Carte d'identité des tumeurs

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Échantillons tumoraux contenus dans la base de données du programme répartis par type de cancer

Cartes d'identité des tumeurs, abrégé par le sigle CIT, est un programme initié en 2000 et financé par la Ligue nationale contre le cancer, dans le but de caractériser de multiples types de tumeurs grâce à l'analyse pangénomique de l'expression des gènes couplée à celle des altérations chromosomiques, via l'utilisation de biotechnologies à haut-débit / biopuces.

Vers une médecine personnalisée

Ce programme doit permettre à terme pour chaque patient :

• de préciser le diagnostic ;
• de prédire la réponse aux traitements et l'évolution de la pathologie ;
• d'améliorer le suivi pendant et après traitement.

Un ensemble de processus et de technologies standardisés

Curation et standardisation des annotations cliniques et biologiques

Les informations relatives aux patients sont anonymisées et les annotations relatives au suivi clinique, ainsi que les résultats des différents tests biologiques et génétiques conduits sur les patients, sont inclus dans une base de données avec accès sécurisé (Annotator). La complétude et la consistance des informations sont vérifiées. Les annotations sont alors recodées selon des standards internationaux et internes. Ainsi, les analyses peuvent être conduites sur plusieurs projets avec l’assurance de la comparabilité des annotations.

Extraction et qualification des ADN et des ARN

La qualité des ressources biologiques constitue un élément majeur de la reproductibilité des résultats obtenus. Le programme CIT a mis en place une plate-forme dédiée à l’extraction et à la qualification des ARN et des ADN, avec des protocoles validés et standardisés, ce qui permet d’optimiser le rendement de la plate-forme, d’implémenter des contrôles qualité de plus en plus fins, et d’améliorer la performance des hybridations ultérieures même en cas de dégradation partielle des échantillons tumoraux.

Les expériences de biopuces

Le programme CIT a fait le choix de technologies commerciales pour réaliser les hybridations sur biopuces, notamment 'Affymetrix GeneChip Arrays' pour l’étude de l’expression des gènes, et 'Illumina BeadChip Arrays' pour l’étude des allélotypes et des modifications de l’ADN. Un des points clés du programme CIT est de traiter le plus grand nombre possible d’échantillons sur la même plate-forme.

L'expertise biostatistique de CIT

Les données sont ensuite analysées au sein du programme en appliquant des méthodologies de référence de la littérature ou des développements internes innovants implémentés avec le logiciel libre de statistique R.

Des collaborations dans toute la France

Bâti sur des réseaux de chercheurs, pathologistes, médecins et bio-informaticiens, le programme implique 60 équipes de recherche et propose une des plus grandes bases de données de tumeurs en Europe, fondée sur un processus standardisé et contenant plus de 6 000 échantillons tumoraux annotés et 9 000 expériences de biopuces.

Des études génomiques sont aussi conduites sur des modèles murins pour certains types de cancer.

Lien externe

• Site officiel du programme, sur le site de la Ligue
• Les publications scientifiques issues des multiples collaborations, sur le site du programme
• Le réseau scientifique du programme CIT (investigateurs et collaborateurs), sur le site du programme
• Le processus CIT de curation et de standardization des annotations, sur le site du programme
• L’extraction et la qualification des ADN et des ARN, sur le site du programme
• Analyse de données et validation dans le programme CIT, sur le site du programme

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