Index d'hydropathie

En biochimie, l'index d'hydropathie est une mesure qui permet de connaitre le caractère hydrophile ou hydrophobe de la chaine latérale d'un acide aminé. L'hydropathie permet alors de déterminer la nature hydrophobe d'une région d'une protéine grâce à la séquence d'acide aminés.

Une chaine latérale d'un acide aminé est hydrophobe si elle est apolaire (chaine aliphatique composée uniquement d'atomes de carbone et d'hydrogène). Au contraire elle sera polaire si l'acide aminé est chargé électriquement. Les atomes d'oxygène et d'azote peuvent peuvent porter des charges électriques partielles par polarisation des liaisons et peuvent donc également participer au caractère hydrophile d'un acide aminé.

Plus un groupement est hydrophobe, plus l'index d'hydropathie est fort. Il est très faible lorsque une chaine est très polaire.

La structure tertiaire des protéines est en grande partie dépendante du caractère hydrophobe de la séquence des acides aminés qui la composent. En effet une suite d'acides aminés hydrophobe va avoir tendance à constituer le centre d'un protéine si celle-ci se trouve dans un milieu hydrophile. Par exemple les protéines transmembranaires vont comporter des séquences traversant la membrane qui seront hydrophobes et des séquences hydrophiles en contact avec les milieux physiologiques entourant la membrane.

Le profil d'hydropathie est une représentation graphique faite par un programme qui calcule, pour chacune des positions dans la séquence polypeptidique d'une protéine, la valeur moyenne de l'index d'hydropathie d'un segment de 20 acides aminés centré autour de cette position. Une valeur positive de l'index correspond à un comportement hydrophobe du segment et une valeur négative correspond à un comportement hydrophile.

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