia coli qui vit dans le côlon.
Dans un système immunitaire affaibli, la plupart de ces bactéries de la flore normale agissent en tant que pathogènes opportunistes.
Sommaire
Présentation générale
On estime qu'il y a entre 500 et 100 000 espèces de bactéries différentes vivant dans le corps humain[1].
Les cellules bactériennes sont beaucoup plus petites que les cellules humaines, et il y a environ dix fois plus de bactéries que de cellules humaines dans le corps, mille millions de millions (1015 contre 1014) [1]. Bien que la flore normale se situe sur toutes les surfaces exposées à l'environnement (peau, yeux, nez, intestin grêle et côlon), la grande majorité des bactéries se situent principalement dans le gros intestin.
Beaucoup de bactéries du système digestif (appelées flore intestinale) sont capables de décomposer les hydrates de carbone (sucres) que l'être humain ne pourrait pas digérer autrement. La plupart de ces bactéries commensales sont anaérobies c'est-à-dire qu'elles peuvent survivre dans un environnement dépourvu d'oxygène.
Escherichia coli est une bactérie qui vit dans le côlon. C'est un organisme modèle très étudié et probablement la plus connue des bactéries. Certaines souches mutantes de cette bactérie de la flore intestinale causent des maladies, comme la souche E. coli O157:H7.
Certaines bactéries comme les Actinomyces viscosus et A. naeslundi, vivent dans la bouche où elles forment une partie de la substance collante appelée la plaque dentaire. Si cette plaque n'est pas nettoyée par un brossage régulier, elle se durcit pour former du tartre qui peut lui même déboucher sur la formation d'une carie.
La microflore vaginale est essentiellement composée de bactéries de types lactobacilles. La perturbation de la flore vaginale peut mener à la vaginose bactérienne.
Bactéries et santé
Les bactéries sont essentielles pour le maintien de la santé humaine, mais certaines constituent également une menace significative à la santé en causant des maladies. Un grand nombre de bactéries vivent sur la peau et dans la région digestive. Leur croissance peut être augmentée par la chaleur et la sueur. La majeure partie de ces bactéries sont responsables de l'odeur du corps (transpiration, pets, etc.) et certaines jouent un rôle dans l'acné (Propionibacterium acnes). Il y a plus de 500 espèces bactériennes actuelles dans l'intestin humain et leurs rôles sont généralement salutaires : ils synthétisent des vitamines telles que l'acide folique, la vitamine K et la biotine ainsi que des carbohydrates. Les autres bactéries bénéfiques de la flore normale comprennent les bactéries du groupe des lactobacilles qui convertissent les protéines du lait en acide lactique dans les intestins. La présence de telles colonies bactériennes empêche également la croissance des bactéries potentiellement pathogènes et quelques bactéries bénéfiques sont par conséquent vendues en tant que suppléments diététiques probiotiques.
Bactéries pathogènes
Bien que la grande majorité de bactéries soient inoffensives ou bénéfiques, quelques bactéries pathogènes causent des maladies infectieuses. La maladie bactérienne la plus commune est la tuberculose, provoquée par la bactérie Mycobacterium tuberculosis, qui tue environ deux millions de personnes par année, la plupart du temps dans l'Afrique subsaharienne. Les bactéries pathogènes contribuent à d'autres maladies globalement importantes, telles que la pneumonie, provoquée par des bactéries telles que le streptocoque et les pseudomonas, et les maladies portées par les aliments qui peuvent être provoquées par des bactéries telles que le Shigella, la campylobactérie et les salmonelles. Les bactéries pathogènes causent également des infections telles que le tétanos, la fièvre typhoïde, la diphtérie, la syphilis et la lèpre.
Chaque espèce de pathogène a un éventail caractéristique d'interactions avec ses hôtes humains. De tels organismes, tels que le staphylocoque ou le streptocoque, peuvent causer des infections de peau, la pneumonie, la méningite et même la fatale sespsis, une réponse inflammatoire systémique produisant un choc, une vasodilatation massive et la mort. Pourtant ces organismes sont également une partie de la flore humaine normale et existent habituellement sur la peau ou dans le nez sans causer aucune pathologie.
D'autres organismes causent invariablement la maladie chez l'homme, tels que la rickettsia, qui sont des parasites obligatoires intracellulaires capables de se développer et de se reproduire seulement dans les cellules d'autres organismes. Une espèce de la rickettsie cause le typhus, alors qu'une autre est responsable de la Rocky Mountain spotted fever. Le Chlamydia, un autre phylum de parasites obligatoires intracellulaires, contient les espèces qui peuvent causer la pneumonie, ou une infection de l'appareil urinaire et peut être impliqué dans la maladie cardiaque coronaire. En conclusion, quelques espèces, telles que Pseudomonas aeruginosa, cenocepacia de Burkholderia, et avium de mycobactérie, sont des microbes pathogènes opportunistes et causent la maladie principalement dans les personnes souffrant de l'immunosuppression ou de la mucoviscidose.
Notes et références
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