Foldit

Foldit (littéralement « Plie-le ») est un jeu vidéo expérimental sur le repliement des protéines, développé en collaboration entre le département d'informatique et de biochimie de l'Université de Washington. La version béta a été publiée en mai 2008. Les joueurs tentent de résoudre un problème que les ordinateurs ne savent pas résoudre. Un autre exemple de jeu comme celui-ci est le jeu ESP (alias le Google Image Labeler).

But

Le processus par lequel les êtres vivants créent la structure primaire des protéines, la synthèse des protéines, est assez bien compris. Cependant, déterminer comment la structure primaire d'une protéine se transforme en une structure tridimensionnelle, c'est-à-dire comment la molécule se "plie" est plus difficile. Le processus général est connu, mais la prédiction des structures protéiques est un calcul compliqué. Foldit tente d'utiliser les capacités naturelles du cerveau humain pour résoudre ces problèmes. Les puzzles actuels sont basés sur des protéines qui sont déjà comprises ; c'est en analysant la façon dont les humains abordent ces puzzles que les chercheurs espèrent améliorer les algorithmes employés par les logiciels de pliage des protéines.

Méthode

Foldit fournit une série de tutoriels dans lesquels l'utilisateur manipule des structure de protéines. L'application affiche une représentation graphique de la structure de la protéine, et l'utilisateur peut alors la manipuler à l'aide d'un ensemble d'outils. Lorsque la structure est modifiée, un «score» est calculé en fonction de la façon dont la protéine est pliée. Une liste des meilleurs scores pour chaque puzzle est enregistrée.

Résultats

Bloqués depuis plus de 10 ans par la complexité de la protéase rétrovirale du virus M-PMV (Mason-Pfizer monkey virus), les chercheurs n'arrivaient pas à trouver sa structure tridimensionnelle. Cette structure est essentielle pour identifier des "sites" potentiels que pourraient cibler des protéines-médicament. Ils ont alors décidé de passer par Fold-it et au bout de 3 semaines seulement, la revue Nature Structural & Molecular Biology publie la structure 3D de l'enzyme, citant au passage les "joueurs" ayant participé à sa découverte comme co-auteurs. Maintenant les biologistes peuvent commencer à chercher des molécules (protéines) capables d'inhiber cette protéase. Si une telle molécule est trouvée, la reproduction du VIH serait empêchée et l'infection stoppée^[1].

Voir aussi

Lien interne

• Serious game
• Zooniverse, un portail de science citoyenne principalement tourné vers l'astronomie

Liens externes

• (en) Foldit project
• (en) Foldit Wiki

Notes

• Portail du jeu vidéo
• Portail de la biochimie