Domaine de liaison à l'adn
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Domaine de liaison à l'ADN
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DBD.
Un domaine de liaison à l'ADN (ou DBD de l'anglais DNA-binding domain) est un motif protéique qui est capable de lier à l'ADN double ou simple brin avec une affinité pour une séquence nucléotidique spécifique, ou une affinité relative à l'ADN.
Les domaines de liaison à l'ADN sont présents dans de nombreuses protéines impliquées dans la régulation de l'expression des gènes (comme les facteurs de transcription). Il existe de nombreux types de DBD caractérisant des familles de protéines.
Les différents types de DBD
Hélice-tour-hélice (ou homéodomaine)
Hélice-boucle-hélice
Doigt de zinc
Les doigts de zinc sont de courts domaines protéiques, d'environ 30 à 50 acides aminés selon leur type, qui fonctionnent au moins par paires. Il existe trois types de doigt de zinc dits C2H2, C4 ou C6 (où C représente un résidu cystéine et H un résidu histidine). Typiquement, un doigt de zinc de type C2H2 possède deux résidus cystéine exposés à la surface d'un feuillet bêta et coordonnés avec un premier atome de zinc ionisé Zn+; l'autre doigt possède deux résidus histidine, exposés à l'extérieur d'une hélice alpha et coordonnés avec un second atome de zinc ionisé.
La forme en pince et les quatre charges positives des atomes de Zn du domaine en font un chélateur du grand sillon de l'ADN, molécule chargée négativement. Par exemple, la protéine TFIIA possède ce domaine ; c'est un « facteur général de transcription », au sens où il est nécessaire pour la synthèse basale des ARN messagers sans participer à leur régulation.
Domaine leucine zipper (bZIP)
Facteur de transcription à domaine Leucine zipper en complexe avec une molécule d'ADN
Winged Hélice (WH)
Domaine ETS
Les autres types de DBD
Repliement des immunoglobulines
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2010.
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