Codon-start

Codon-start

Codon d'initiation

Le codon d'initiation ou codon de démarrage est un triplet de nucléotides qui dirige l'initiation de la traduction protéique, il signale le début du message génétique sur un ARNm. Chez les Eucaryotes, ce codon est presque exclusivement le triplet AUG qui code une méthionine (Met)[1]. Chez les Procaryotes, le codon d'initiation est également AUG mais peut parfois être remplacé par le codon GUG et plus rarement UUG. Chez Escherichia coli, par exemple, sur 4288 gènes identifiés, 3542 débutent par un AUG, 612 par GUG et 130 par UUG (et 4 cas particuliers ou incertains)[2]. Quel que soit le codon d'inititiation utilisé (AUG, GUG ou UUG), le premier acide aminé incorporé est toujours une N-formyl-méthionine (fMet). Il s'agit d'une méthionine dont le groupe aminé est formylé.

Sur le brin sens de l'ADN, la séquence du codon d'initiation est ATG. Chez les Eucaryotes, les nucléotides entourant le triplet initiateur ATG sont bien conservés et constituent une séquence nommée séquence consensus de Kozak. Cette séquence est 5’- GCCGCCRCCATGG -3’ où R est soit une adénine soit une guanine, elle permet l'association de l'ARNm sur la petite sous-unité du ribosome. La différenciation entre un triplet initiateur et un triplet codant une méthionine au sein de la chaîne CACA peptidique est favorisée par cette séquence. Chez les Procaryotes la séquence consensus qui permet la fixation de l'ARNm sur la petite sous-unité du ribosome est la séquence consensus de Shine-Dalgarno[3]. La séquence de Shine-Dalgarno (5’- AGGAGG -3’) est située entre 6 et 12 bases en amont du codon AUG de l'ARNm. Comme nous l'avons vu plus haut, la méthionine codée par le codon initiateur est formylée sur le groupement aminé. Il existe donc deux types d'ARNt pour la méthionine selon qu'elle est initiale ou interne. Dans ce dernier cas, elle n'est pas formylée.

La méthionine codée par le codon d'initiation est généralement enlevée juste après la synthèse de la chaîne peptidique.

Note : l'anglicisme codon start est à éviter dans la mesure où le terme français est largement répandu dans la littérature scientifique francophone.

Sommaire

Notes et références

  1. ↑ (en) The Genetic Codes sur Pubmed. « il existe quelques exceptions comme la levure Candida albicans qui peut utiliser le codon CAG, et les mitochondries qui utilisent de nombreux codons d'initiation différents »
  2. ↑ Blattner, F.R. et col., « the complete genome sequence of Escherichia coli K-12. », dans Sccience, vol. 277, 1997, p. 1453-1474 [lien PMID] 
  3. ↑ Shine J., Dalgarno L., « The 3'-terminal sequence of Escherichia coli 16S ribosomal RNA: complementarity to nonsense triplets and ribosome binding sites. », dans Proc. Natl. Acad. Sci. USA, vol. 71, 1974, p. 1342-1346 [lien PMID] 

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Bibliographie

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