Électrophorèse sur gel de polyacrylamide en présence de dodécylsulfate de sodium

Un SDS-PAGE

L'électrophorèse en gel de polyacrylamide contenant du laurylsulfate de sodium ou SDS-PAGE (acronyme anglophone de sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis) est une technique de biochimie.

Cette technique permet de séparer des protéines selon leur poids moléculaire. La matrice est créée par la polymérisation d’acrylamide et de bis-acrylamide. Le TEMED et le persulfate d’ammonium sont les agents de polymérisation. La grosseur des pores formés est fonction de la concentration d’acrylamide. Plus la concentration est élevée, plus les pores seront petits et les molécules les mieux séparées seront celles de petits poids moléculaires. Cette méthode de séparation, par rapport à l'électrophorèse sur gel de polyacrylamide (ou PAGE pour Poly-Acrylamide Gel Electrophoresis) classique, est une méthode dénaturante en raison de l'ajout de laurylsulfate de sodium (ou SDS pour Sodium dodécyl sulfate).

Dans ce gel dénaturant, on retrouve ce SDS qui se lie aux protéines selon un ratio constant (1 molécule de SDS pour 2 acides aminés). Le SDS est un détergent fort possédant une longue queue hydrocarbonnée hydrophobe et une extrémité chargée négativement. Il intéragit avec les protéines par sa portion hydrocarbonnée en liant leurs régions hydrophobes. En se liant à la protéine, le SDS empêche son repliement et lui confère une charge nette négative. Cela signifie que seul le poids moléculaire apparent (et non réel) des protéines sera le facteur de leur séparation. Ceci permet sa migration dans la matrice à l’aide d’un courant électrique et la séparation des protéines s’effectue uniquement en fonction de leurs poids moléculaires (les protéines ayant un petit poids moléculaire migreront plus loin que les grosses).

Par ailleurs, la migration dans le gel est aussi fonction de modifications post-traductionnelles des protéines: glycosylations ou phosphorylations par exemple.

Les protéines sont tout d’abord condensées dans un gel de concentration puis séparées dans un gel de séparation. Lorsque les protéines ont été séparées, leur visualisation peut être effectuée en les colorant directement (Bleu de Coomassie ou nitrate d’argent). Cette coloration permet de visualiser toutes les protéines dans l’échantillon dont la concentration dépasse la limite de détection de la coloration. Le gel coloré au bleu de Coomassie peut être ensuite décoloré par un mélange méthanol/acide acétique glacial/eau.

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