Profils pour l'identification automatique du métabolisme

Profils pour l'identification automatique du métabolisme

Les profils pour l'identification automatique du métabolisme, généralement désignés par l'acronyme PRIAM, sont une méthode d'identification des enzymes parmi les séquences protéiques développée à l'Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) et reposant sur des matrices poids position (PWM) générées automatiquement pour chaque enzyme référencée[1].

Références

  1. ↑ Claudel-Renard C, Chevalet C, Faraut T, Kahn D, « Enzyme-specific profiles for genome annotation: PRIAM », dans Nucleic Acids Res., vol. 31, no 22, novembre 2003, p. 6633–9 [lien PMID, lien DOI] 

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Bases de données

Banques de séquences : GenBank, EMBL Nucleotide Sequence Database et DNA Data Bank of Japan (DDBJ)
Bases de données secondaires : UniProt, base de donnée de séquences protéiques regroupant Swiss-Prot, TrEMBL et Protein Information Resource (PIR)
Quelques autres bases de données : Protein Data Bank · Ensembl · InterPro
Bases de données génomiques spécialisées : Saccharomyces Genome Database, FlyBase, WormBase, The Arabidopsis Information Resource, Zebrafish Information Network
Algorithmes BLAST
Institutions Institut européen de bio-informatique (EBI) · National Center for Biotechnology Information (NCBI) · Institut suisse de bioinformatique · National Institute of Genetics
Séquençage · Alignement de séquences · Phylogénie moléculaire

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