Indice de fixation

Indice de fixation

L'indice de fixation (FST), aussi appelé indice de différenciation, est un indice permettant de mesurer la différenciation des populations à partir du polymorphisme génétique. En général il est calculé à partir de SNPs ou de microsatellites.

Sommaire

Formule

Selon Hudson et al. (1992), sa formule est :

F_{ST} = \frac{ \Pi_{Between} - \Pi_{Within} } { \Pi_{Between} }

Distances génétiques autosomales entre populations humaines

Distances génétiques autosomales inter-continentales calculées à partir de SNPs[1]
Europe (Nord-Américains) Afrique sub-saharienne (Yoruba) Asie de l'est (Chinois)
Europe (Nord-Américains) 0.1530 0.1100
Afrique sub-saharienne (Yoruba) 0.1530 0.1900
Asie de l'est (Chinois) 0.1100 0.1900
Distances génétiques autosomales intra-européennes et méditerranéennes calculées à partir de SNPs[1],[2],[3]
Italiens Palestiniens Suédois Finlandais Espagnols Allemands Russes Français Grecs
Italiens 0.0064 0.0064-0.0090 0.0130-0.0230 0.0010-0.0050 0.0029-0.0080 0.0088-0.0120 0.0030-0.0050 0.0000
Palestiniens 0.0064 0.0191 0.0101 0.0136 0.0202 0.0057
Suédois 0.0064-0.0090 0.0191 0.0050-0.0110 0.0040-0055 0.0007-0.0010 0.0030-0.0036 0.0020 0.0084
Finlandais 0.0130-0.0230 0.0050-0.0110 0.0110-0.0170 0.0060-0.0130 0.0060-0.0120 0.0080-0.0150
Espagnols 0.0010-0.0050 0.0101 0.0040-0055 0.0110-0.0170 0.0015-0.0030 0.0070-0.0079 0.0010 0.0035
Allemands 0.0029-0.0080 0.0136 0.0007-0.0010 0.0060-0.0130 0.0015-0.0030 0.0030-0.0037 0.0010 0.0039
Russes 0.0088-0.0120 0.0202 0.0030-0.0036 0.0060-0.0120 0.0070-0.0079 0.0030-0.0037 0.0050 0.0108
Français 0.0030-0.0050 0.0020 0.0080-0.0150 0.0010 0.0010 0.0050
Grecs 0.0000 0.0057 0.0084 0.0035 0.0039 0.0108

Programmes permettant de calculer les FST

  • Arlequin
  • Fstat

Bibliographie

Notes

  1. ↑ a et b Nelis et al. 2009, Genetic Structure of Europeans: A View from the North–East
  2. ↑ C.Tian et al. 2009, European Population Genetic Substructure: Further Definition of Ancestry Informative Markers for Distinguishing among Diverse European Ethnic Groups
  3. ↑ Deux valeurs séparées par un tiret signifient respectivement les distances minimales et maximales observées entre deux populations. Par exemple la distance 0.0130-0.0230 entre Finlandais et Italiens varie en fonction des régions de ces deux pays. La distance maximale observée (0.0230) étant entre le sud de l'Italie et le nord de la Finlande (Kuusamo) et la distance minimale (0.0130) entre le nord de l'Italie et le sud de la Finlande (Helsinki).

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Contenu soumis à la licence CC-BY-SA. Source : Article Indice de fixation de Wikipédia en français (auteurs)

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