Séquence LTR

Séquence LTR

Séquence terminale longue répétée

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Une séquence terminale longue répétée (en anglais Long Terminal Repeat sequence ou LTR) est une séquence nucléotidique présente et intégrée dans l'ADN des cellules eucaryotes, et qui constituent par ailleurs souvent les extrémités 5' et 3' des rétrotransposons.

Les LTR des éléments Ty

Nom et taille

Le génome de la levure Saccharomyces cerevisiae contient cinq familles de rétrotransposons : Ty1 à Ty5. Les LTR de ces 5 éléments sont différents en taille et en séquence et sont désignés par des lettres grecques.

Ty Nom et taille des LTR
Ty1 δ334pb
Ty2 δ332pb
Ty3 σ340pb
Ty4 τ371pb
Ty5 ω251pb

Composition

Ils sont tous subdivisés en trois régions, désignées par rapport à leur position sur l’ARNm : U3 (pour unique en 3’ de l’ARN), R (pour répétée aux deux extrémités de l’ARN) et U5 (pour unique en 5’ de l’ARN).

Des études menées sur l’effet de délétions de fragments ou des substitutions de bases de la séquence du solo-LTR his4-912δ ont montré que ce sont les LTR qui possèdent tous les signaux nécessaires au démarrage et à la terminaison de la transcription par l’ARN polymérase II (Fulton et al. 1988; Hirschman et al. 1988; Dudley et al. 1999). Les séquences promotrices (boîte TATA) ne sont actives qu’au niveau du LTR en 5’, car elles nécessitent la présence de régions régulatrices de la transcription, localisées en aval dans le début de la phase codante TYA (Fulton et al. 1988). En revanche, les sites de polyadénylation ne sont actifs qu’au niveau du LTR en 3’, car ils nécessitent la présence de régions régulatrices présentes uniquement dans la partie 3’ de l’ARNm Ty (Hou et al. 1994). La région R des LTR se retrouve aux deux extrémités du transcrit et est indispensable pour la transcription inverse de cet ARNm en ADNc.

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