- Archaeplastida (Classification Phylogénétique)
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Archaeplastida (classification phylogénétique)
Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Archaeplastida (ou Plantae, ou encore Archéplastides), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations évolutives complexes (relations groupes ancestraux - groupes descendants) existant entre les différents organismes vivants ou taxa, constituant ce groupe. Du fait de ses méthodes nouvelles basées sur la biologie moléculaire, la phylogénie, science récente à l'origine de la classification phylogénétique du vivant, est en plein essor et propose parfois des résultats en contradiction avec l'ancienne classification, majoritairement basée, elle, sur des critères morphologiques et physiologiques. Aussi, certains points particuliers font parfois encore l'objet de débats au sein de la communauté scientifique. L'objectif, s'il y a lieu, est également de présenter ces derniers ici.
Ce cladogramme présente aussi bien les groupes encore représentés aujourd'hui que ceux qui sont éteints (incluant les groupes fossiles).
À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien. De plus, pour plus de précisions si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.
Le symbole ▲ renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré.
Sommaire
Arbre phylogénétique
▲ └─o Archaeplastida │ ├─o Glaucophyta ou Glaucocystophyceae ► │ └─o Metabionta │ ├─o Rhodophyta ► │ └─o Chloroplastida ou Chlorobionta ou Viridiplantae │ ├─o Chlorophyta s.s. ► │ └─o Streptophyta ou Charophyta s.l. │ ├─o Zygnematophyceae ► │ └─o Plasmodesmophyta ou Streptophytina ├─o Charophyceae └─o Embryophyta │ ├─o Marchantiophyta ou Hepaticophyta ► │ └─o Stomatophyta │ ├─o Bryophyta ► │ └─o Tracheophyta ou Tracheobionta │ ├─o Lycophyta ou Lycopodiophyta ► └─o ├─o Monilophyta │ │ │ ├─o Filicophyta ou Polypodiidae ► │ │ │ └─o Equisetophyta ou Sphenophyta ► │ └─o Spermatophyta ├─o │ ├─o Cycadophyta ► │ └─o │ ├─o Pinophyta ou Coniferophyta ► │ │ │ └─o Ginkgoales │ └─o Magnoliophyta ou Angiospermae ►
Arbre développé▲ └─o Archaeplastida │ ├─o Glaucophyta ou Glaucocystophyceae ► │ └─o Metabionta │ ├─o Rhodophyta ► │ └─o Chloroplastida ou Chlorobionta ou Viridiplantae │ ├─o Chlorophyta s.s. ► │ └─o Streptophyta ├─? Mesostigmatophyceae └─o Charophyta (paraphylétique) ├─o Chlorokybophyceae └─o ├─o Klebsormidiophyceae │ ├─o Klebsormidiaceae │ └─o Elakatotrichaceae └─o Phragmoplastophyta │ ├─o Zygnematophyceae ► │ └─o Plasmodesmophyta ou Streptophytina ├─o Charophyceae ou Charales ├─o Coleochaetales └─o Embryophyta │ ├─o Marchantiophyta ou Hepaticophyta ► │ └─o Stomatophyta │ ├─o Bryophyta ► └─o ├─o Anthocerotophyta │ ├─o Leiosporocerotales ou Leiosporocerotaceae │ └─o Anthocerotopsida │ ├─o Anthocerotales ou Anthocerotaceae │ └─o Notothyladales │ ├─o Notothyladaceae │ │ ├─o Notothyladoideae │ │ └─o Phaeocerotoideae │ └─o Dendrocerotaceae │ ├─o Megacerotoideae │ └─o Dendrocerotoideae └─o Polysporangiophyta ├─o Horneophyttopsida (éteint) └─o ├─o Aglaophyton (éteint) └─o ├─o Rhyniopsida (éteint) └─o Tracheophyta ou Tracheobionta │ ├─o Lycophyta ou Lycopodiophyta ► └─o ├─o Eophyllophyton (éteint) ├─o Psilophyton (éteint) └─o Euphyllophyta ├─o Moniliformopsida ou Monilophyta │ ├─o Stauropteridales (éteint) │ └─o │ ├─o Zygopteridales ou Zygopteridaceae (éteint) │ │ ├─o Clepsydroideae (éteint) │ │ └─o Etapteroideae (éteint) │ ├─o Psilotidae │ │ ├─o Ophioglossopsida ou Ophioglossales │ │ └─o Psilopsida ou Psilophyta │ │ ├─? Barinophytales (éteint) │ │ └─o Psilotales │ └─o │ ├─o Filicophyta ou Polypodiidae ► │ │ │ ├─o Marattiales │ │ ├─o Asterothecaceae (éteint) │ │ └─o Marattiaceae │ └─o Equisetopsida │ ├─o Cladoxylales (éteint) │ │ │ └─o Equisetophyta ou Sphenophyta ► │ └─o Lignophyta ├─o Trimerophyta (éteint) └─o Spermatophyta ├─o Aneurophytales (éteint) ├─o Archaeopteridales (éteint) ├─o Protopityales (éteint) └─o Spermatopsida ├─o Calamopityaceae (éteint) ├─o Hydraspermaceae (éteint) └─o ├─o Lyginopteridaceae (éteint) └─o ├─o Medullosales (éteint) │ ├─o Potonieaceae (éteint) │ ├─o Alethopteridaceae (éteint) │ ├─o Neurodontopteridaceae (éteint) │ └─o Cyclopteridaceae (éteint) └─o ├─o │ ├─o Cycadophyta ► │ └─o │ ├─o Coniferophyta ou Pinophyta ► │ │ │ └─o Ginkgoales │ ├─o Karkeniaceae (éteint) │ └─o Ginkgoaceae └─o ├─o Callistophyta (éteint) └─o Glossophyta ├─o Glossopteridaceae (éteint) ├─o Czekanowskiaceae (éteint) ├─o Peltaspermales (éteint) │ ├─o Peltaspermaceae (éteint) │ └─o Corystospermaceae (éteint) ├─o Caytoniaceae (éteint) ├─o Gigantonomiaceae (éteint) └─o ├─o Pentoxylales (éteint) └─o ├─o Bennettitales ou Cycadeoidales (éteint) │ └─o Magnoliophyta ou Angiospermae ►
Débat scientifique relatif à la phylogénie des Archaeplastida
Dans l'arbre ci-dessus, les principales questions qui font débat sont :
- la monophylie des Archéplastides elles-mêmes, question liée à celle des endosymbioses parmi les « végétaux » : la notion d'archéplastide, comme le nom l'indique, suppose une endosymbiose primaire à la base de tout le groupe, la présence de chloroplastes dans la « lignée brune » (Straménopiles) et autres « algues » protistes s'expliquant par des endosymbioses secondaires plus récentes dans les lignées considérées – ce qui est aujourd'hui contesté ;
- liée à cette question, celle de la place des Rhodophytes : groupe-frère des Viridiplantae ou de tous les Bicontes dont les cellules comportent des chloroplastes ?
- la place des Zygnématophytes par rapport aux Charales : quel est le groupe-frère des Embryophytes ?
- la monophylie et la place des Coléochétophycées et leur relation aux Charophycées s.s. ;
- la place des Anthocérotes par rapport aux Bryophytes : quel est le groupe-frère des Polysporangiophytes ?
- la place des Marattiales au sein des Monilophytes ; groupe-frère des Équisétophytes ou des Filicophytes ?
- la monophylie des Gymnospermes actuelles, et la parenté des Angiospermes avec les taxons éteints.
Concernant les Embryophytes, l'arbre présenté ici suit assez fidèlement la synthèse des derniers travaux, présentée par l' Angiosperm Phylogeny Website.
Classification selon Cavalier-Smith 1998
Cette classification n'est pas à proprement parler phylogénétique. Basée sur les nouvelles phylogénies, elle maintient néanmoins des taxons paraphylétiques, notamment à la base des lignées évolutives, par commodité. Elle maintient également les niveaux traditionnels de classification (règnes, phyla, classes, etc.).
Classification selon Cavalier-Smith 1998
version photo
▲ └─o règne des Plantae ├─o sous-règne des Biliphyta (peut-être paraphylétique) │ ├─o infra-règne des Glaucophyta │ │ └─o embranchement des Glaucophyta │ └─o infra-règne des Rhodophyta │ └─o embranchement des Rhodophyta │ ├─o sous-embranchement des Rhodellophytina (peut-être paraphylétique) │ │ └─o classe des Rhodellophyceae │ └─o sous-embranchement des Macrorhodophytina │ ├─o classe des Bangiophyceae │ └─o classe des Florideophyceae └─o sous-règne des Viridaeplantae ou Viridiplantae ├─o infra-règne des Chlorophyta │ └─o embranchement des Chlorophyta │ ├─o sous-embranchement des Chlorophytina │ │ ├─o infra-embranchement des Prasinophytae (paraphylétique) │ │ │ ├─o classe des Micromonadophyceae │ │ │ │ ├─o ordre des Mamiellales │ │ │ │ ├─o ordre des Pyramimonadales │ │ │ │ └─o ordre des Mesostigmatales │ │ │ └─o classe des Nephrophyceae │ │ └─o infra-embranchement des Tetraphytae │ └─o sous-embranchement des Phragmophytina │ ├─o infra-embranchement des Charophytae │ │ └─o classe des Charophyceae │ │ └─o ordre des Charales │ └─o infra-embranchement des Rudophytae │ ├─o classe des Eophyceae │ │ ├─o sous-classe des Stichophycidae │ │ │ ├─o ordre des Chlorokybales │ │ │ └─o ordre des Klebsormidiales │ │ └─o sous-classe des Chaetophycidae │ │ └─o ordre des Coleochaetales │ └─o classe des Conjugophyceae │ ├─o ordre des Desmidiales │ └─o ordre des Zygnematales └─o infra-règne des Cormophyta ├─o embranchement des Bryophyta │ ├─o sous-embranchement des Hepaticae │ ├─o sous-embranchement des Anthocerotae │ └─o sous-embranchement des Musci │ ├─o infra-embranchement des Sphagneae │ └─o infra-embranchement des Bryatae └─o embranchement des Tracheophyta ├─o sous-embranchement des Pteridophytina (paraphylétique) │ ├─o infra-embranchement des Psilophytae │ ├─o infra-embranchement des Lycophytae │ ├─o infra-embranchement des Sphenophytae │ └─o infra-embranchement des Filices (peut-être paraphylétique) └─o sous-embranchement des Spermatophytina ├─o infra-embranchement des Gymnospermae └─o infra-embranchement des Angiospermae
Arbre phylogénétique simplifié selon Nozaki et al. 2003
L'analyse portait essentiellement sur les organismes à plastes, les Discicristés, Straménopiles et Alvéolés se retrouvant à l'intérieur d'un vaste clade rendant les Archaeplastida paraphylétiques. Les Rhodophytes seraient la lignée la plus proche de la base des Bicontes (sous réserve de la place indéterminée des organismes sans mitochondrie). La place des Rhizariens n'est pas évoquée.
Arbre phylogénétique simplifié selon Nozaki et al. 2003
version photo└─o Plantae ├─o Rhodophyta └─o ├─o Glaucophyta └─o ├─o Viridiplantae └─o ├─o Discicristata │ ├─o Heterolobosea │ └─o │ ├─o Kinetoplastida │ └─o Euglenozoa └─o Chromalveolata ├─o Heterokontophyta └─o Alveolata ├─o Apicomplexa └─o Ciliophora
Classification proposée par Adl et al. 2005
Ce comité a proposé une nouvelle classification, remplaçant celle des anciens Protistes et tenant compte des phylogénies moléculaires récentes. Elle regroupe les Eucaryotes en six groupes réputés monophylétiques. Voici ce qui concerne les Archaeplastida.
Classification proposée par Adl et al. 2005
version photo▲ └─o Archaeplastida ├─o Glaucophyta ├─o Rhodophyceae └─o Chloroplastida ├─o Chlorophyta │ ├─o Ulvophyceae │ ├─o Trebouxiophyceae │ └─o Chlorophyceae ├─o Chlorodendrales ├─o Prasinophytae (paraphylétique) ├─o Mesostigma └─o Charophyta └─o Streptophytina ├─o Charales └─o Plantae
En savoir plus
Sources bibliographiques de référence
- Jose E.B. de la Torre, Mary G. Egan, Manpreet S. Katari, Eric D. Brenner, Dennis W. Stevenson, Gloria M. Coruzzi et Rob DeSalle (2006) « ESTimating plant phylogeny: lessons from partitioning », BMC Evolutionary Biology, 6:48
- Sina M. Adl et alii (2005) « The New Higher Level Classification of Eukaryotes », J. Eukaryot. Microbiol., 52 (5), pp. 399–451
- Kathleen M. Pryer, Eric Schuettpelz, Paul G. Wolf, Harald Schneider, Alan R. Smith et Raymond Cranfill (2004) « Phylogeny and evolution of ferns (monilophytes) with a focus on the early leptosporangiate divergences », American Journal of Botany, 91 (10), pp. 1582–1598
- Peter R. Crane, Patrick Herendeen et Else Marie Friis (2004) « Fossils and plant phylogeny », American Journal of Botany 91 (10), pp. 1683–1699
- Hwan Su Yoon, Jeremiah D. Hackett, Claudia Ciniglia, Gabriele Pinto et Debashish Bhattacharya (2004) « A Molecular Timeline for the Origin of Photosynthetic Eukaryotes », Mol. Biol. Evol. 21 (5) pp. 809-818
- Hisayoshi Nozaki et alii (2003) « The phylogenetic position of Red Algae revealed by multiple nuclear genes from mitochondria-containing eukaryotes and an alternative hypothesis on the origin of plastids », J. Mol. Evol. 56 pp. 485-497
- Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader (2001, 2006³) Classification phylogénétique du vivant, Belin, ISBN 2-7011-4273-3
- Thomas Cavalier-Smith (1998) « A revised six-kingdom system of life », Biological reviews 73, pp. 203-266
Autres sources bibliographiques
Sources internet
- Angiosperm Phylogeny Website
- Mikko's Phylogeny Archive
- The Taxonomicon
- Palaeos.org
- NCBI Taxonomy Browser
- The Tree of Life Web Project
Liens internes
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Grimmia pulvinata (Bryophyta, Grimmiaceae)
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